Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 97.4% | 125.6 / ‑3.5 | 39 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (19/19); total (19/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATG > NC_002947/1419401‑1419679 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 7:111847/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 3:391261/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 3:30157/149‑1 (MQ=255) gggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcg > 6:150043/1‑149 (MQ=255) ggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgc > 8:35659/1‑149 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgcg < 6:388551/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCgg < 5:150043/149‑1 (MQ=255) gCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCggg > 1:31683/1‑149 (MQ=255) cGGGGTGGATGCGGAACACCGGGGTT‑GGGTTGTTTTCGCCTTGGTAGCAGCCCGTCGTGCCGACTGTGGTGGGGTCTGGTGTGTTGTCGGTGGACATTGTTTTGTTTACCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCgg < 7:325552/145‑1 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGGTTTGTGTCCCTGGATTCTGGGTTGCCCGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCGTGCCCGcgaag < 3:190329/148‑5 (MQ=255) aGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 4:312553/149‑1 (MQ=255) ggTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt < 7:35659/149‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgcg < 2:86580/117‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgcg > 1:86580/1‑117 (MQ=255) gttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc > 6:82147/1‑149 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTTGAAGCAGGTCTTGCAGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGACCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 5:421063/1‑149 (MQ=39) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 3:392657/1‑149 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGt < 4:392657/148‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCATGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGt > 7:174230/1‑133 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 5:228611/123‑1 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt > 6:228611/1‑123 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc > 2:299632/1‑149 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 2:14359/1‑147 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 2:31683/148‑1 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 5:82147/148‑1 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGCTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 1:299632/149‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa > 6:286452/1‑115 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 5:286452/115‑1 (MQ=255) gcgttggTGCTGTTGTGTTGTCGGTGGTCATTTTTTTGTTTCCCTTGAATCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGATCCCACAGTTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGtcc < 6:421063/144‑1 (MQ=37) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCACGCCcgctc < 5:103427/149‑3 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAAAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGc > 5:90885/1‑149 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAgg > 6:91744/1‑149 (MQ=255) tgttttgtttCTGTGTTTTGTGGGTTGCGTGGGTTGG‑CTTCTTGGCGGGCATGCCCGTTCCCAGTGTTACTTTGCAGTGGGTGAGGGTTGTGGTGACGGTGTGGGAGGGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgt < 2:90477/148‑1 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 1:403695/1‑90 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 2:403695/90‑1 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCCCTCCAACAGGTACAGTGGATTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGCGCGTGCCACCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgt > 1:90477/1‑146 (MQ=255) gATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 5:91744/147‑1 (MQ=255) tCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTc < 6:11432/42‑1 (MQ=17) tCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTc > 5:11432/1‑42 (MQ=17) tGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 6:257686/92‑1 (MQ=255) tGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc > 5:257686/1‑92 (MQ=255) tGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCAGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCCTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATg > 6:437579/1‑149 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGA‑GTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATG > NC_002947/1419401‑1419679 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |