New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1035592 | 45 (0.800) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 8.2% | coding (429/588 nt) | PP_0893 | ThiJ/PfpI family protein |
? | NC_002947 | = 1035617 | 46 (0.850) | coding (454/588 nt) | PP_0893 | ThiJ/PfpI family protein |
AAAGGTGTTGGACCTGGTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTATTGTCTGACAGGCTTGA > NC_002947/1035469‑1035760 | aaaGGTGTTGGACCTGGTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAATCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTgg > 5:252844/1‑149 (MQ=255) gtgtTGGACCTGGTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGcggg > 4:261088‑M2/1‑145 (MQ=255) gACCTGGTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCa < 7:285059/148‑1 (MQ=255) aCCTGGTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACg > 5:27928/1‑149 (MQ=255) gTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTc < 1:352690/147‑1 (MQ=255) gtgCGTTCGCCCAGGCCTGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGAc < 6:252844/147‑1 (MQ=255) gggCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGAc < 1:342385/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCGGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTg < 1:333836/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTg > 5:81087/1‑148 (MQ=255) cGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAgg > 6:167796/1‑149 (MQ=255) gCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGgcg < 7:167030/149‑1 (MQ=255) aaGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GTCCAGGCGCa > 4:69408/1‑149 (MQ=255) ccGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCAtgt < 3:217116/149‑1 (MQ=255) gcggcgGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATg < 6:102224/148‑1 (MQ=255) cggcggTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATgg < 6:81087/148‑1 (MQ=255) ggcggTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCa < 2:353774/149‑1 (MQ=255) gtgtGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGCAGTGTAGGGCACTTTAAAGGACAACGCGGTG‑‑GAACAGGCCCATTTGGTTGGCaa > 1:296637/1‑149 (MQ=255) ccATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGa > 8:273945/1‑149 (MQ=255) cATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGAc < 7:273945/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCgg > 7:296802/1‑149 (MQ=255) gctgGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCAc < 4:158884/140‑1 (MQ=255) gctgGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCAc > 3:158884/1‑140 (MQ=255) ctgGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCGCGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCCTGTGGATGGCACGCTGGTGACCGCACCGGCATGGcc > 4:295922/1‑149 (MQ=255) ggcggcggcAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTg > 7:106436/1‑127 (MQ=255) ggcggcggcAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTg < 8:106436/127‑1 (MQ=255) gcggcAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCa > 5:179466/1‑149 (MQ=255) cGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGtt > 3:214541/1‑149 (MQ=255) cGTGAGTGCAGCGCGGACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGGTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGtt < 3:295922/149‑1 (MQ=255) gAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCt > 5:345756/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTa > 3:248001/1‑147 (MQ=255) gCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTa > 3:270856/1‑147 (MQ=255) gCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTa < 4:248001/147‑1 (MQ=255) cAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTaaa < 6:179466/148‑1 (MQ=255) aGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTcc < 5:169694/142‑1 (MQ=255) aGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTcc > 6:169694/1‑142 (MQ=255) gcgTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCt > 6:207422/1‑149 (MQ=255) gcgTACCCGGCATGTGCACCAGAAGTGCGCCTGGcgggtacgcgctgcactcacgcccctccagcacccctgccgccgccagcagctgggcaccatggcacaccgccgcaatcggcttgccggcctggtcgaacgcccgcaccaggtc > 5:78557‑M2/1‑34 (MQ=255) gcgTACCCGGCATGTGCACCAGAAGTGCGCCTGGcgggtacgcgctgcactcacgcccctccagcacccctgccgccgccagcagctgggcaccatggcacaccgccgcaatcggcttgccggcctggtcgaacgcccgcaccaggtc < 6:78557‑M2/148‑115 (MQ=255) gTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTgg < 5:167796/149‑1 (MQ=255) gTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTgg < 4:270856/149‑1 (MQ=255) aCCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTggg > 5:181580/1‑148 (MQ=255) ccGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGcgggtacgcgctgcactcacgcccctccagcacccctgccgccgccagcagctgggcaccatggcacaccgccgcaatcggcttgccggcctggtc > 4:191211‑M2/1‑28 (MQ=255) ccGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGcgggtacgcgctgcactcacgcccctccagcacccctgccgccgccagcagctgggcaccatggcacaccgccgcaatcggcttgccggcctggtc < 3:191211‑M2/124‑97 (MQ=255) ccGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTGGAGACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGc > 1:102949/1‑149 (MQ=255) ggCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTTGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCAcgc > 6:14346/1‑149 (MQ=255) ggCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCAcgc < 8:296802/149‑1 (MQ=255) aTGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTa < 4:214541/149‑1 (MQ=255) gcCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTATTGTCt < 5:207422/149‑1 (MQ=255) gcCAGAAGTGCGCCTGGA‑GCGT‑‑GCCACGTTCATAGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTCGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGCCCCGCGCCCCCGCCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTCCTGGGCACGCGAATTGACt > 6:264932/1‑149 (MQ=255) ccAGAAGTGCGGCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACCTCGCGGTG‑‑GACCACGCGCATGTGGATCGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTATTGTCTg < 2:296637/149‑1 (MQ=255) ccAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GCCCCGGCGCATGTGGATGGCACCCTGGTGCCCGCACCGGCATGGCCCGCGACCCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTAGTGTCTg > 2:5630/1‑149 (MQ=255) cAGAAGGGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTATTGTCTGa < 5:264932/149‑1 (MQ=255) gcCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTATTGTCTGACAGGCttga < 2:102949/149‑1 (MQ=255) | AAAGGTGTTGGACCTGGTGCGGGCGTTCGACCAGGCCGGCAAGCCGATTGCGGCGGTGTGCCATGGTGCCCAGCTGCTGGCGGCGGCAGGGGTGCTGGAGGGGCGTGAGTGCAGCGCGTACCCGGCATGTGCGCCAGAAGTGCGCCTGGC‑GGGT‑‑GGCACGTTCATCGACATCGCGGTG‑‑GACCAGGCGCATGTGGATGGCAACCTGGTGACCGCACCGGCATGGCCCGCGCACCCGGCCTGGCTGGCGGCGTTCCTTAAAGTGCTGGGCACGCGTATTGTCTGACAGGCTTGA > NC_002947/1035469‑1035760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |