Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,123,458 | T→A | 6.9% | D225V (GAC→GTC) | PP_4510 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,123,458 | 0 | T | A | 6.9% | 169.5 / 2.0 | 58 | D225V (GAC→GTC) | PP_4510 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/25); new base A (2/2); total (31/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
CGGCCCCCTGCCCTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCACCTTGTGCTTGAGGTACG > NC_002947/5123314‑5123605 | cggcCCCCTGCCCTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGAAACAGCTCGACAGTGCCGTCCCATTGCTCGATCAGGTCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCAc < 6:292947/149‑1 (MQ=255) ccccTGCCCTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTGGACTACCTc > 1:328213/1‑148 (MQ=255) ccTGCCCTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTcacc > 8:190598/1‑149 (MQ=255) ccTGCCCTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTcacc < 3:241272/149‑1 (MQ=255) cccTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTGGACTACCTcaattgc < 2:328213/148‑6 (MQ=255) tCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGACGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTg > 5:24916/1‑149 (MQ=255) gAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGc < 7:190598/148‑1 (MQ=255) ccTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGt < 1:217169/127‑1 (MQ=255) ccTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGt > 2:217169/1‑127 (MQ=255) gcgcAACGCCGCCACGGCCTTGGCTTCGGCCAGCCGATACATTTTGAAACTTCCGTCCCAATGCTTGTTCTTGGCCGTGCATGACTCCTCCCATTTCCCGCAATTTTTGTATTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCatgatg < 7:226020/147‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGa > 1:190137/1‑149 (MQ=255) gccgccACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCg > 5:34379/1‑125 (MQ=255) gccgccACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCg < 6:34379/125‑1 (MQ=255) ccgccACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCAAGATCAGGGCCGTGCACGACTACACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCACGGCATGATGGAAATGCCCg > 1:97971/1‑149 (MQ=255) cTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCAccc < 7:84295/149‑1 (MQ=255) gCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCAcgg > 3:279038/1‑149 (MQ=255) aGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCTGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGa > 1:28654/1‑109 (MQ=255) aGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGa < 2:28654/109‑1 (MQ=255) aGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCa < 2:645/149‑1 (MQ=255) cTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACt > 7:118318/1‑149 (MQ=255) acTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCgg < 6:14550/85‑1 (MQ=255) acTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCgg > 5:14550/1‑85 (MQ=255) acTGACGTCCCAATGCGCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTCCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATgg < 2:97971/148‑1 (MQ=255) tGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGc > 1:37032/1‑148 (MQ=255) ccGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCAc > 6:117083/1‑65 (MQ=255) ccGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCAc < 5:117083/65‑1 (MQ=255) tCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGc > 7:147758/1‑149 (MQ=255) aaTGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTtc > 6:271792/1‑149 (MQ=255) tGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTtctc < 5:271792/149‑1 (MQ=255) tCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCAt > 5:212909/1‑130 (MQ=255) tCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCAt < 6:212909/130‑1 (MQ=255) tCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCg > 7:16191/1‑147 (MQ=255) tCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATAAGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCAATCATGGCCAATGCCGTTCTCg > 6:355052/1‑147 (MQ=255) gctCAGCGCCGGGCACGACTCCACCCAGTCCCCCCAATTGCCGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCCTTCTCGaa < 4:38988/145‑1 (MQ=255) aGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCt < 2:190137/149‑1 (MQ=255) ggCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTtc > 6:6965/1‑136 (MQ=255) ggCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTtc < 5:6965/136‑1 (MQ=255) gCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCtgat < 8:147758/149‑1 (MQ=255) cGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGc > 4:280044/1‑143 (MQ=255) cGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGc < 3:280044/143‑1 (MQ=255) cACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACAGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGa < 4:178145/133‑1 (MQ=255) cACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACAGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGa > 3:178145/1‑133 (MQ=255) aCGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTc > 8:146655/1‑149 (MQ=255) gACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCAc > 5:91029/1‑149 (MQ=255) cACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCtgatg > 2:326516/1‑136 (MQ=255) cACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCtgatg < 1:326516/136‑1 (MQ=255) cACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCgcgc < 5:355052/149‑1 (MQ=255) aCCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGcc > 4:184763/1‑149 (MQ=255) aCCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGcc > 3:247063/1‑149 (MQ=255) ccAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCtt > 2:50472/1‑149 (MQ=255) tCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCAc < 8:118318/149‑1 (MQ=255) cccGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCAcc > 5:371336/1‑148 (MQ=255) cccGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCAcc < 6:371336/148‑1 (MQ=255) cGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCACCTtg < 4:279038/149‑1 (MQ=255) gggtGAGGTGGACTACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGc < 2:248602/114‑1 (MQ=255) gggtGAGGTGGACTACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGc > 1:248602/4‑117 (MQ=255) aTTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCACCTTGTGCt > 8:188003/1‑149 (MQ=255) ttGAGGTAGTCCACCTCACCCATCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCAACCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTCATGAAGTTCACCGCGCCATTCACCTTGTGCtt > 7:55751/1‑149 (MQ=255) aGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCACCTTGTGCTTGa < 4:134469/148‑1 (MQ=255) gTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCACCTTGTGCTTGAGGTACg > 2:165519/1‑149 (MQ=255) | CGGCCCCCTGCCCTCGAGCCTTAAGCCGGCTCGCGCAACGCCGCCACGGCCTGCGCTTCGGCCAGCCGATACAGCTCGACACTGCCGTCCCAATGCTCGATCAGGGCCGTGCACGACTCCACCCAGTCCCCGCAATTGAGGTAGTCCACCTCACCCACCTTGCGGATCTCGGCATGATGGATATGCCCGCACACCACCCCGTGAAAACCACGGCGGGTGCACTCATGGGCAATGGCGTTCTCGAAGTCGCTGATGAAGTTCACCGCGCCTTTCACCTTGTGCTTGAGGTACG > NC_002947/5123314‑5123605 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |