Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,341,848 | A→G | 9.1% | I161V (ATC→GTC) | PP_3815 → | polyamine ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,341,848 | 0 | A | G | 9.1% | 116.6 / 3.1 | 44 | I161V (ATC→GTC) | PP_3815 | polyamine ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/21); new base G (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 |
ACCCTGGTGCCCAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTGCAGGCAGGTTCGATCTGTGGC > NC_002947/4341701‑4341994 | aCCCTGGTGCCCAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTGGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGcatcat < 1:70426/149‑1 (MQ=255) aCCCTGGTGCCCAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGcatcat < 2:27170/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGCCCAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCatcatc > 4:111426/1‑148 (MQ=255) cAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGAGCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCTACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCGATGATGcccatg < 2:77707/149‑4 (MQ=255) cAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGc > 6:297025/1‑149 (MQ=255) cAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTGGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGc > 2:322102/1‑149 (MQ=255) aGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTg < 4:318422/149‑1 (MQ=255) tGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAAt > 4:47239/1‑149 (MQ=255) ggggCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATg < 3:112229/149‑1 (MQ=255) ccGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACACAGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTg < 1:238630/149‑1 (MQ=255) cGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGca < 6:38189/149‑1 (MQ=255) gctgctGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAAc < 6:64128/148‑1 (MQ=255) ctgAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCAc > 2:114911/1‑149 (MQ=255) aaCATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCAcc < 6:53310/147‑1 (MQ=255) cATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCg > 1:57211/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCGTCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTgg > 5:140082/1‑148 (MQ=255) gTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATGGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTgg < 6:74943/148‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTgg < 2:57211/148‑1 (MQ=255) ctgTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCGTCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCgg < 6:140082/149‑1 (MQ=255) ctgTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCg < 3:47239/148‑1 (MQ=255) tgtgGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGc < 5:297025/149‑1 (MQ=255) tgctgGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCATCA‑AGACGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑c > 1:258992/1‑149 (MQ=255) tCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGGCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTGCAGCATGAT‑‑CCCGATCATCGtgctgc > 2:93753/1‑148 (MQ=255) tGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAAAA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAg > 2:247129/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAgg > 6:140488/1‑149 (MQ=255) ctgcAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCAt < 6:21612/149‑1 (MQ=255) tgcAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCAGCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCTTGAATCGTGCTGCCACTGCAGGAGACCATg > 3:256482/1‑149 (MQ=255) agagCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑c > 7:179622/1‑149 (MQ=255) tCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCagcacca > 6:175818/1‑143 (MQ=255) gggCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCa < 7:18920/89‑1 (MQ=255) gggCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCa > 8:18920/1‑89 (MQ=255) gTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGAccc > 4:117776/1‑149 (MQ=255) aaca‑aGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCCTCGACCCGATGGt > 4:42587/1‑149 (MQ=255) ca‑aGGCTTTGATGGCCATGGGCATCATCGATTCCCCGCTGTAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGc < 3:177392/132‑1 (MQ=255) a‑aGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGtgct < 6:30026/149‑1 (MQ=255) aGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGAt < 3:60309/142‑1 (MQ=255) aGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGAt > 4:60309/1‑142 (MQ=255) ggagTTGATGGCAATGGGCATCATCGATGCCACGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGTCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATTCA‑CGCCATCGACCCGATGGtgctgc < 1:93753/146‑1 (MQ=255) gCGTTGTTGGGCATGGGGATCATCGATTCCCCGCTGGTAATGGGGCACAACCTCACCGGGGTGGTAATCGGCCTTAGCTACATCATTTTTGCCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGtgctg < 1:259703/149‑1 (MQ=255) gCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCAGCACCATCGGGTCGATggcgtgca < 5:175818/149‑7 (MQ=255) ttGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTgcaggc < 1:322102/149‑1 (MQ=255) gATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTgcaggcag > 8:176128/1‑149 (MQ=255) ccATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGtgctgc < 5:120553/138‑1 (MQ=255) ccATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGtgctgc > 6:120553/1‑138 (MQ=255) gcggggCATCGATGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGAACCGATGGTGCTGCAGGCAGGTTCGa > 3:188911/4‑149 (MQ=255) cATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTGCAGGCAGGTTCGa > 6:68628/1‑149 (MQ=255) tGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTGCAGGCAGGTTCGATc < 2:258992/149‑1 (MQ=255) tcatcGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTGCAGGCAGGTTCGATCTGTGgc < 5:140488/149‑1 (MQ=255) | ACCCTGGTGCCCAAGGGCTGGGGCCGTTGGCTGCTGAACATCGTGCTGCTGTCGATGTGGACCAGCCTGCTGGCGCGCACCTACTCGTGGCTGGTGCTGCTGCAGAGCTCGGGCGTGATCAACA‑AGGCGTTGATGGCCATGGGCATCATCGATGCCCCGCTGGAAATGGTGCACAACCTCACCGGCGTGGTAATCGGCATGAGCTACATCATGAT‑‑CCCGTTCATCGTGCTGCCACTGCAGGCGACCATGCA‑CGCCATCGACCCGATGGTGCTGCAGGCAGGTTCGATCTGTGGC > NC_002947/4341701‑4341994 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |