| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,327,121 | 0 | C | T | 51.6% | 36.6 / 169.6 | 122 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE/PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/29); new base T (37/26); total (67/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGT > NC_002947/1326975‑1327227 | aGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCAt < 6:23967/149‑1 (MQ=32) gTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATc < 4:160650/149‑1 (MQ=17) tCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATc > 1:38752/1‑149 (MQ=12) tCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATc > 3:55841/1‑148 (MQ=32) tAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACTTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAAt > 7:1014/1‑149 (MQ=17) tAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGGAATGAGCATTCGCATCGAAt > 4:412932/1‑149 (MQ=17) aaCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATg > 4:384975/1‑149 (MQ=32) aCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGt > 3:304384/1‑149 (MQ=32) cAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGtt < 7:347876/149‑1 (MQ=32) aGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTc > 2:136277/1‑149 (MQ=32) cGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTgg > 3:176200/1‑149 (MQ=17) gTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGc < 7:345319/149‑1 (MQ=32) ggggAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCttt < 3:113619/149‑1 (MQ=32) gggAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCtttt < 4:391786/149‑1 (MQ=32) ggAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTg < 3:384975/149‑1 (MQ=32) aCCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGt > 1:7957/1‑147 (MQ=17) tGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGt > 4:58036/1‑144 (MQ=17) ggCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGt > 1:346957/1‑149 (MQ=17) cTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTc < 3:169768/149‑1 (MQ=17) 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cTTGATTCATTGTAGAAGTCGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTAGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 8:77851/148‑1 (MQ=255) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 4:415016/1‑149 (MQ=17) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 8:15877/1‑149 (MQ=32) gATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGTATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt < 5:178878/148‑1 (MQ=17) gATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt > 1:247342/1‑148 (MQ=17) ttCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCa < 8:236874/148‑1 (MQ=17) cATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 7:252184/148‑1 (MQ=17) cATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 4:203413/148‑1 (MQ=32) ttGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt < 5:91246/142‑1 (MQ=32) tGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCt > 1:14211/1‑147 (MQ=32) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGGAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa < 3:412932/148‑1 (MQ=17) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAgg < 3:248137/149‑1 (MQ=17) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgataga < 1:175764/105‑1 (MQ=32) cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTATGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaggt > 4:139581/1‑145 (MQ=14) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGt > 4:313136/1‑148 (MQ=11) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGt > 7:32331/1‑148 (MQ=11) | AGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGC‑GGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGT > NC_002947/1326975‑1327227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |