Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,214,483 | G→A | 12.1% | L157L (CTG→TTG) | PP_3696 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,214,483 | 0 | G | A | 12.1% | 82.7 / 3.0 | 33 | L157L (CTG→TTG) | PP_3696 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/12); new base A (2/2); total (19/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.08e-01 |
GAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGACCAACCTCTGATAACGCTCCA > NC_002947/4214339‑4214631 | gagCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCt > 1:121325/1‑147 (MQ=255) agCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAg < 7:103216/149‑1 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACAcc > 3:131205/1‑149 (MQ=255) aTGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACcgtcgt > 5:112215/1‑146 (MQ=255) cACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCagag > 5:8161/1‑148 (MQ=255) cACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAgg < 6:112215/149‑1 (MQ=255) gACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATc < 2:121325/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCgg < 6:8161/149‑1 (MQ=255) cAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAgg > 5:322135/1‑149 (MQ=255) cAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGGCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTCACTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGAACGGGTGAgg > 8:208403/1‑149 (MQ=255) aGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAACTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAgg > 3:278836/1‑148 (MQ=255) aGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAACTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGt > 3:283469/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGtt > 5:304209/1‑147 (MQ=255) cAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGATCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGtt > 1:76946/1‑147 (MQ=255) ttCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAACTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCAc < 4:278836/149‑1 (MQ=255) cccTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAACTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCAc < 4:283469/147‑1 (MQ=255) aCTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCtttt < 2:76946/147‑1 (MQ=255) gAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAg > 4:58616/1‑126 (MQ=255) gAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAg < 3:58616/126‑1 (MQ=255) cgccgcAACGTGGTGGTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCctcctc < 6:149304/149‑1 (MQ=255) cgcAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGt < 6:304209/149‑1 (MQ=255) ttCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAg > 4:143818/1‑92 (MQ=255) ttCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAg < 3:143818/92‑1 (MQ=255) tcgtcAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCg > 7:19103/1‑129 (MQ=255) tcgtcAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCg < 8:19103/129‑1 (MQ=255) aaTTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAata > 5:246393/1‑148 (MQ=255) gCTCCTGGATCGGCGGTACCTCTTGAGCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATaggc < 5:71480/148‑1 (MQ=255) cTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAggcaggca > 3:232359/1‑149 (MQ=255) ccTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCa > 4:40177/1‑149 (MQ=255) gATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGAcc > 8:296802/1‑148 (MQ=255) tCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGACCAAc > 7:165491/1‑149 (MQ=255) tGTAGCTCAACAGATGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGACGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCGCACGACCAACctct < 7:208403/149‑1 (MQ=255) aGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGACCAACCTCTGa > 2:7243/1‑148 (MQ=255) gCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCTCCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGACCAACCTCTGATAACGCTCCa < 6:322135/149‑1 (MQ=255) gCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGACCAACCTCTGATAACGCTCCa < 7:296802/149‑1 (MQ=255) | GAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTGGAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTTTCCGGCAGCGCCTCCTCGGTCAGGACACGCAGACGCTCAATATAGGCAGGCACATCAACCAGCTCACGACCAACCTCTGATAACGCTCCA > NC_002947/4214339‑4214631 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |