Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,520,364 | C→T | 6.9% | A137V (GCC→GTC) | PP_4853 → | DMT superfamily permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,520,364 | 0 | C | T | 6.9% | 169.2 / 2.0 | 58 | A137V (GCC→GTC) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/30); new base T (2/2); total (26/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
ACCAGTGCCACCAACATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTGCCGCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAG > NC_002947/5520216‑5520509 | aCCAGTGCCACCAACATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGc > 4:146168/1‑149 (MQ=255) accaACATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCAccc > 2:315566/1‑149 (MQ=255) accaACATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGAGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCa > 3:173122/1‑146 (MQ=255) accaACATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGAGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCa < 4:173122/146‑1 (MQ=255) cATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGGGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCa < 3:188983/149‑1 (MQ=255) aTGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAg > 5:34733/1‑149 (MQ=255) atcCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTgca < 6:34733/149‑1 (MQ=255) gCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGc > 8:288688/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGcc > 4:277801/1‑126 (MQ=255) aTGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGcc < 3:277801/126‑1 (MQ=255) aTGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCCCTTGCTgcagcaggctggc < 1:315566/149‑8 (MQ=255) aTGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGaa < 3:146168/149‑1 (MQ=255) cGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGTCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAgc < 4:191987/149‑1 (MQ=255) gCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAgcg < 8:53304/149‑1 (MQ=255) gCTGAGGTCACTGGCGCCGCCCATCGCCTGGCCTGGCCAGCGCCGGAGCTACGGCGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAgcg < 8:55002/149‑1 (MQ=255) aTGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAgcggc < 2:338332/147‑1 (MQ=255) aTGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGa > 5:327157/1‑149 (MQ=255) cACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAggg > 1:273858/1‑131 (MQ=255) cACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAggg < 2:273858/131‑1 (MQ=255) aCTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGTCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGa < 6:172364/134‑1 (MQ=255) aCTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGTCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGa > 5:172364/1‑134 (MQ=255) tGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGtt > 6:271026/1‑148 (MQ=255) gTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCtgg > 6:284952/1‑149 (MQ=255) tCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCtgg < 2:321383/148‑1 (MQ=255) cATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCtggtg > 3:80939/1‑148 (MQ=255) aTCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCtggtgg > 7:284992/1‑148 (MQ=255) aTCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCtggtgg > 7:305998/1‑148 (MQ=255) cgtGGCCACCGCCTGAGGCACGGTGCCCTGCGGGGCGCGGTGGTGTCAATCTTCGGCCGGCCTGCAGTGGTCAGTGCCGGGCCCCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCGGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCGGGTGGCAACCTTGGc < 4:347001/147‑1 (MQ=255) ttGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGcc > 1:15555/1‑149 (MQ=255) gcCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTg < 5:271026/149‑1 (MQ=255) ccTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAgg < 2:30877/96‑1 (MQ=255) ccTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAgg > 1:30877/1‑96 (MQ=255) aGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGTCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGc < 5:148143/134‑1 (MQ=255) aGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGTCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGc > 6:148143/1‑134 (MQ=255) aGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGTCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACa < 2:40797/148‑1 (MQ=255) aGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTAc < 7:87210/147‑1 (MQ=255) tACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCc‑‑tg < 7:36706/78‑1 (MQ=255) tACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCc‑‑tg > 8:36706/1‑78 (MQ=255) cGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTc < 5:284952/148‑1 (MQ=255) cGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTCAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTcc > 5:286909/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCctgctg > 7:315194/1‑148 (MQ=255) ctgctgGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTgaa < 2:15555/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGt > 6:193678/1‑94 (MQ=255) ggCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGt < 5:193678/94‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGGTGAAGAAAt < 6:286909/148‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATg < 7:288688/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTGGTGTCATTCTTCGGCGGGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATgg < 6:371795/149‑1 (MQ=255) cgcgGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGc < 1:46082/149‑1 (MQ=255) tgtCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTgcgc < 8:305998/149‑1 (MQ=255) gtCATTCTTCGGCGTGATTGAAGTGGTCAGTGCCGGCAACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGc > 5:219028/1‑105 (MQ=255) ttcttcGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGCCCTGGTGATGCTGGTGGCCACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCCGCTGCGCCTgcc > 2:94284/1‑149 (MQ=255) ttcGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTgccgc > 2:42451/1‑148 (MQ=255) ttcGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTgccgc > 2:316710/1‑148 (MQ=255) ggCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTGCCGCCaa < 1:42451/148‑1 (MQ=255) cGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCAGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCctgct < 6:252856/117‑1 (MQ=255) cGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCAGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCctgct > 5:252856/1‑117 (MQ=255) tGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTGCCGCCAATGCAgctgc > 1:350837/1‑149 (MQ=255) aGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTGCCGCCAATGCAGCTGCTGt < 6:166060/149‑1 (MQ=255) gTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTGCCGCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAg < 6:327157/149‑1 (MQ=255) | ACCAGTGCCACCAACATGGGCATCATCCTCTCGCTGATGCCGCTGATGTCACTGGCGCTGTCCATCGCCTGGCTTGGCCAGCGCCTGAGCTACGGTGCCCTGCTGGGCGCGGTGGTGTCATTCTTCGGCGTGCTTGAAGTGGTCAGTGCCGGCCACCCCGCCAGCC‑‑TGCTGCAGCAAGGGCTGAACAGCGGCGACCTGTTGATGCTGGTGGCAACCTTGGCCTATGCGCTGTACAGCTTCCTGCTGAAGAAATGGCAGCTGCGCCTGCCGCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAG > NC_002947/5520216‑5520509 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |