Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,067,034 | A→G | 7.1% | L677S (TTG→TCG) | mdtC ← | multidrug transporter membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,067,034 | 0 | A | G | 7.1% | 160.6 / 2.3 | 57 | L677S (TTG→TCG) | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/23); new base G (2/2); total (32/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGC > NC_002947/4066888‑4067177 | tgtccatgtcGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAAc > 8:292785/1‑149 (MQ=255) atgtcGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGTCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAAcgccgc > 8:102463/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGCCCACCAGCCTCACCTGTTGGGTACCTGCACCATCGCGGGCGTCGATCGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCCGCGCCCCGCCCACCTTGGGCAACCAAACGCGCAACGCCGCCAGCTcgcccc > 4:292203/1‑147 (MQ=255) aGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCt < 6:279617/149‑1 (MQ=255) gtttgCCGGGTCACGGTCTTATACCCGCGTCACCTGTTGGGTACGGGCACCTTCGCTGTTGTCGATTGCGGTCAGCTCAGGCATTGCAATTAGTTCCGCGACCACCTTTGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCa < 7:49272/145‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAg > 5:298203/1‑149 (MQ=255) ccTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGta > 7:116370/1‑149 (MQ=255) tGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGtata > 6:181179/1‑149 (MQ=255) gTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACa < 7:292785/149‑1 (MQ=255) tCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCtt > 2:193192/1‑135 (MQ=255) tCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCtt < 1:193192/135‑1 (MQ=255) cACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCGACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCCGGGTATACAgg > 6:254903/1‑149 (MQ=255) cACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCGACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAgg > 8:201581/1‑149 (MQ=255) ggTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAAcgccg < 4:60860/117‑1 (MQ=255) ggTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAAcgccg > 3:60860/1‑117 (MQ=255) ggTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTAc > 5:65170/1‑149 (MQ=255) ggTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTAc < 7:113552/149‑1 (MQ=255) ccaccaGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTga < 7:135509/146‑1 (MQ=255) ccaccaGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTga > 8:135509/1‑146 (MQ=255) caccaGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGTGTATACAGGTACTGagaag < 8:116370/149‑1 (MQ=255) ccaGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAagag < 6:65170/149‑1 (MQ=255) ccaGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAagag > 3:183057/1‑149 (MQ=255) gCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTc < 2:14804/149‑1 (MQ=255) gTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCTCAACGCCGCCAGGTCACCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTg < 6:291098/149‑1 (MQ=255) aCCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCCACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTgtt > 3:205979/1‑146 (MQ=255) ttGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACg < 5:181179/147‑1 (MQ=255) gggTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAggg > 3:66788/1‑114 (MQ=255) gggTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAggg < 4:66788/114‑1 (MQ=255) ccGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGcc > 4:75860/1‑149 (MQ=255) cGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAg > 6:60427/1‑115 (MQ=255) cGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAg < 5:60427/115‑1 (MQ=255) gCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCACCCGccccc > 2:36122/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTg < 3:75860/149‑1 (MQ=255) gTCGATGGCGGGCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCt < 4:183057/149‑1 (MQ=255) ggCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCgg > 1:240378/1‑149 (MQ=255) aGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAg > 6:245635/1‑149 (MQ=255) gCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAg > 2:71757/1‑148 (MQ=255) tCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCa < 2:252796/145‑1 (MQ=255) tCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCa > 1:252796/1‑145 (MQ=255) aGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCa > 3:55934/1‑103 (MQ=255) aGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCa < 4:55934/103‑1 (MQ=255) gCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCCCCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAgg > 6:63716/1‑149 (MQ=255) gCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAgg < 2:240378/149‑1 (MQ=255) cACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGcgcccg > 5:145258/1‑149 (MQ=255) aCGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGcgcccgc > 8:42546/1‑149 (MQ=255) aCGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGcgcccgc > 5:286468/1‑149 (MQ=255) cGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGcgcccgcc > 3:54575/1‑149 (MQ=255) aGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCggg < 7:42546/149‑1 (MQ=255) ccgcGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCGACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACt < 7:201581/149‑1 (MQ=255) ccgcGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCGACGCCGCCAGGGCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACt < 5:254903/149‑1 (MQ=255) ccgcGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACt > 7:199866/1‑149 (MQ=255) gcgACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACttt < 5:245635/149‑1 (MQ=255) gcgACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACttt < 1:71757/149‑1 (MQ=255) accaccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTggg < 7:102463/149‑1 (MQ=255) aaaCCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTgc > 2:185769/1‑149 (MQ=255) aTTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAgg > 2:91356/1‑149 (MQ=255) cgcgCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGgcgc > 7:261048/1‑149 (MQ=255) | TGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCACCTGTTGGGTACCGGCACCATCGCGGGCGTCGATGGCGGTCAGCTCAGGCAGTGCACGCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTGGTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGC > NC_002947/4066888‑4067177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |