| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 88.5% | 152.3 / 14.1 | 52 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/0); new base C (17/29); total (23/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126504‑1126784 | ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAA‑c‑ccgctc < 5:224299/149‑6 (MQ=255) gccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCGCGCATGCGGCGGTATAGCCCCCATCG‑CATTCG‑CGGGG‑TAAC‑C‑CCCTcc > 5:339993/1‑149 (MQ=255) gccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCCCCAAAACGGAGGGATAACCACCAACG‑CAATAGCC‑GGG‑GAAA‑C‑CGcgc > 4:164721/1‑146 (MQ=255) 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8:96290/1‑149 (MQ=255) tttCCCCGCTTAGGCGGAGGTATACCCACAATCG‑CTTGCG‑C‑GGT‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 7:136967/149‑1 (MQ=255) ttACCCGCGAATGCGATGGTGGCTATACCTCCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg > 2:51253/1‑149 (MQ=25) aCCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 6:395975/1‑149 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCt < 8:130183/104‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCt > 7:130183/1‑104 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑c > 6:394549/1‑149 (MQ=255) tGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAacac < 7:96290/149‑1 (MQ=255) gCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCGATCAGGCCTCCGGATAGCTCTCGATAGACGGGCAGGCGCACACCGGGATGCGGACG‑CCTAacaag > 4:308940/1‑147 (MQ=38) cGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGt < 6:318026/149‑1 (MQ=255) ataGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGAc > 6:326265/1‑149 (MQ=255) taGCCACCATCG‑CATTGG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGAc < 3:371912/148‑1 (MQ=255) taGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGAcc > 7:37340/1‑149 (MQ=255) taGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGAc < 6:380110/148‑1 (MQ=255) gCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGAccc < 8:37340/148‑1 (MQ=255) ccaccaTCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGACCCgg > 3:390936/1‑149 (MQ=255) tCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAcc > 2:313821/1‑149 (MQ=255) 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ggg‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc < 5:395110/145‑1 (MQ=255) ggg‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc > 6:395110/1‑145 (MQ=255) ggg‑TAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCAGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGAt > 5:353432/1‑71 (MQ=38) | GGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCG‑C‑GGG‑TAAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCG‑CCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126504‑1126784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |