Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,182,072 | A→C | 7.3% | intergenic (‑130/+24) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,182,072 | 0 | A | C | 7.3% | 152.7 / 4.1 | 55 | intergenic (‑130/+24) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/21); new base C (2/2); total (32/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
AGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGTTT > NC_002947/5181926‑5182218 | aGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCgaga < 5:98034/149‑1 (MQ=255) gAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCg < 7:66036/149‑1 (MQ=255) aGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGGGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGGGAA‑‑CCCGCGAAGAGGCCGGCActtat < 6:253165/148‑5 (MQ=38) gCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCt > 1:72073/1‑148 (MQ=255) tctcCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaag > 7:97856/1‑149 (MQ=255) ctcCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagt > 6:151962/1‑149 (MQ=255) cgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATATACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CACGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTAAAGGcttat > 3:295853/1‑147 (MQ=255) cacaGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCgatgtgt > 1:307724/1‑142 (MQ=255) cGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACctgct > 6:318208/1‑149 (MQ=255) cGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGcgcct > 2:244502/1‑149 (MQ=255) gAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGcgcctc > 3:241613/1‑149 (MQ=255) tgtgCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGcgcctcgcct > 7:336765/1‑149 (MQ=255) cgctgctCCCGGCCTGTGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCttt < 8:336765/148‑1 (MQ=255) gctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTg < 4:241613/149‑1 (MQ=255) ctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGa < 5:151962/149‑1 (MQ=255) gctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCAAGTCCGAGAAGAGGCCGGCACCCCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTCACCTCCTGCGCATCGCCttt > 1:103306/1‑147 (MQ=255) gctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGc > 3:127119/1‑149 (MQ=255) cccGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTcc > 1:14469/1‑149 (MQ=255) ccGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCATTTGAGCTCCt > 1:121589/1‑149 (MQ=255) ccGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTgcgc < 2:72073/149‑1 (MQ=255) ccGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTgcgc > 8:277085/1‑149 (MQ=255) cGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgcc > 2:237580/1‑149 (MQ=255) gTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgcct > 7:82036/1‑149 (MQ=255) tGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgcctt > 3:105939/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgc < 8:97856/149‑1 (MQ=255) tGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcct > 8:199793/1‑149 (MQ=255) tGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcct > 1:73096/1‑149 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcctt > 8:89067/1‑149 (MQ=255) aagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTca > 8:141039/1‑97 (MQ=255) aagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTca < 7:141039/97‑1 (MQ=255) aagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTc > 3:97165/1‑149 (MQ=255) gaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg < 5:318208/149‑1 (MQ=255) gCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGc < 4:97165/148‑1 (MQ=255) aCGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCAGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCtt > 3:1887/1‑149 (MQ=255) aCGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCAACGGATCCTTCACATTTCACTTGACCTGCTGCGCCTAGCCTTTGAGCTCCTGCTCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCtt > 1:222665/1‑149 (MQ=255) aaTACGTGCCGGCCTATTCGCGGGTTCA‑‑CCCTATAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTAACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc < 2:222665/149‑1 (MQ=255) aTAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTCCTGCGCCTCGCCTATCAGCTCCTGCGCCTAGCCTTCGGCCCGCAGCTATTCg > 8:64445/1‑149 (MQ=255) gCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg > 5:187978/1‑149 (MQ=255) gCCGGCCTCTCCGCGGGTGCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAACGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg < 4:214377/149‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg < 6:187978/148‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCTCGGGTGAA‑‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGt > 8:152239/1‑148 (MQ=255) ctctTCTCGGGTGAA‑‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACTGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCAcc > 6:86144/1‑149 (MQ=39) cgcgGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCtt < 7:277085/146‑1 (MQ=255) cgcgGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCtt < 1:237580/146‑1 (MQ=255) cgcgGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGc < 1:244502/148‑1 (MQ=255) cgGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCaa > 3:223325/1‑149 (MQ=255) gggTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCg > 7:180780/1‑129 (MQ=255) gggTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCg < 8:180780/129‑1 (MQ=255) gggTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAac < 7:199793/149‑1 (MQ=255) tgaa‑‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACAcc < 7:152239/146‑1 (MQ=255) cA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCg > 5:216175/1‑114 (MQ=255) cA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCg < 6:216175/114‑1 (MQ=255) a‑‑CCCGAGAATAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTg < 2:103306/149‑1 (MQ=255) ccGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGtt > 3:66219/1‑149 (MQ=255) cGAGAAGGGTCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCCCCGCTTCCTTCACTTTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGATCTCCTgc < 5:226772/93‑1 (MQ=255) cGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGttt < 7:64445/149‑1 (MQ=255) | AGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCA‑‑CCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGTTT > NC_002947/5181926‑5182218 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |