New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1419549 | 15 (0.230) | 21 (0.320) | 15/278 | 4.6 | 49.0% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1419636 | 29 (0.450) | intergenic (‑125/+11) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
CCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAA > NC_002947/1419414‑1419694 | ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGc < 3:171335/148‑1 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGCCTGTGGTGGGTTCTGGTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCAc > 5:264451/1‑149 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGTGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTGGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATCCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 1:74118/148‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:91960/149‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt < 6:176879/143‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt > 5:176879/1‑143 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGTTGGGCATTGTTTTGTTTCAATGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 4:122753/1‑149 (MQ=39) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGt < 2:193244/148‑1 (MQ=255) cGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 7:178753/127‑1 (MQ=255) cGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 8:178753/1‑127 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGTCtgtg < 2:292128/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt > 8:302039/1‑149 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGc > 3:301335/1‑110 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGc < 4:301335/110‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc < 2:76576/148‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc > 1:76576/1‑148 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCAGCTCCCACAGGTACTGTTCAGTGCGTTGAGGCTGGGGTGCCCCtg > 3:242570/1‑149 (MQ=38) ggTGTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTTTTGTCGGTGGGCATGGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTTCCTTGGCTGGCC‑TCTTCTCGGGCACGCCCTCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 8:215273/149‑1 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTAGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 8:49280/1‑103 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTAGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 7:49280/103‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 7:302039/149‑1 (MQ=255) ttgttttgttTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGGAGTGCGAGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGGAAGgt > 3:113557/1‑149 (MQ=37) tttCCCTGTATTCGGGGTTGCGTGGGCTGGCC‑TGTGCGCGGGCACGCCGGCTCCCACCGTTAGTGTGCTGTGGGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGTGGGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg < 2:214924/146‑1 (MQ=255) tttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg > 1:214924/1‑146 (MQ=255) tGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg > 8:258029/1‑149 (MQ=255) tcggggTGGCCTGGGCGGG‑CATCTTCTCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTCCTGTGCAGTGCGTGACGGCGGTGGTGACCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaa < 4:242570/145‑1 (MQ=255) ggcc‑tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCaa < 7:258029/146‑1 (MQ=255) | CCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAA > NC_002947/1419414‑1419694 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |