| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,097,265 | A→T | 9.3% | intergenic (+256/+36) | PP_mr66 → / ← acsA‑I | P6/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,097,265 | 0 | A | T | 9.3% | 110.1 / 3.8 | 43 | intergenic (+256/+36) | PP_mr66/acsA‑I | P6/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/11); new base T (2/2); total (30/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
GAATTGTTTCCTGGCGCCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCTTGCCCGCGAATGCGTGAGGTCAGGGGACAGC‑T‑TAGCCTGAACTGACGCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCAGGGGGTATTGCCGGGAAGGGTTTACGCCGAAGCCAGGTTCATCGCCTTGTGGGTATCGATCAGGTGCTGTACCACACCCGGGTCAGCCAAGGTCGAGATATCGCCCAGGGCGTCGTACTCACCGGTGGCGATC > NC_002947/5097120‑5097412 | gAATTGTTTCCTGGCGCCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCTTGCCCGCGAATGCGTGAGGTCAGGGGACAGC‑T‑TAGCCTGAACTGACGCATTCG‑CGGGCAAGc < 7:11159/149‑1 (MQ=255) gTTTCCTGGCGCCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCTTGCCCGCGAATGCGTGAGGGCAGGGGACAGC‑T‑TAGCCTGAACTGACGCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCt > 7:91490/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCTTGCCCGCGAATGCGTGAGGTGAGGGGACAGC‑T‑TAGGCTGAACTGACGCATTAG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTg > 1:324219/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATGGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCGTGCCCGCGAATGCGTGAGGGCCGGGGGCAGC‑G‑GAGCCTGCACGGCCGCCTTCG‑CGGGCCAGCCCGCGCCGGc > 1:329487/1‑149 (MQ=255) agctccccGAACCTGGGCGGGGCCGGTCACACAACAGAACCCTATTTTTGGCGGGTAACAATCCAAACGCGGGCTGGCCCGCTAATGCGTGCGGCCCGGGGACAGC‑T‑TCGCCTGAACTGACGCTTTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCAg < 2:232094/145‑1 (MQ=255) gcgcCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGGTTGCCCGCGTATGCGTGAGGTCACGGGCCACG‑A‑TATCCTGGACGGACGCCTTCC‑CGGGCAAGCCCCCGCCGGCAgg > 8:216003/1‑149 (MQ=255) gcgcCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATGGTCGGGTAACAATGCAAACGCGGGCTTGCCCGCTAATGCGTGAGGTCAGGGGACAGC‑T‑TAGCCTGAACTGACGCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCAgg < 1:231797/149‑1 (MQ=255) cccGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCTTGCCCGCGAATGCGTGAGGTCAGGGGACAGC‑T‑TAGCCTGAACTGACGCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCAg > 1:232094/1‑144 (MQ=255) 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g‑cgGGCAAGCCCGCTCCTGCAGGGGGTATTGCCGGGAAGGGTTTACGCCGAAGCCAGGTTCATCGCCTTGTGGGTATCGATCAGGTGCTGTACCACACCCGGGTCAGCCAAGGTCGAGATATCGCCCAGGGCGTCGTACTCACCGGTgg > 3:15388/1‑149 (MQ=255) cAAGCCCGCTCCTGCAGGGGGTATTGCCGGGAAGGGTTTACGCCGAAGCCAGGTTCATCGCCTTGTGGGTATCGATCAGGTGCTGTACCACACCCGGGTCAGCCAAGGTCGAGATATCGCCCAGGGCGTCGTACTCACCGGTGGCGATc > 4:317118/1‑149 (MQ=255) | GAATTGTTTCCTGGCGCCCCGAACCTGTGCGGGGCCGGTGACAGAACAGTAACCGATGATTGTCGGGTAACAATGCAAAAGCGGGCTTGCCCGCGAATGCGTGAGGTCAGGGGACAGC‑T‑TAGCCTGAACTGACGCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCAGGGGGTATTGCCGGGAAGGGTTTACGCCGAAGCCAGGTTCATCGCCTTGTGGGTATCGATCAGGTGCTGTACCACACCCGGGTCAGCCAAGGTCGAGATATCGCCCAGGGCGTCGTACTCACCGGTGGCGATC > NC_002947/5097120‑5097412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |