Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,239,884 | G→A | 10.0% | A144V (GCG→GTG) | ldh ← | leucine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,239,884 | 0 | G | A | 10.0% | 132.3 / 4.8 | 50 | A144V (GCG→GTG) | ldh | leucine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/22); new base A (3/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-02 |
TCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGCCTC > NC_002947/5239740‑5240032 | tCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCAtg > 4:99004/1‑149 (MQ=255) tCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCAtg > 4:94015/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCAtgt > 7:291251/1‑149 (MQ=255) cgcgCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCAtgt < 3:178745/148‑1 (MQ=255) ccACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCACGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGAt < 5:157143/149‑1 (MQ=255) gCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTc < 3:99004/149‑1 (MQ=255) gCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTc < 3:94015/149‑1 (MQ=255) cATGCAATTTCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTc < 3:300948/148‑1 (MQ=255) cATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTc > 4:300948/1‑148 (MQ=255) cATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCg > 4:276023/1‑149 (MQ=255) cAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGTCCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCg < 2:133060/149‑1 (MQ=255) aaTTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGa > 8:138832/1‑149 (MQ=255) gCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCACCCCCTGGACCGCTACCCGCACGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACGCCCCCAGCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGc < 6:101240/148‑1 (MQ=255) cGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAgtgg > 4:156064/1‑149 (MQ=255) ccAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAgtggtg < 7:184584/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAgtggtg > 8:184584/1‑149 (MQ=255) cAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGc > 8:263955/1‑149 (MQ=255) gggCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTg < 3:156064/149‑1 (MQ=255) tAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGacac > 1:247747/1‑149 (MQ=255) cATTGCCCAACTCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt > 1:177735/1‑113 (MQ=255) cATTGCCCAACTCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt < 2:177735/113‑1 (MQ=255) cccAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCt > 4:123703/1‑149 (MQ=255) aCCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTgg < 8:291251/149‑1 (MQ=255) ccccTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGa < 4:55696/102‑1 (MQ=255) ccccTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGa > 3:55696/1‑102 (MQ=255) gACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGTGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATg < 8:306677/148‑1 (MQ=255) gACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAAt < 7:263955/147‑1 (MQ=255) cccccaaCCCCCCAGCCGCACAGGTCATCGCGGCCCAGCCGGACCGCGGTTGGGGCAAGTAGGCCCGCCAACCCCCCCAGCGCCGCATTGGTCGTTGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCa < 2:352842/143‑1 (MQ=255) aCCGCTCCCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCa < 4:72240/149‑1 (MQ=255) cTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAgg < 3:116945/126‑1 (MQ=255) cTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAgg > 4:116945/1‑126 (MQ=255) cTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgggg > 2:57273/1‑95 (MQ=255) cTACCCGCAAGCCTCTCAGGGCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgggg < 1:57273/96‑2 (MQ=39) gCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTc > 6:35835/1‑148 (MQ=255) gCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAgg > 5:179474/1‑149 (MQ=255) aGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGGGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGt < 7:232500/149‑1 (MQ=255) aGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGc < 6:179474/149‑1 (MQ=255) ggAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCga > 8:268315/1‑147 (MQ=255) ggAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCga < 7:268315/147‑1 (MQ=255) gAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCgatga > 3:7928/1‑149 (MQ=255) aaCGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGACGAGGTGCCACTGTCCACGGCgatgat > 1:46345/1‑149 (MQ=255) ggTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAgc < 3:276023/149‑1 (MQ=255) aCGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGc > 5:160213/1‑148 (MQ=255) cccGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTACTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATc > 7:317335/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATc > 4:301261/1‑148 (MQ=255) acacCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATTGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCga > 1:245608/1‑118 (MQ=255) acacCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCga < 2:245608/117‑1 (MQ=255) gacccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCgg > 3:233485/3‑149 (MQ=255) cccccATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCgg < 5:35835/149‑1 (MQ=255) aTCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCa > 6:356/1‑147 (MQ=255) ccgcATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTTGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGcc < 7:138832/149‑1 (MQ=255) gcATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAg < 6:55939/144‑1 (MQ=255) gcATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAg > 5:55939/1‑144 (MQ=255) gcATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTACTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGCCTc < 8:317335/149‑1 (MQ=255) | TCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGA‑TGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGCCTC > NC_002947/5239740‑5240032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |