| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,244,358 | G→C | 6.9% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,358 | 0 | G | C | 6.9% | 184.6 / 3.9 | 58 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/28); new base C (2/2); total (28/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
GCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTG > NC_002947/4244210‑4244496 | gCAAGCCGTTGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAgg < 4:182962/149‑1 (MQ=255)gCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAgg > 2:281517/1‑149 (MQ=255) ccGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGcc < 3:306106/149‑1 (MQ=255) gagCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg < 1:258114/148‑1 (MQ=255) gagCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggc < 7:29724/148‑2 (MQ=255) gagCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggc < 7:98280/148‑2 (MQ=255) cATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGACGACCAACAACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGATGTTCAACGTTGCAGAGCGCTAGGCCATGCCAGGCAGGCTGCCGGGGCAGa > 4:220152/1‑149 (MQ=255) acaGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGc < 5:67002/149‑1 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg > 1:260926/1‑135 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg < 2:260926/135‑1 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGc < 4:168271/136‑1 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGc > 3:168271/1‑136 (MQ=255) aGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc < 2:182532/149‑1 (MQ=255) aGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc < 1:281517/149‑1 (MQ=255) tCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCTTGGCTTGCGATTTGGACAGGCTGTTCAAGGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGGTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAca < 2:249284/148‑1 (MQ=255) tCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAca < 4:275398/148‑1 (MQ=255) tCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAca < 6:268842/148‑1 (MQ=255) aGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCg < 1:156950/120‑1 (MQ=255) aGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCg > 2:156950/1‑120 (MQ=255) aGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCACCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAcagcag > 5:35153/1‑149 (MQ=255) cGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGATAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGc > 5:95520/1‑149 (MQ=255) gTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGTACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCt < 8:20004/149‑1 (MQ=255) gTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCACCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCt < 6:35153/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCa > 6:335865/1‑134 (MQ=255) tGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCa < 5:335865/134‑1 (MQ=255) tGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTg < 1:76802/149‑1 (MQ=255) ggCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACAACATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGAAATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTg > 8:141546/1‑148 (MQ=255) gCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTa < 5:246439/149‑1 (MQ=255) gTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGAcc > 1:43498/1‑149 (MQ=255) tGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGt > 1:293708/1‑149 (MQ=255) gAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCa > 6:197697/1‑147 (MQ=255) gCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCa > 1:193318/1‑145 (MQ=255) ccGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGAt > 4:55200/1‑149 (MQ=255) cccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCcac < 5:43918/149‑1 (MQ=255) acccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGATCAACGTTGCAGTGCGCTCCGCCATGCCCCGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCACCCACAg > 5:69615/1‑148 (MQ=255) ccccATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCca > 5:198411/1‑144 (MQ=255) cATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCAt > 5:36161/1‑149 (MQ=255) aTGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATg > 6:52806/1‑149 (MQ=255) aTGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATg < 5:52806/149‑1 (MQ=255) tGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg < 4:50665/149‑1 (MQ=255) ggTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGcaca < 1:319660/149‑1 (MQ=255) ggTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGcaca > 7:207499/1‑149 (MQ=255) tGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCg < 2:293708/149‑1 (MQ=255) tGCGATTTGGACAGGCTGTTCCACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGTCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGAGCTCGTCAGAGAGCAGCCTCAGCTCATGGGCAGCGCACAGTTCGGCCAg > 6:309535/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTg < 2:193318/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTgg > 3:150940/1‑149 (MQ=255) ttCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGgcgc < 6:95520/148‑1 (MQ=255) cAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGcgcgcg > 5:202458/1‑149 (MQ=255) ttGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAgg > 4:295694/1‑149 (MQ=255) aGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCg > 2:282725/1‑149 (MQ=255) gTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGc > 2:254123/1‑149 (MQ=255) gTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGc < 8:207499/149‑1 (MQ=255) gcgcgcGGCCATGCCGGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTGAGAGATCAGCCACAGATCTTGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGccc < 6:69615/149‑1 (MQ=255) gcTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCt < 1:282725/149‑1 (MQ=255) gcTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCACTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCt > 8:248194/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCt > 4:281641/1‑148 (MQ=255) gCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAgg < 2:43498/149‑1 (MQ=255) ccATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAggg < 3:281641/149‑1 (MQ=255) gccccGGCAGCCTGGCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 7:277182/3‑149 (MQ=255) gccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 8:22124/3‑149 (MQ=255) | GCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTG > NC_002947/4244210‑4244496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |