Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,001,333 | G→A | 7.2% | A339T (GCC→ACC) | dmoA‑II → | dimethyl‑sulfide monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,001,333 | 0 | G | A | 7.2% | 161.2 / 2.4 | 55 | A339T (GCC→ACC) | dmoA‑II | dimethyl‑sulfide monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/21); new base A (2/2); total (32/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
CCGCTTTAACGACTATCGCCGCTATGTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACCTGGCTGGAC > NC_002947/4001200‑4001479 | ccGCTTTAACGACTATCGCCGCTATGTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCt > 3:306462/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCTATGTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTACCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGAcc > 2:161673/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCTATGTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTACCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGAcc > 2:156609/1‑149 (MQ=255) gccgcTATGTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCCAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGAcca > 4:92949/1‑147 (MQ=255) gTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTcgccg > 7:105478/1‑149 (MQ=255) gACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTAGCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTg < 1:201589/149‑1 (MQ=255) gCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTAcg > 4:73645/1‑149 (MQ=255) tGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTAcgc > 7:171448/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAgc > 1:29419/1‑149 (MQ=255) tGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGCCCCCCCTCGCCGCTGGCCCGTACGCGAAgcc > 4:178218/1‑149 (MQ=255) cgcTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTTCCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAgccgcc < 6:314701/149‑1 (MQ=255) ctgctgTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTACCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGa < 1:156609/149‑1 (MQ=255) ctgctgTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTACCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGa < 1:161673/149‑1 (MQ=255) ctgTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGtt > 5:30760/1‑149 (MQ=255) tgTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTc > 8:182913/1‑149 (MQ=255) tggctggACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTg > 2:102730/1‑149 (MQ=255) gctggACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGc < 2:29419/149‑1 (MQ=255) ctggACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGc > 7:31766/1‑148 (MQ=255) ctggACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGc < 8:31766/148‑1 (MQ=255) ggACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGAccc > 6:110329/1‑103 (MQ=255) gACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTcgccgc < 8:262538/112‑1 (MQ=255) gACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTcgccgc > 7:262538/1‑112 (MQ=255) cGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGTCTGGGCg > 6:235822/1‑149 (MQ=255) cGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCg < 2:140515/149‑1 (MQ=255) ggTATCTACTTCGACGGCATCGACCCAGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGACCTATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCATCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGACGATGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCgg < 7:135801/149‑1 (MQ=255) gTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGCCCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGt > 8:193196/1‑149 (MQ=255) tCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTcgccgc > 4:137225/1‑104 (MQ=255) tCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTcgccgc < 3:137225/104‑1 (MQ=255) tCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTcgc > 3:81635/1‑149 (MQ=255) tCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTcgc > 2:41124/1‑149 (MQ=255) aattCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGACGTGCCGCCCTCGCAGCCTTAACAGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCCAAGCCGCCGAGTACGTTGCCCAGGGCGGTCGCGGc > 8:208931/3‑149 (MQ=255) aCTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGa > 1:308957/1‑124 (MQ=255) aCTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGa < 2:308957/124‑1 (MQ=255) cTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGcc > 5:337012/1‑149 (MQ=255) tCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGcccc > 3:197088/1‑149 (MQ=255) cGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGc < 3:73645/149‑1 (MQ=255) cGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCGGGCCGGGCCGCCCTCGCAGCGTTTACCGCCGCCGACGCCACTCGCCGCTGGTCCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGAGCGGCGCTg < 7:208931/149‑1 (MQ=255) aTGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGcc < 8:171448/149‑1 (MQ=255) gAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTgg < 6:337012/148‑1 (MQ=255) gAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGc < 7:182913/149‑1 (MQ=255) aGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGATCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGcc > 3:1395/1‑149 (MQ=255) gTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTg < 3:73546/145‑1 (MQ=255) gTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTg > 4:73546/1‑145 (MQ=255) cGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCTCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGAc < 3:92949/148‑1 (MQ=255) gTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTg > 4:232379/1‑141 (MQ=255) gTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTg < 3:232379/141‑1 (MQ=255) gagaACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCt < 6:30760/149‑1 (MQ=255) gaACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGTCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTgg < 5:235822/149‑1 (MQ=255) gATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAAc > 5:279952/1‑149 (MQ=255) gATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAAc > 3:307481/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACct > 7:179201/1‑149 (MQ=255) gCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACctggctg > 4:215095/1‑149 (MQ=255) ccGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACctggctgg < 3:178218/149‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACCTGGCTGGa > 1:52286/1‑149 (MQ=255) gTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACCTGGCTCGAc < 4:81635/149‑1 (MQ=255) | CCGCTTTAACGACTATCGCCGCTATGTCGACCCGGACGCTGCCCTGGCGCTGCTGTCTGGCTGGACCGGTATCGACTTCGCCGGCCTCGACCCCGATGCACCGATCGAGTACGTCGAGAACGATGCTGGCCGTGCCGCCCTCGCAGCCTTTACCGCCGCCGACCCCACTCGCCGCTGGACCGTACGCGAAGCCGCCGAGTTCGTTGGCCTGGGCGGTCGCGGCCCCGTGCTGATCGGCGCTGCCAGCGAGGTGGCCGACCAGCTGGAAACCTGGCTGGAC > NC_002947/4001200‑4001479 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |