New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 585464 | 51 (0.900) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 7.3% | coding (1307/1443 nt) | PP_0496 | sodium/alanine symporter |
? | NC_002947 | = 585496 | 53 (0.980) | coding (1275/1443 nt) | PP_0496 | sodium/alanine symporter |
TATCAGCGCTGCGTCTGAACTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGAACCCCACACG > NC_002947/585326‑585610 | tatCAGCGCTGCGTCTGAACTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGgtc < 1:56337/149‑1 (MQ=255) atCAGCGCTGCGTCTGAACTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGgtcg > 1:78423/1‑149 (MQ=255) cgcTGCGTCTGAACTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGtcgtcg > 1:329737/1‑147 (MQ=255) cGTCTGAACTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTcgc < 1:144612/149‑1 (MQ=255) aaCTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCAt < 7:243697/147‑1 (MQ=255) cGACTGCTTTGTGAGTGGCTGTTTCGAGCTGGGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCTGGTCGGCAATCTTGGACGAGTCGAAGACAGGCTGCTTTACACCGGCGTgcgggtcatgcgcgactacgacgaccagcgcaagg < 5:92702‑M1/149‑36 (MQ=255) cTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTgcgggtcatgcgcgactacgacgaccagcgcaaggccggt < 5:43158‑M1/148‑41 (MQ=255) tCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGCCCTTGaa > 2:100202/1‑149 (MQ=255) cTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAGCAGcagg > 2:354817/1‑149 (MQ=255) tGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGcaggg > 3:277198/1‑149 (MQ=255) ttCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGAc < 4:198011/120‑1 (MQ=255) ttCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGAc > 3:198011/1‑120 (MQ=255) cACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGcagggccagg < 5:45284/148‑1 (MQ=255) cACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGcagggccagg < 2:78423/148‑1 (MQ=255) aCCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTgcgggtcatgcgcgactacgacgaccagcgcaaggccggtgtaaa > 7:156677‑M1/1‑88 (MQ=255) aCCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTgcgggtcatgcgcgactacgacgaccagcgcaaggccggtgtaaa < 8:156677‑M1/133‑46 (MQ=255) ccTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGcagggccagggc > 7:79337/1‑148 (MQ=255) tGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGtt > 6:118588/1‑148 (MQ=255) gCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGAc > 3:251224/1‑149 (MQ=255) ggccaggcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGaa < 5:118588/149‑1 (MQ=255) gccaggcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAg > 3:252066/1‑149 (MQ=255) caggcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGc > 1:331849/1‑149 (MQ=255) caggcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTGGAACAGCAGGGCCCGGGCCCCCAGGTTGACGAAGGc > 2:356734/1‑149 (MQ=255) ggcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGc > 2:243562/1‑147 (MQ=255) gcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCtt > 8:285054/1‑68 (MQ=255) gcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCcag > 1:60416/1‑149 (MQ=255) gcATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCcag < 2:60416/149‑1 (MQ=255) gaaTTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTTGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCtt < 7:285054/66‑1 (MQ=255) cGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGt > 3:194454/1‑149 (MQ=255) caggtccaggtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAGCAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATg < 1:354817/148‑1 (MQ=255) caggtccaggtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATg < 1:23925/148‑1 (MQ=255) tccaggtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGAt > 8:173922/1‑149 (MQ=255) ccaggtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGtt < 3:247175/121‑1 (MQ=255) ccaggtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGtt > 4:247175/1‑121 (MQ=255) ggtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCg < 1:100202/149‑1 (MQ=255) gtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAAc < 3:268568/94‑1 (MQ=255) gtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAAc > 4:268568/1‑94 (MQ=255) gtcGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCgg < 7:173922/149‑1 (MQ=255) gCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggc > 2:350127/1‑146 (MQ=255) gCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggc < 1:350127/146‑1 (MQ=255) cAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggcgaag < 8:79337/149‑1 (MQ=255) cAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggcgaag > 6:11267/1‑149 (MQ=255) aaCTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCTAGGCAGGTCATGGTGATGTCggcgaaggc < 1:243562/149‑1 (MQ=255) ttGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggcgaaggcgaa > 6:73288/1‑149 (MQ=255) ttGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggcgaaggcgaa > 3:221592/1‑149 (MQ=255) ttGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCggcgaaggcgaa < 2:331849/149‑1 (MQ=255) aCGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACg > 6:280825/1‑149 (MQ=255) cGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACgg < 4:221592/149‑1 (MQ=255) gTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAacaacgtc > 1:45546/1‑143 (MQ=255) tCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCAGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGa > 7:305248/1‑149 (MQ=255) gctgctTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGCCAGGTCTTg > 8:55595/1‑148 (MQ=255) tttACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCaggccggtgtaaagcagcctgtgttcgactcgtccaagtttgccgacctggacctggaccgcaatgcctggcctgccaatccgcaggt > 7:156677‑M2/1‑45 (MQ=255) tttACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCaggccggtgtaaagcagcctgtgttcgactcgtccaagtttgccgacctggacctggaccgcaatgcctggcctgccaatccgcaggt < 8:156677‑M2/133‑89 (MQ=255) tACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGa < 4:194454/147‑1 (MQ=255) cacCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACATCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGAAcc < 8:6132/148‑1 (MQ=255) cacCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGAAccc > 7:320211/1‑149 (MQ=255) acCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCaggccggtgtaaagcagcctgtgttcgactcgtccaagtttgccgacctggacctggaccgcaatgcctggcctgccaatccgcaggtggaaacagccactgacaaag < 5:43158‑M2/148‑109 (MQ=255) ccGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGAACCCca > 4:93242/1‑149 (MQ=255) cGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCAGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGAACCCcac < 5:280890/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGAGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTGTTGCATCGAACCCca > 8:64601/1‑148 (MQ=255) ccTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCacgccggtgtaaagcagcctgtcttcgactcgtccaagattgccgaccaggacctggaccgcaatgcctggcctgccaatccccagctcgaaacagccactcacaaagcagtcg < 5:92702‑M2/149‑115 (MQ=255) | TATCAGCGCTGCGTCTGAACTTGGCCGACTGCTTTGTCAGTGGCTGTTTCCACCTGCGGATTGGCAGGCCAGGCATTGCGGTCCAGGTCCAGGTCGGCAAACTTGGACGAGTCGAACACAGGCTGCTTTACACCGGCCTTGCGCTGGTCGTCGTAGTCGCGCATGACCCGCAGGCCGACCTTGAACAGCAGGGCCAGGGCCACCAGGTTGACGAAGGCCAGGCAGGTCATGGTGATGTCGGCGAAGGCGAACACGGTCGACAGGTCTTGCATCGAACCCCACACG > NC_002947/585326‑585610 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |