Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,537,069 | C→T | 17.8% | intergenic (+46/+57) | nadE → / ← PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,537,069 | 0 | C | T | 17.8% | 131.8 / 15.8 | 57 | intergenic (+46/+57) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/23); new base T (4/6); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAG > NC_002947/5536925‑5537217 | ttCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTACCCCGCGAAAAAGAGGGTGAACCCAc > 2:114726/1‑149 (MQ=255) ccTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCAcc > 7:312759/1‑148 (MQ=255) tGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTGACCCGCGGAAAAGCCGGTGAACCCACCGAc > 3:62607/1‑149 (MQ=255) ggacAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCGCCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCAt > 6:349888/4‑148 (MQ=255) ggCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTc > 2:247546/1‑149 (MQ=255) aGCCGGTTGACCAGGCTGCGTTCGACATCATCGTCGCCACGTCCCGCAAGACCCTGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCATTCATAAGTGGCCTGCAGCAGCGGTTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTcgcg < 8:17087/149‑1 (MQ=255) gccgcctGACCCGCCAGCGCTCGACATCACCCCCGCCCCCCACCGCACCACCCCCCACCCCCGCCACCTGCCGCTCGCTCCTTCATACGTGCCCTGCAGCAGCGGGTCCCCCCGCGAATACGAGGCTGAACCCACCGACGCATTCGCgg < 8:312759/143‑1 (MQ=255) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 8:40225/149‑1 (MQ=25) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 6:184564/149‑1 (MQ=25) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCgg < 1:339428/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAACTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCgg < 6:210111/149‑1 (MQ=255) cGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGt < 1:247546/149‑1 (MQ=255) cGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGt < 7:6891/149‑1 (MQ=255) cAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 8:293970/139‑1 (MQ=21) cAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg > 7:293970/1‑139 (MQ=21) ccTACCGCAATACCCAGCACAAGCGCTAACTGCCTTTCGCTCCTTGATATGTGGCCTGCTGGAGCGGGTTCCCCCGCTAATACGCGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGa < 1:114726/149‑1 (MQ=38) cTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGTACCCACCGACGCATTAGCGGGTGAAACCGCTCCGGCAGGGGTCGCCGGCAGCCTTTGAt > 1:100012/1‑149 (MQ=255) aCCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa < 3:94060/138‑1 (MQ=255) cGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACt > 3:240886/1‑149 (MQ=255) aaGACCCACCAAACGCGCTAACTGCGGTTGGCTCTTTTATAAGTGGCTTGCAGGAGGGGGTTCACCCGCTAATACGTGGGTTAACCCACGGACGCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGa < 6:120213/149‑1 (MQ=255) aGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 1:192921/102‑1 (MQ=14) aGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg > 2:187165/1‑102 (MQ=14) aGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg > 2:192921/1‑102 (MQ=14) aGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 1:187165/102‑1 (MQ=17) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg > 6:155747/1‑98 (MQ=14) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 5:155747/98‑1 (MQ=14) cAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCCCCAATACACGGGTGCACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCCCTACTGGAGGGTTGCCACTCAGCCGATGAATACTAGaagcaga > 2:291752/1‑143 (MQ=255) aGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGTGGGTg > 8:18906/1‑99 (MQ=255) aGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGTGGGTg < 7:18906/99‑1 (MQ=255) acaAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCtt < 5:349888/149‑1 (MQ=255) acaAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAAACCGCGAAAAAGAGGGTGAAACCACCCACCCAATCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTGAGCCGTTGATTACTTTACGAT‑‑GAACtt > 4:212607/1‑149 (MQ=255) aaGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGGGGGTGAACCCCCCGCCGCATTAGCGGGTGAACCCGCGCCTGGAGGGTTCGCCGGCCGCCTTTGATTACTTGAGGAT‑‑GACCTTgg > 5:127438/1‑148 (MQ=255) cgcgAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGc < 8:251529/98‑1 (MQ=255) cgcgAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGc > 7:251529/1‑98 (MQ=255) aCTGCCGTTCCCTCCTTGATAAGGGGCCTCCCGGAGCGGGTTCCCCCGCGAATACGAGGGGGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTtcatc < 6:127438/149‑1 (MQ=38) ccGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTTAACCAACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCg < 7:316159/149‑1 (MQ=255) gCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAt < 7:159944/112‑1 (MQ=255) tAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAAGAGGGTGAACCCACCGCCGCATTCGCGGGTGAACCCGCGCCGGGAGGGGTGGGCGGCAGCCGTTTATTACTTGACGAA‑‑GGCCGTGGCATTCATCATGGAGATTGGGCCCggg > 4:264725/1‑148 (MQ=19) gTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAgg < 4:240886/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTg < 7:216306/149‑1 (MQ=255) catGCAGTAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCa < 3:212607/147‑1 (MQ=255) aGGAGCGGGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCagaag > 2:111081/1‑148 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGTGGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag < 2:100012/149‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag > 5:74628/1‑149 (MQ=255) gggTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTg > 6:246180/1‑148 (MQ=255) gTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAg > 1:302232/1‑149 (MQ=255) ttCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGt > 1:281283/1‑149 (MQ=255) tCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGt > 5:268728/1‑148 (MQ=255) aCCCGCTAATCCGCGGGCCAACCCACCCCCGCATGCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcac < 4:196166/149‑1 (MQ=255) cccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcac > 7:237250/1‑148 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcacca > 4:69580/1‑149 (MQ=255) cgcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac > 2:324475/1‑149 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCa < 1:138321/120‑1 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCa > 2:138321/1‑120 (MQ=255) gggTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGc < 3:69580/149‑1 (MQ=255) gTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGGACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCtt > 7:129589/1‑149 (MQ=255) aCCCACCGACTCTTTCGCGGGGTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGTATTCTTGTCGATTCTATTTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 1:291752/148‑1 (MQ=255) cccACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAg > 5:134383/1‑149 (MQ=255) | TTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAT‑‑GACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAG > NC_002947/5536925‑5537217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |