| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,753,485 | T→G | 5.6% | intergenic (+46/‑320) | glnA → / → glnL | glutamine synthetase/two‑component system sensor histidine kinase/phosphatase GlnL/GlnG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,753,485 | 0 | T | G | 5.6% | 286.0 / 4.5 | 89 | intergenic (+46/‑320) | glnA/glnL | glutamine synthetase/two‑component system sensor histidine kinase/phosphatase GlnL/GlnG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/46); new base G (3/2); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CGACGACTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCAAGACTTTC > NC_002947/5753337‑5753631 | cgacgaCTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGcctccct > 3:310554/1‑149 (MQ=255)cgacgaCTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGcctccct > 3:146216/1‑149 (MQ=255) gacgacTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGcctccctc < 3:23721/149‑1 (MQ=255) acgacTTCATCGATGCCTTTATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCg < 3:43388/149‑1 (MQ=255) acgacTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCg > 5:136704/1‑149 (MQ=255) gacTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCggg < 6:136704/149‑1 (MQ=255) acTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCgg > 3:127257/1‑147 (MQ=255) cTTCATGGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGATGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGa < 7:301402/148‑1 (MQ=255) gATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGttt > 6:162439/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGtttt > 2:68997/1‑149 (MQ=255) tGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGttttt < 1:244574/149‑1 (MQ=255) tGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGttttt < 8:218943/149‑1 (MQ=255) ccTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGt < 6:244591/149‑1 (MQ=255) cTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTg > 4:117288/1‑147 (MQ=255) cTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTg < 3:117288/147‑1 (MQ=255) ttCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGttt > 1:60336/1‑149 (MQ=255) cATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGttt < 3:186553/147‑1 (MQ=255) aTCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGACCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCt < 3:298531/148‑1 (MQ=255) tCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGTTCTGATTGGCGCCTCGCCGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCGAGGGAGG‑CCGttt < 1:69171/140‑1 (MQ=255) tCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTgc < 1:322016/149‑1 (MQ=255) tCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCAGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGATGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCGAGGGAGG‑CCGttt > 2:69171/1‑139 (MQ=255) gCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCAc > 5:326783/1‑149 (MQ=255) tGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTgcaaggtg > 4:150287/1‑143 (MQ=255) 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gaaATCAAGGTCCGTATCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTg < 5:26011/122‑1 (MQ=255) gaaATCAAGGTCCGTATCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTg > 6:26011/1‑122 (MQ=255) aaTCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCt < 6:355957/148‑1 (MQ=255) aTCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCt < 5:90821/124‑1 (MQ=255) aTCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCt > 6:90821/1‑124 (MQ=255) aaGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGcgccgc > 6:188306/1‑143 (MQ=255) 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cacCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTTG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGct < 1:299810/148‑1 (MQ=255) ccGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTg > 4:127070/1‑110 (MQ=255) ccGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTg < 3:127070/110‑1 (MQ=255) cGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATc < 2:60336/149‑1 (MQ=255) gAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTg < 4:127257/147‑1 (MQ=255) gAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTg < 3:240449/147‑1 (MQ=255) aaTACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGt < 7:241386/148‑1 (MQ=255) gCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCt > 8:209227/1‑118 (MQ=255) gCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCt < 7:209227/118‑1 (MQ=255) cTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGTGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAAtt < 3:347273/149‑1 (MQ=255) cTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAAtt < 4:146216/149‑1 (MQ=255) tGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTc > 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t‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACg < 7:188936/149‑1 (MQ=255) gATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGtt < 6:350541/143‑1 (MQ=255) gATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGtt > 5:350541/1‑143 (MQ=255) cAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGttt > 4:135622/1‑148 (MQ=255) aaaCGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACAcc < 6:188855/104‑1 (MQ=255) aaaCGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACAcc > 5:188855/1‑104 (MQ=255) aaaCGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAACCGTTTCAc > 2:279314/1‑149 (MQ=255) aaaCGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCAc > 2:117715/1‑149 (MQ=255) aaaCGGCCTCCCGAGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCAc > 2:300993/1‑149 (MQ=255) aaCGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACTTTTCAc > 7:110392/1‑148 (MQ=255) aCGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCa < 1:7856/149‑1 (MQ=255) aCGGCCTCCCGAGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTgg < 7:265419/128‑1 (MQ=255) aCGGCCTCCCGAGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTgg > 8:265419/1‑128 (MQ=255) ctccctcGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCAAGACt > 7:334356/1‑149 (MQ=255) cctcGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCAAGACttt < 2:187818/148‑1 (MQ=255) cctcGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCAAGACTTTc < 3:29279/149‑1 (MQ=255) | CGACGACTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTGGCGCCTCG‑CGCCGATGACAT‑GATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGG‑CCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAGCGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCTATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCAAGACTTTC > NC_002947/5753337‑5753631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |