Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,151,043 | G→A | 6.9% | A216T (GCC→ACC) | PP_3655 → | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,151,043 | 0 | G | A | 6.9% | 166.7 / 2.0 | 58 | A216T (GCC→ACC) | PP_3655 | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/27); new base A (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGGTACTGGGTATCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCGCCGTGGCCGTGCTGGCGATCCC > NC_002947/4150904‑4151188 | ctgggtactgggtaTCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGcc > 5:223182/1‑142 (MQ=255) ctgggtactgggtaTCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGcc < 6:223182/142‑1 (MQ=255) tgtactgggtaTCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGcc < 3:231160/146‑1 (MQ=255) tactgggtaTCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTAt < 1:203640/149‑1 (MQ=255) tactgggtaTCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTAt < 8:58209/149‑1 (MQ=255) tgggtaTCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTAtgtg > 7:286432/1‑149 (MQ=255) tcgTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTc > 1:121617/1‑148 (MQ=255) tcgTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTc < 2:121617/148‑1 (MQ=255) tGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGCGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGGCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCgcgc > 8:69087/1‑149 (MQ=255) tGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACTACTTCCTCACGCTCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCgcgc < 2:150638/149‑1 (MQ=255) gCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCgg > 2:14497/1‑147 (MQ=255) cATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGa < 1:199656/147‑1 (MQ=255) aCCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTcgcg > 5:301857/1‑125 (MQ=255) aCCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTcgcg < 6:301857/125‑1 (MQ=255) cccATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGt > 7:9699/1‑148 (MQ=255) ccATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGt > 2:262394/1‑147 (MQ=255) agCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCtt > 1:134963/1‑149 (MQ=255) cgacgaCTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCt < 4:146726/83‑1 (MQ=255) cgacgaCTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCt > 3:146726/1‑83 (MQ=255) cgacgaCTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCt > 4:258910/1‑149 (MQ=255) acgacTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTgg < 1:262394/149‑1 (MQ=255) cTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCaccta > 8:50293/1‑149 (MQ=255) cTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCaccta < 6:153802/149‑1 (MQ=255) cACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCacctac > 1:282174/1‑148 (MQ=255) ccGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCACCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCa < 8:186616/109‑1 (MQ=255) ccGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCACCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCa < 8:181818/109‑1 (MQ=255) ccGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCACCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCa > 7:181818/1‑109 (MQ=255) ccGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCACCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCa > 7:186616/1‑109 (MQ=255) ggcTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCt < 2:88335/127‑1 (MQ=255) ggcTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCt > 1:88335/1‑127 (MQ=255) ttCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCaaa > 3:170270/1‑108 (MQ=255) ttCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCaaa < 4:170270/108‑1 (MQ=255) ttCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCt > 8:114609/1‑149 (MQ=255) tCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTg > 1:249218/1‑149 (MQ=255) cGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTg < 4:166146/139‑1 (MQ=255) cGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTg > 3:166146/1‑139 (MQ=255) gctggctgGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTg < 1:218644/149‑1 (MQ=255) gctggctgGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTg > 2:218644/1‑149 (MQ=255) gctggctgGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTg < 3:101871/149‑1 (MQ=255) gctggcCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCaa > 1:74883/1‑140 (MQ=255) gctggcCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCaa < 2:74883/140‑1 (MQ=255) gctggcCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTc < 2:249218/147‑1 (MQ=255) tgggCAGCGTGTCGCTGGGAGCGCTGTGGCTTATCGCCTTTGCGCGGTATGTGTCGGACTTCTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAATGTCAGCTCGTCCTTCTGGACCAGCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTc < 6:225206/149‑1 (MQ=255) tggcCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCGAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGtt > 6:107821/1‑148 (MQ=255) tggcCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGtt > 6:16391/1‑148 (MQ=255) cACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCt > 4:53490/1‑149 (MQ=255) tgtCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGgc < 3:258910/149‑1 (MQ=255) gCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGcc < 1:228806/128‑1 (MQ=255) gCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACAACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGcc > 2:228806/1‑128 (MQ=255) cTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCgccgt > 1:17713/1‑149 (MQ=255) cAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCgccgtggcc < 8:9699/149‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCTGTCATCTTCGGCgccgtggccgt < 7:50293/149‑1 (MQ=255) gtgGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCgccgtg < 6:51917/139‑1 (MQ=255) gtgGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCgccgtg > 5:51917/1‑139 (MQ=255) tgGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCGCCGTGGCCGTGCTGGc < 3:53490/149‑1 (MQ=255) gCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCGCCGTGGCCGTGCTGGc > 6:187181/1‑147 (MQ=255) gCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCGCCGTGGCCGTGCTGGCGa < 8:286432/149‑1 (MQ=255) aTCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCGCCGTGGCCGTGCTGGCGATccc < 7:114609/149‑1 (MQ=255) | CTGGGTACTGGGTATCGGTATCGTGGTTGGCTTCGGCTACATCTTCACCCATGTGCAGAGCGACGACTTCCTCACCCGCGGCGGCTTCAACCTGGCCGGCTGGCTGGCCACCGTGTCGCTGGCAGCGCTGTGGCAAATCGCCTTTGCGCCCTATGTGTCGGACTACTCGCGCTACCTGCCGGCAGATGTCAAAGTCAGCTCGACCTTCTGGACCACCTACCTGGGTTCGGCCCTGGGCTCAAGCCTGTCGTTCATCTTCGGCGCCGTGGCCGTGCTGGCGATCCC > NC_002947/4150904‑4151188 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |