New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3522702 = | 50 (0.880) | 4 (0.080) | 4/228 | NT | 9.4% | intergenic (+489/‑208) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
? | NC_002947 | 3522789 = | 33 (0.660) | intergenic (+576/‑121) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
GCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCATGATGCGACCCGACGCCAAAG > NC_002947/3522641‑3522931 | gCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGTGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCa > 5:95145/1‑149 (MQ=255) gggTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCa < 3:182698/144‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCGCGGGGTTCAGCCGCGGTGCGGTGGTCACCACGCCCATGCCGATGCCCTGGGCCGGGGCAtagat > 4:182698/1‑145 (MQ=255) tCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCcag < 6:95145/149‑1 (MQ=255) ccGTGCCAGCTCTTCCGCCACCAGCACATGTTCAAAGTCCTGGCCCAGGCCCATGGAGTTAAGCATCTACTAGGCGTTCACCCGCGGTGCGTTGGACACCAAGCAAATGCCGATTACAAAGACCATGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACa > 4:332478/1‑149 (MQ=255) ccGTGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCACATCTTCAAACTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCGCGGCGTTCAGGCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACa < 2:210163/149‑1 (MQ=255) aGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTgg < 5:96615/149‑1 (MQ=255) cGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCAtt < 3:332478/146‑1 (MQ=255) gCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTc > 7:112275/1‑149 (MQ=255) ccaccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTgg < 6:9750/139‑1 (MQ=255) ccaccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTgg > 5:9750/1‑139 (MQ=255) caccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCg > 5:4459/1‑148 (MQ=255) ccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCAAGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACCGGCCGGGCATTGGCTCGt > 8:214033/1‑147 (MQ=255) gTTCACAGGGCTGGCCCCGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGCGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCAt < 4:285099/149‑1 (MQ=255) ttCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCAt < 6:4459/148‑1 (MQ=255) aGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAccc < 8:112275/149‑1 (MQ=255) GCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACAtt < 6:109839‑M1/148‑1 (MQ=255) CCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCa < 6:41308‑M1/148‑1 (MQ=255) GCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAgcg < 2:165085‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAgcg > 1:315902‑M1/1‑149 (MQ=255) ccatggcatcggcatgtgcgtggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCa > 1:51587‑M2/80‑142 (MQ=255) ccatggcatcggcatgtgcgtggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCa < 2:51587‑M2/63‑1 (MQ=255) TGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTAc > 6:137638‑M1/1‑149 (MQ=255) GCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCt > 7:214033‑M1/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAgc > 1:145800/1‑139 (MQ=255) gTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAgc < 2:145800/139‑1 (MQ=255) tcggcatgtgcgtggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGAt > 2:350198‑M2/72‑149 (MQ=255) aGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTAc < 7:67946/141‑1 (MQ=255) aGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTAc > 8:67946/1‑141 (MQ=255) tgtgCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTa < 2:71968/136‑1 (MQ=255) tgtgCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTa > 1:71968/1‑136 (MQ=255) gCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCt > 5:122783/1‑149 (MQ=255) cGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTc < 5:109839/149‑1 (MQ=255) aGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGa < 5:41308/148‑1 (MQ=255) ccGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAttt > 5:220189/1‑149 (MQ=255) ggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTg < 1:350198‑M2/108‑1 (MQ=255) gCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTg > 3:31877/1‑149 (MQ=255) gTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGa < 5:237131/149‑1 (MQ=255) accacGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAt < 4:38761/131‑1 (MQ=255) accacGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAt > 3:38761/1‑131 (MQ=255) accacGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATttctttct > 8:118470/1‑139 (MQ=255) accacGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATttctttct < 7:118470/139‑1 (MQ=255) ccacGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATACCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCg > 8:124801/1‑149 (MQ=255) cacGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGa > 4:280127/1‑149 (MQ=255) gCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCa > 3:315492/1‑149 (MQ=255) aTGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCatgat < 4:315492/149‑1 (MQ=255) catgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGa < 5:203239‑M2/110‑1 (MQ=255) catgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGa > 6:203239‑M2/14‑123 (MQ=255) ctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCATGATGCGACCCGACGCCAAAg > 1:215959‑M2/7‑149 (MQ=255) | GCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCATGATGCGACCCGACGCCAAAG > NC_002947/3522641‑3522931 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |