Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,084,758 | A→C | 8.9% | M62L (ATG→CTG) ‡ | PP_3595 → | amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,084,758 | 0 | A | C | 8.9% | 127.9 / 4.6 | 45 | M62L (ATG→CTG) ‡ | PP_3595 | amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/18); new base C (2/2); total (24/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
CCCCGACCTGCTGGAGCGCTATGGCCCGCGCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCGGGATGCGTGGTTTTGCA > NC_002947/4084610‑4084899 | ccccGACCTGCTGGAGCGCTATGGCCCGCGCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCa > 7:112529/1‑149 (MQ=255) cccGACCTGCTGGAGCGCTATGGCCCGCGCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCAt > 5:193375/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGAGCGCTATGGCCCGCGCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAACCATGCGCTGCAGCACCAGGCTg > 4:226249/1‑149 (MQ=255) ctgGAGCGCTATGGCCCGCGCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAACCATGCGCTGCAGCACCAGGCTGcg < 3:226249/147‑2 (MQ=255) cgcgCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACttcttc < 6:193375/149‑1 (MQ=255) cTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCcgcg > 6:144142/1‑149 (MQ=255) ttCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCATTCAGCATTGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGACTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTACTTCagcgc > 7:275972/1‑148 (MQ=255) tCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACttcttc > 4:34834/1‑140 (MQ=255) tCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACttcttc < 3:34834/140‑1 (MQ=255) cGGCCTGTTGGTAACTCCCATGCTGGTGGGTATTTCCTTCAGCCTGGGGGCGGTGCTCGTTCTGCTGCTGGCCTTTGCATGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTcgccgc < 1:102414/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCgctgct > 3:227704/1‑149 (MQ=255) ctgGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGctgctg < 7:46991/147‑1 (MQ=255) gTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGgcgc > 4:217289/1‑148 (MQ=255) aaCTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAAt > 1:159844/1‑149 (MQ=255) tGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGt > 1:199747/1‑149 (MQ=255) tGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGt > 6:120294/1‑149 (MQ=255) tGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGt > 5:224140/1‑149 (MQ=255) ccAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTc > 2:139590/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCctgct < 5:144142/149‑1 (MQ=255) tttCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGc > 2:329730/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGgct > 8:132775/1‑149 (MQ=255) tgctgtgctCGGTCTTGTTCTGGCCCTTGCACGCCTGGCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCGGCCGGCTACGTGTTCTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTTTATTACGGCCTTGGCTCGCTCAAAg < 4:227704/149‑1 (MQ=255) tgctgtgctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAg < 6:224140/149‑1 (MQ=255) ctgtgctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTActtct > 6:103425/1‑84 (MQ=255) ctgtgctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTActtct < 5:103425/84‑1 (MQ=255) tgtgctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTcc > 2:262267/1‑116 (MQ=255) tgctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGttt < 7:132775/148‑1 (MQ=255) gctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACAGCCTGGGCTCGCTCAAAg > 4:213387/1‑143 (MQ=255) gctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACAGCCTGGGCTCGCTCAAAg < 3:213387/143‑1 (MQ=255) ctCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTg < 3:217289/149‑1 (MQ=255) cccTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCtg < 2:199747/149‑1 (MQ=255) cTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGGGCTTGGGTGCGGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTTCGGCCTGGGCTCGCTCAAATGTTTCTGGGAGGACGTCGGCCtgtg < 1:70477/149‑1 (MQ=255) gCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAg > 2:79664/1‑117 (MQ=255) gCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAg < 1:79664/117‑1 (MQ=255) gCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCAGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGttc > 7:129991/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGttctt < 5:120294/149‑1 (MQ=255) cTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGttctt > 3:309975/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGACGGCTCCGTGTACTTATTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTGGCTAGAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCGTGTGGTGGttctt > 7:298978/1‑149 (MQ=255) tctcGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCg < 1:139590/149‑1 (MQ=255) tcGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCtgtg < 2:189978/135‑1 (MQ=255) gCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCgg < 1:329730/146‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCGGGATGCGt > 1:305301/1‑149 (MQ=255) atgcgctgcAGCACCAGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCaaa < 1:84754/97‑1 (MQ=255) atgcgctgcAGCACCAGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCaaa > 2:84754/5‑101 (MQ=255) gTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCGGGATGCGTgg < 8:112529/147‑1 (MQ=255) gcAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCGGGATGCGTGGTTTTGCa > 1:165460/1‑149 (MQ=255) | CCCCGACCTGCTGGAGCGCTATGGCCCGCGCTTCATCGACGGCCTGCTGGTAACTGCCAAGCTGGTGGCGATTTCCTTCAGCCTGGGTGCTGTGCTCGGTCTTCTGCTGGCCCTTGCACGCCTGTCTCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGCATGGCTGCCGGCTACGTGTACTTCTTCCGCGGTTCGCCGCTGCTGGCGCAATTGTTCCTGCTGTATTACGGCCTGGGCTCGCTCAAAGGTTTCTGGCAGGACGTCGGCCTGTGGTGGTTCTTCCGGGATGCGTGGTTTTGCA > NC_002947/4084610‑4084899 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |