Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,725,838 | G→A | 7.7% | T376T (ACC→ACT) | opgH ← | glucans biosynthesis glucosyltransferase H |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,725,838 | 0 | G | A | 7.7% | 145.2 / 2.6 | 52 | T376T (ACC→ACT) | opgH | glucans biosynthesis glucosyltransferase H |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/22); new base A (2/2); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 |
ATGCGGATGATCGCGTTGTGGCCCCAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGAGGTTACCG > NC_002947/5725692‑5725985 | aTGCGGATGATCGCGTTGTGGCCCCAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGt < 1:258807/149‑1 (MQ=255) aTGCGGATGATCGCGTTGTGGCCCCAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGt > 5:98844/1‑149 (MQ=255) atCGCGTTGTGGCCCCAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGgatgat > 4:149506/1‑149 (MQ=255) cgTTGTGGCCCCAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCg < 1:109274/149‑1 (MQ=255) cccAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCggg > 7:162553/1‑149 (MQ=255) ccAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGt > 7:9568/1‑149 (MQ=255) agtagtGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTg < 4:118696/149‑1 (MQ=255) aCCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAgg < 3:149506/148‑1 (MQ=255) ccAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATc < 3:190448/143‑1 (MQ=255) ccAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATc > 4:190448/1‑143 (MQ=255) ccAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTg < 2:326458/127‑1 (MQ=255) ccAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTg > 1:326458/1‑127 (MQ=255) aaGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGgctgct > 5:75090/1‑149 (MQ=255) cGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTcg > 6:117081/1‑149 (MQ=255) cAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGa > 2:135759/1‑149 (MQ=255) cAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGa < 6:98844/149‑1 (MQ=255) aGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTc > 7:303146/1‑129 (MQ=255) aGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTc < 8:303146/129‑1 (MQ=255) gTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGGATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGCCACTCGCCGCTCATGACg < 4:270858/149‑1 (MQ=255) ggCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTg > 1:161564/1‑149 (MQ=255) ccGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTTCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGccga > 3:80016/1‑145 (MQ=255) ccGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTc > 3:113574/1‑149 (MQ=255) cGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCg < 8:127281/149‑1 (MQ=255) tACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGc > 3:253542/1‑149 (MQ=255) acGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTc < 5:117081/149‑1 (MQ=255) acGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTc > 8:185986/1‑149 (MQ=255) tAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTTCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCCGACAGCGTcatgagcg < 4:80016/149‑8 (MQ=255) gAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCa > 6:362128/1‑149 (MQ=255) accctgtATGCACGCATGCAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCAtg > 3:204631/4‑148 (MQ=255) tgctgcATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCAtgta > 5:146685/1‑149 (MQ=255) 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tGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCAtgtacttgtac < 4:113574/149‑1 (MQ=255) tGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCAtgtacttgtac < 2:161564/149‑1 (MQ=255) cGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTc < 4:206650/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCAccc > 5:201232/1‑149 (MQ=255) ggTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGc > 6:38657/1‑149 (MQ=255) tCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGAc < 5:38657/148‑1 (MQ=255) tCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGAc < 8:162553/148‑1 (MQ=255) tCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACg < 8:9568/149‑1 (MQ=255) tCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACg < 8:273962/149‑1 (MQ=255) cATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTc > 6:168722/1‑132 (MQ=255) cATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTc < 5:168722/132‑1 (MQ=255) cccGAGTCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGaa < 5:362128/149‑1 (MQ=255) tttCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGa < 4:253542/149‑1 (MQ=255) cccAGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGAGGTTAc < 3:59762/149‑1 (MQ=255) cccAGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGAGGTTAc < 3:64453/149‑1 (MQ=255) ccGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGAGGTTAcc > 5:228192/1‑149 (MQ=255) cGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGAGGTTACCg > 1:42810/1‑149 (MQ=255) | ATGCGGATGATCGCGTTGTGGCCCCAGTAGTGCGACTCACCCAACTGCCAGAAGTGCAGACCGGCAGTGAACAGTGGGCCGTACACGCGGGTAGCGAACTGCTGCATGCGTGCATACAGGGTGTCCATGCCCGAGGCTTTCGGCCCGGTCTGGATGATGCCGGCGTCCGGGTTGGCCTCCATCAGGCGCACCAGGCTGCTCAGGCACTCGCCGCTCATGACGCTGTCGGCGTCGAGCACGACCATGTACTTGTACTCGCCACCCCAGCGACGGCAGAAGTCGTCGAGGTTACCG > NC_002947/5725692‑5725985 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |