Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,824,272 | G→C | 17.3% | S2306R (AGC→AGG) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,824,272 | 0 | G | C | 17.3% | 117.8 / 20.1 | 52 | S2306R (AGC→AGG) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/23); new base C (4/5); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 |
ATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTC > NC_002947/4824126‑4824418 | aTCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCt > 8:52115/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggc > 7:129893/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcggc < 5:247388/149‑1 (MQ=255) ccTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGCCTggcggcc < 3:210759/149‑2 (MQ=255) gCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCg > 7:148843/1‑148 (MQ=255) gCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCg < 2:149318/148‑1 (MQ=255) cAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGCCTggcggcctacag < 2:206884/149‑7 (MQ=255) aGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCt > 3:27991/1‑149 (MQ=255) tGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTc < 7:52115/149‑1 (MQ=255) cATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGTTTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCa < 4:32063/149‑1 (MQ=255) cATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCa < 4:167782/149‑1 (MQ=255) gCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTgg < 2:269087/149‑1 (MQ=255) accaccACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTc < 3:185639/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGgtg < 3:95227/148‑1 (MQ=255) ccGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGtgtg < 2:188929/149‑1 (MQ=255) gTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGACAGGCTGGCGGCATCGTCTTACAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTg‑cag > 3:273529/1‑149 (MQ=255) gCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAgcg > 1:272113/1‑149 (MQ=255) tGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCAc > 7:230240/1‑149 (MQ=255) tgtAGATCAGGGAAGCCTGGGGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCACCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGCGTGCG‑CTGCTGCACACcctgg < 8:281619/149‑1 (MQ=255) tCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGagc < 2:194578/149‑1 (MQ=255) aGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGagca < 8:148843/148‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGagcag > 8:170222/1‑141 (MQ=255) cTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGagcag < 7:170222/141‑1 (MQ=255) tgctgcGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGtgtg < 2:59385/113‑1 (MQ=255) tgctgcGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGtgtg > 1:59385/1‑113 (MQ=255) cAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCtt > 2:90779/1‑149 (MQ=255) cAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCtt < 8:129893/149‑1 (MQ=255) tGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGgtgt < 2:290075/99‑1 (MQ=255) tGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGgtgt > 1:290075/1‑99 (MQ=255) tGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGAt > 1:193253/1‑148 (MQ=255) gAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCa > 3:316878/1‑149 (MQ=255) aGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCAt > 7:237808/1‑149 (MQ=255) gTTGTCCAGCAGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATg < 5:270847/148‑1 (MQ=255) gTTGTCCAGCAGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATg > 6:270847/1‑148 (MQ=255) ttGTCCTGCTGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGGTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGGAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTa < 5:85776/149‑1 (MQ=255) tCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAgc < 1:90779/149‑1 (MQ=255) cATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTc > 6:61351/1‑148 (MQ=255) cATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTc < 8:237808/148‑1 (MQ=255) tGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCggg > 7:24465/1‑149 (MQ=255) gTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGc > 6:147437/1‑110 (MQ=255) gTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGc < 5:147437/110‑1 (MQ=255) tAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTa > 2:308225/1‑149 (MQ=255) tAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTa > 8:27958/1‑149 (MQ=255) gatgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTACAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTa > 5:114750/4‑149 (MQ=255) atgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCgg < 7:274472/108‑1 (MQ=255) atgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCgg > 8:274472/3‑110 (MQ=255) atgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCAt > 3:69325/3‑124 (MQ=255) atgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCAt < 4:69325/122‑1 (MQ=255) atgccgccAACCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCgg < 1:279194/108‑1 (MQ=255) atgccgccAACCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCgg > 2:279194/3‑110 (MQ=255) cgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg < 5:61351/149‑1 (MQ=255) aGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTc < 2:193253/149‑1 (MQ=255) | ATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTG‑CAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTC > NC_002947/4824126‑4824418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |