| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,320,485 | Δ1 bp | 5.7% | coding (756/945 nt) | PP_2041 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,320,485 | 0 | G | . | 5.7% | 280.4 / 9.4 | 88 | coding (756/945 nt) | PP_2041 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/41); new base . (3/2); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
TTTCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATGGCAGCCTG > NC_002947/2320341‑2320628 | tttCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTgg > 1:138488/1‑149 (MQ=255)tttCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTgg > 4:31998/1‑149 (MQ=255)tttCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTgg > 5:193342/1‑149 (MQ=255)tttCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTgg > 1:48292/1‑149 (MQ=255)tttCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGACCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTgg > 6:312394/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCa < 1:315558/148‑1 (MQ=255) cAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGACCGACAGCGGCGTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAg‑g < 4:184543/149‑1 (MQ=255) aGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑gc > 1:142864/1‑149 (MQ=255) cgctcgctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTg > 6:47112/1‑141 (MQ=255) cgctcgctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTg < 5:47112/141‑1 (MQ=255) tcgctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGc > 5:26791/1‑149 (MQ=255) cgctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGcc < 3:231310/149‑1 (MQ=255) cgctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGc > 6:29431/1‑148 (MQ=255) gctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCa < 5:23534/149‑1 (MQ=255) gctGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTAGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGAGGGTGCGGGTGAAGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCa > 5:72897/1‑149 (MQ=255) tGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGc > 8:291435/1‑145 (MQ=255) gcACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATcc < 6:193342/149‑1 (MQ=255) gcACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATc > 8:48096/1‑148 (MQ=255) cACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCca < 4:149220/149‑1 (MQ=255) aCCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCcag > 1:189927/1‑149 (MQ=255) ccGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCcagc < 7:64602/149‑1 (MQ=255) ccGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCcag > 7:244457/1‑148 (MQ=255) cGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCcagca < 6:28836/149‑1 (MQ=255) gCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCcagcag > 7:280766/1‑149 (MQ=255) accaGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGcggcgg > 2:137717/1‑149 (MQ=255) ccaGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCggcggc > 5:77449/1‑149 (MQ=255) ccaGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGACCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCggcggc < 5:312394/149‑1 (MQ=255) agcagTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCggcggc > 6:359421/1‑147 (MQ=255) agTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGtt < 2:85770/149‑1 (MQ=255) gcgcACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGa < 7:48096/149‑1 (MQ=255) gcACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGAtg < 5:29431/149‑1 (MQ=255) gcACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGAtg > 3:70237/1‑149 (MQ=255) cACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCTGCCAGTTGCTGAtgg < 5:22439/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGAtggt > 4:347173/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGAtggtg < 3:299964/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGAtggtg < 3:31998/149‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCGTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGgc < 8:241551/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGgcc > 1:61812/1‑149 (MQ=255) cATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGTTGGTGGCCgccaggc < 8:77292/149‑1 (MQ=255) gcggcgAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGAc < 7:59686/149‑1 (MQ=255) gcggcgAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGAc < 6:27497/149‑1 (MQ=255) gAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGC‑CTGCCAGCGCGCGGctga < 1:70668/93‑4 (MQ=38) gAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGC‑CTGCCAGCGCGCGGctga > 2:70668/1‑90 (MQ=38) cGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTgg < 1:137717/149‑1 (MQ=255) cGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTAGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATAc > 7:146618/1‑149 (MQ=255) gCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCg < 6:77449/149‑1 (MQ=255) cTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCgg < 3:347173/149‑1 (MQ=255) ttGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCggg > 1:294706/1‑149 (MQ=255) gtgCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCgggg < 2:48292/148‑1 (MQ=255) gtgCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCgggg < 5:359421/148‑1 (MQ=255) gctgcGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGCCCAGGCTGGTGATACCGGGGGcc > 4:182734/1‑149 (MQ=255) ctgcGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCg < 4:70237/149‑1 (MQ=255) tgcGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGgccgccg > 8:55436/1‑111 (MQ=255) gAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGActg > 5:353017/1‑149 (MQ=255) aGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGActgc > 5:293074/1‑149 (MQ=255) ggCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt < 2:189927/149‑1 (MQ=255) ggCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt < 3:131415/149‑1 (MQ=255) ggCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt > 1:205802/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTc < 8:280766/149‑1 (MQ=255) ccAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt > 6:297269/1‑147 (MQ=255) ccAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt < 5:297269/147‑1 (MQ=255) ccAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGC‑CTGCCAGCGCGCGGc > 2:113853/1‑61 (MQ=25) ccAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGC‑CTGCCAGCGCGCGGc < 1:113853/61‑1 (MQ=25) cAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCg > 5:144415/1‑148 (MQ=255) cAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGACCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGt < 8:244457/149‑1 (MQ=255) gCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCt > 6:339933/1‑149 (MQ=255) cGATGGTGCGGGTGCGGCGGGGTTCCACTCTCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCCGCAGCGGCGGCCAGGTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCTGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTg < 6:72897/149‑1 (MQ=255) gATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCgggg > 8:249234/1‑127 (MQ=255) gATGGGGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGGGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCgggg < 7:249234/127‑1 (MQ=255) tGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTc > 2:357504/1‑148 (MQ=255) tGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTc > 4:151262/1‑148 (MQ=255) cGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt < 5:103011/133‑1 (MQ=255) cGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGtt > 6:103011/1‑133 (MQ=255) gggTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAgt < 2:188312/149‑1 (MQ=255) gggTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAgt < 2:205802/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCGGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCacac > 6:117512/1‑149 (MQ=255) cgcgGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACAcc > 3:135690/1‑149 (MQ=255) cgGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCgg > 7:40406/1‑149 (MQ=255) ccACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTc > 2:128072/1‑148 (MQ=255) cACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCa < 3:182734/149‑1 (MQ=255) aCTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCAt > 8:252351/1‑149 (MQ=255) cTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATg < 6:353017/149‑1 (MQ=255) tATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGCCCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATgg > 4:322588/1‑149 (MQ=255) tATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATgg < 2:61812/149‑1 (MQ=255) tctggCCGCGC‑CTGCCAGCGCGCGGCTAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATgg > 1:345394/5‑148 (MQ=255) aTCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATGGc > 3:193884/1‑149 (MQ=255) tCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATgg < 7:291435/147‑1 (MQ=255) tCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATGGCa < 1:128072/149‑1 (MQ=255) cgcgcgCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATGGCAGCCTg < 4:193884/149‑1 (MQ=255) cgcgcTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGtt > 3:38072/1‑133 (MQ=255) cgcgcTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGtt < 4:38072/133‑1 (MQ=255) gcgcTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGAGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGGTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCAAACCGTTTTCCAt > 2:215866/1‑137 (MQ=255) gcgcTGGAAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACTGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTCGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCAt < 1:215866/137‑1 (MQ=255) | TTTCCAGCGCTCGCTGCGCACCGCATCCACCAGCAGTGCGCGCACCAGGTCGCGCATGCAGGCGGCGGCGAACGACAGCGGCTTGTGCTGCGAGTGGGCCAAGGCGATGGTGCGGGTGATGCGCGGTTCCACTATCAGCCGCGCGCTGGCAG‑GCGCGGCCAGATCCAGCAGCGGCGGCCAGTTGCTGATGGTGGCCGCCAGGCCAGCACGGACCAGGCTGGTGATACCGGGGGCCGACTGCTGTTCGTAGCTGGAGTCCAGTGTCACACCGGTTTCCATGGCAGCCTG > NC_002947/2320341‑2320628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |