| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,904,996 | A→C | 6.3% | intergenic (‑163/+72) | PP_4312 ← / ← PP_4313 | hypothetical protein/peptidylprolyl isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,904,996 | 0 | A | C | 6.3% | 234.8 / 4.5 | 76 | intergenic (‑163/+72) | PP_4312/PP_4313 | hypothetical protein/peptidylprolyl isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/38); new base C (2/3); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
GCAGAGAATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGATCGCCCC > NC_002947/4904851‑4905139 | gCAGAGAATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAgg < 4:100239/149‑1 (MQ=255) gagaATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGcc > 3:129614/1‑148 (MQ=255) tatCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGtt > 5:204769/1‑149 (MQ=255) atCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCCTTGCCTAgggaa < 4:263992/149‑4 (MQ=255) atCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCCTTGCCTAgggaa < 1:388/149‑4 (MQ=255) tCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTTGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAg > 1:202124/1‑149 (MQ=255) tCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCCTTGCCTAgggaa < 1:384/148‑4 (MQ=255) tCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAg > 1:196604/1‑149 (MQ=255) tCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAg > 5:62551/1‑149 (MQ=255) 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ccATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGaa < 1:33373/149‑1 (MQ=255) aTCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAaca < 4:28065/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCgg > 7:270951/1‑132 (MQ=255) ccTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCgg < 8:270951/132‑1 (MQ=255) cTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTc < 2:156447/149‑1 (MQ=255) ttGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAAc < 4:255566/138‑1 (MQ=255) ttGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAAc > 3:255566/1‑138 (MQ=255) ggCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCaa < 8:333837/148‑1 (MQ=255) aaCGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAatcat < 6:204769/149‑1 (MQ=255) aaCGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGCGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAatcat > 4:199717/1‑149 (MQ=255) aCGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAatcatc > 6:138076/1‑149 (MQ=255) gAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAatcatc > 1:19067/1‑143 (MQ=255) gAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAatcatc < 2:19067/143‑1 (MQ=255) aGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTg < 2:275045/149‑1 (MQ=255) gTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAAGACTCAATCATCCCGCGTGAg < 6:220213/148‑1 (MQ=255) gTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGc < 6:135378/149‑1 (MQ=255) gTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGaa > 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gTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGaa < 6:17575/148‑1 (MQ=255) cctccCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAaggt > 3:83974/1‑148 (MQ=255) ctccCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAaggtc < 3:199717/148‑1 (MQ=255) ccTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAaggtcaggt > 5:136445/1‑149 (MQ=255) gAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCcgc < 2:239337/103‑1 (MQ=255) gAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCcgc > 1:239337/1‑103 (MQ=255) gAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCGGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGAGCTCGAAGGTCAGGTCCGATTTcg > 4:70974/1‑149 (MQ=255) gCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTcggcgg > 8:337483/1‑149 (MQ=255) ccGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTcggcgg < 4:83974/148‑1 (MQ=255) taaccTAGGCCTTGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGATc > 5:230030/4‑149 (MQ=255) accTAGGCCTTGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGATCGc > 2:355832/2‑149 (MQ=255) ccTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTg > 4:212389/1‑95 (MQ=255) tAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGATCGcccc > 8:221512/1‑149 (MQ=255) | GCAGAGAATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGATCGCCCC > NC_002947/4904851‑4905139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |