| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,355,046 | Δ1 bp | 9.8% | coding (246/681 nt) | modB → | molybdate ABC transporter permease ModB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,355,046 | 0 | G | . | 9.8% | 155.8 / 11.0 | 51 | coding (246/681 nt) | modB | molybdate ABC transporter permease ModB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/28); new base . (2/3); total (20/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
GTGGCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGAGC > NC_002947/4354902‑4355192 | gtggCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGGACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAg > 4:150108/1‑149 (MQ=255) gCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑Gcc > 2:24762/1‑149 (MQ=255) tCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTg > 7:5435/1‑149 (MQ=255) gcgcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTggg < 6:175286/149‑1 (MQ=255) gcgcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTgg < 4:32813/148‑1 (MQ=255) gcgcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTg < 2:17721/147‑1 (MQ=255) cgcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGGGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGC‑CTAGCGCCTgggt < 7:19703/149‑2 (MQ=255) gcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCa < 3:90413/149‑1 (MQ=255) gcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCa < 7:186746/149‑1 (MQ=255) gcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCa < 1:318720/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGtgtg < 6:200770/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGtgtg < 8:5435/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGtt > 7:51304/1‑147 (MQ=255) gcgGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTcaca < 2:276892/149‑1 (MQ=255) ggtgCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTca < 8:178048/136‑1 (MQ=255) ggtgCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTca > 7:178048/1‑136 (MQ=255) tgCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTg < 4:131173/149‑1 (MQ=255) cACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGgtg < 8:51304/149‑1 (MQ=255) aCTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTgg < 8:159288/131‑1 (MQ=255) aCTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTgg > 7:159288/1‑131 (MQ=255) cTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTa < 3:183676/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTCCTCCGCCCTCACCCCCCAATTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGgtg < 1:115956/147‑1 (MQ=255) gCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCAAGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCa > 4:337096/1‑149 (MQ=255) tGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTc > 7:207260/1‑149 (MQ=255) tGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTc > 6:226940/1‑149 (MQ=255) ccACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgt > 4:61135/1‑149 (MQ=255) ccACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgt < 8:207260/149‑1 (MQ=255) tCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTc < 4:200142/92‑1 (MQ=255) tCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTc > 3:200142/1‑92 (MQ=255) ttACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAAt < 1:24762/148‑1 (MQ=255) aCCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGc < 5:226940/148‑1 (MQ=255) tGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGAtt > 5:317490/1‑95 (MQ=255) tGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGAtt < 6:317490/95‑1 (MQ=255) gATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGgc < 3:61135/148‑1 (MQ=255) aTCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgtggtg < 8:271919/123‑1 (MQ=255) aTCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgtggtg > 7:271919/1‑123 (MQ=255) aTCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGgcgc < 3:150108/149‑1 (MQ=255) tCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGcgcg < 4:25051/149‑1 (MQ=255) ggCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGTGTGGCTCGGCGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGGGCCCCCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGc > 5:263925/1‑147 (MQ=255) tggctTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGACCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGgc < 1:306802/126‑1 (MQ=255) tggctTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGACCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGgc > 2:306802/1‑126 (MQ=255) gctTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTGCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGGGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGaa < 6:83004/148‑1 (MQ=255) gTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGtgtg > 4:294212/1‑35 (MQ=255) gTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGtgtg < 3:294212/35‑1 (MQ=255) gCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTAc > 3:224885/1‑149 (MQ=255) gCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTAc > 2:79167/1‑149 (MQ=255) tgcccAGGC‑CTAGCGCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGc < 5:215894/119‑1 (MQ=255) tgcccAGGC‑CTAGCGCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGc > 6:215894/3‑121 (MQ=255) cccAGGC‑CTAGCGCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGt < 7:271372/136‑1 (MQ=255) cccAGGC‑CTAGCGCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGt > 8:271372/1‑136 (MQ=255) aGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGa < 4:224885/149‑1 (MQ=255) gcTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAAc < 6:61286/83‑1 (MQ=255) gcTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAAc > 5:61286/1‑83 (MQ=255) gcTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGagc > 4:307029/1‑147 (MQ=255) | GTGGCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCT‑‑T‑GGCCCGCACGGCTGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGAGC > NC_002947/4354902‑4355192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |