New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5989987 = | 3298 (58.330) | 60 (1.120) | 29/244 | NT | 1.9% | intergenic (+299/+50) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase |
? | NC_002947 | 5990011 = | 3092 (57.820) | intergenic (+323/+26) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 3994 total aligned reads displayed.
AGGTCTCACCCTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCG > NC_002947/5989839‑5990135 | ctgcgagctgcaccgcgactggcgcaacgatgtcgaagggctggctgcactttgctccaaccacattccggattatcgcaacctgatgaccagctataacgcgctgactgcgggtaagtaatcaaccaccagcaacgtgcacaaaggcc < 5:228082‑M1/2‑1 (MQ=255) tcACCCTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCT < 5:255667‑M1/149‑1 (MQ=255) cccTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTccc < 1:235706/149‑1 (MQ=255) cacTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACag < 7:80495/149‑1 (MQ=255) acTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACaga < 2:297738/149‑1 (MQ=255) acTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACa > 1:301686/1‑147 (MQ=255) tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACaga > 4:96738/1‑147 (MQ=255) tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACaga > 3:123586/1‑147 (MQ=255) tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACaga > 2:134479/1‑147 (MQ=255) gatgatTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACaga > 5:289355/1‑146 (MQ=255) atgatTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGGCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAga > 6:315329‑M2/1‑147 (MQ=255) atgatTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACagaga > 2:163749/1‑147 (MQ=255) tCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCtctctgtagggagccg < 8:209291‑M1/148‑17 (MQ=255) tCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAgagccgg < 8:176759‑M2/149‑8 (MQ=255) aGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCtctctgtagggagccggtt < 7:145525‑M1/149‑20 (MQ=255) ccATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTAc < 8:158618/133‑1 (MQ=255) cATCGCTGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCttt < 4:68991/149‑1 (MQ=255) cATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCttt < 5:319413/149‑1 (MQ=255) 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cTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtg < 8:132563/148‑1 (MQ=255) cTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACGGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtg < 7:166267/148‑1 (MQ=255) tGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggt > 7:223395/1‑149 (MQ=255) gATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggtg > 3:174470/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggtgg > 4:194532/1‑149 (MQ=255) 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ggTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGa < 1:131580/149‑1 (MQ=255) tCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTg > 6:55271/1‑124 (MQ=255) aaCGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGt > 8:263594/1‑94 (MQ=255) tcgaattgAACAAATCTCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCTCGTTGCTGGTGTTTTATTACTTAACCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCaaa < 5:118480/142‑1 (MQ=255) aCGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCaaa < 8:30329/149‑1 (MQ=255) gACTGGACCAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTg < 8:327281/140‑1 (MQ=255) aCTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTg > 1:52633/1‑106 (MQ=255) aCTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTgg > 4:40970/1‑140 (MQ=255) tGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTgg < 7:272903/134‑1 (MQ=255) gAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGa < 5:368793/117‑1 (MQ=255) cAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagccag > 6:185486/1‑149 (MQ=255) cAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagccag > 4:169726/1‑149 (MQ=255) aGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGa < 8:282424/111‑1 (MQ=255) aGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGTAGCAAAGTGCAGCCAGccc < 4:261137/149‑1 (MQ=255) aacaaAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGa > 7:254074/1‑149 (MQ=255) acaaAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagccagc < 7:312421/141‑1 (MQ=255) caaAAAAACCGGCTCcctacagagagagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatc < 2:44049‑M1/136‑122 (MQ=255) caaAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTg < 1:159626/89‑1 (MQ=255) caaAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACa < 5:345530/149‑1 (MQ=255) aaaaaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCg < 2:111334/149‑1 (MQ=255) aaCCGGCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcatt > 5:80530‑M2/1‑19 (MQ=255) aaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGt < 8:106895/125‑1 (MQ=255) CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACa < 2:24039‑M1/141‑1 (MQ=255) | AGGTCTCACCCTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCG > NC_002947/5989839‑5990135 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |