| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,819,795:1 | +A | 11.0% | intergenic (+32/‑443) | rpoS → / → PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,819,795 | 1 | . | A | 11.0% | 272.0 / 29.0 | 73 | intergenic (+32/‑443) | rpoS/PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (31/34); new base A (4/4); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGT > NC_002947/1819648‑1819937 | ggCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGGGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGATTGCGCGATATCCTTTAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGAtc‑t < 1:172987/149‑1 (MQ=255) gCTGGAGATCAGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGAtc‑tc < 3:97993/149‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCgggg < 6:350625/149‑1 (MQ=255) agaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGc > 5:45149/1‑149 (MQ=255) aTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑t > 8:259778/1‑149 (MQ=255) cGGCCTTACCCTGCACCGGGTGCGGAAAATCCCGGTGTACGGCCCCAAGCGGTTGCGCTACTTCCTTTAAAACATGGGCCTGCC‑CCGCCCGCAATTTTCCCTCTCCCTCCCGCTGAAAAAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑ttt < 2:359537/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑ttt > 6:261293/1‑149 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCACCGGGGCG‑ttttt < 7:49122/149‑1 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCACCGGGGCG‑ttttt < 3:142989/149‑1 (MQ=255) ccTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTtg > 8:209440/1‑149 (MQ=255) cTTACCCTTTAAGGGGTGCGGAAAATCCTGGTGCAAGGGCTAAAGCGCTTGCGCTATATCCTTTAAAATAATGGTCTGCC‑CAGCGAGTAATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTTAAAAAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTtgt < 2:174158/149‑1 (MQ=255) cGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTgcgc > 3:93113/1‑149 (MQ=255) aaCGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAg < 6:302349/148‑1 (MQ=255) aCGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGc < 7:209440/149‑1 (MQ=255) cGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTgc < 3:135482/135‑1 (MQ=255) cGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTgc > 4:135482/1‑135 (MQ=255) cGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGg‑cgc < 8:7299/149‑1 (MQ=255) ggCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑cgcg < 4:150126/149‑1 (MQ=255) aTCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTgcg > 7:144483/1‑149 (MQ=255) gAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCACCGGGGCG‑ttttt > 7:182486/1‑114 (MQ=38) gAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCACCGGGGCG‑ttttt < 8:182486/114‑1 (MQ=38) gCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCACAGCGAGTAATTGTTCCAGTAGCTAGCGAAGAAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAAcc > 1:249465/1‑149 (MQ=38) gCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAAccc < 5:72083/149‑1 (MQ=255) tCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGc > 3:111998/1‑149 (MQ=255) tCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGc > 3:188842/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTgg < 5:261293/149‑1 (MQ=255) gcTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGtt < 2:297401/149‑1 (MQ=255) gcgcGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 7:259778/148‑1 (MQ=255) gcgcGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 5:319355/148‑1 (MQ=255) cgcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggt > 8:202453/1‑149 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggtg < 4:188842/149‑1 (MQ=255) gagaTCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGc < 4:214499/149‑1 (MQ=255) tCCTTGAAAAGAATGGTGTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAATACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAg < 4:340888/149‑1 (MQ=255) ttGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg > 5:125863/1‑138 (MQ=255) ttGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg < 6:125863/138‑1 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTggg < 7:202453/148‑1 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGGCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTgg < 8:144483/147‑1 (MQ=255) aaaaGAATGGTCTGTC‑CAGGGAGTCATTGTTACAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑GCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCAAGGCATGG‑CGCTTTGCGCGTTTGCGCAACCCCCTAGGTTGGGGTGGACAAGTgcct > 6:359262/1‑145 (MQ=255) aaaGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGa > 2:60697/1‑149 (MQ=255) aaTGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGAGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCTCACCACGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGGGACtag > 8:126243/1‑147 (MQ=37) gTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAgg > 7:253159/1‑149 (MQ=255) tctctc‑AAGCGATTCATTGTTCGAGTAGCTAGCTCTGTAACAAAAAACGCCCCGTTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTTGCCAAGTTGGTGACTTGGAGGt < 5:191161/149‑1 (MQ=21) aGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTc > 8:257019/1‑149 (MQ=255) cGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCct < 1:60697/149‑1 (MQ=255) cGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCct < 8:253159/149‑1 (MQ=255) aGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctct < 7:257019/149‑1 (MQ=255) cATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGTCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTac < 8:152969/148‑1 (MQ=255) ttGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacaca < 6:45149/149‑1 (MQ=255) ttCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGtt > 8:19397/1‑102 (MQ=255) ttCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGtt < 7:19397/102‑1 (MQ=255) aGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 4:304823/101‑1 (MQ=255) aGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg > 3:304823/1‑101 (MQ=255) gctagcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgg < 4:93113/148‑1 (MQ=255) agcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAggg < 7:34090/146‑1 (MQ=255) agcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAggg > 8:34090/1‑146 (MQ=255) cgcTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgt < 2:249465/149‑1 (MQ=255) tGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGAGTTGGAGGTGAAAGTCCTATACACACCCGGCAAGGGGAAgtgt > 3:6343/1‑148 (MQ=255) tAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGACATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAg > 6:290816/1‑149 (MQ=255) cAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 1:45665/1‑149 (MQ=255) cAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 4:294130/1‑149 (MQ=255) acaaaaaCGCCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGcc > 3:116953/3‑149 (MQ=11) caaaaaCGCCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 4:204478/2‑149 (MQ=11) aaaaaaCGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 6:133412/1‑148 (MQ=255) aaaaaCGCCCC‑GAGATCACCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGACGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 1:265194/1‑148 (MQ=11) aaaaCGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg > 2:325923/1‑149 (MQ=255) aaaaCGCCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGa < 3:204478/149‑1 (MQ=11) aaaCGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGt < 3:308244/111‑1 (MQ=255) aaaCGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGt > 4:308244/1‑111 (MQ=255) aaaCGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCTAGGGGAAGTGTTAGCCGGAgg > 2:257858/1‑149 (MQ=255) gCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg > 6:370694/1‑129 (MQ=255) gCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg < 5:370694/129‑1 (MQ=255) ccccGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAgg < 8:201188/149‑1 (MQ=255) ggTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGgtgt > 3:106862/1‑149 (MQ=39) aTC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtg < 8:314404/125‑1 (MQ=37) aTC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCAAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtg > 7:314404/1‑125 (MQ=37) | GGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTC‑CAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑TCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGG‑CGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGT > NC_002947/1819648‑1819937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |