Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 903,034 | C→A | 9.1% | G155G (GGG→GGT) | nadC ← | quinolinate phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 903,034 | 0 | C | A | 9.1% | 121.0 / 2.3 | 41 | G155G (GGG→GGT) | nadC | quinolinate phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/17); new base A (2/2); total (21/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTCCAGGCTTTCGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTGCAGGAAGTTCA > NC_002947/902887‑903182 | gTCCAGGCTGTCGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGcac < 6:307058/148‑1 (MQ=255) ggCTTTCGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCg < 4:246073/149‑1 (MQ=255) tttCGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCg > 3:139266/1‑146 (MQ=255) tCGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCa < 4:139266/146‑1 (MQ=255) cGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGt < 3:305867/148‑1 (MQ=255) tCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGGTGCGACAACCACCGCata < 3:294831/142‑3 (MQ=255) tCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGGTGCGACAACCACCGCata > 4:294831/1‑140 (MQ=255) ccGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGgcgc < 4:58667/149‑1 (MQ=255) gcgcAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCAGCCAGCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAgg < 2:76474/149‑1 (MQ=255) ctgcGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATCTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGtttt < 5:314131/148‑1 (MQ=255) tgcGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGc > 1:156631/1‑149 (MQ=255) cGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCgg < 6:23478/149‑1 (MQ=255) cGGCCACCGCCTCAGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCgg < 8:32326/149‑1 (MQ=255) gCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGgt < 6:166952/149‑1 (MQ=255) gCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCcag > 8:193568/1‑149 (MQ=255) tCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCcagcag > 1:81689/1‑149 (MQ=255) cTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGgcgc < 2:81689/149‑1 (MQ=255) tACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCa > 3:249993/1‑149 (MQ=255) gccgccgcTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGc > 7:310200/1‑128 (MQ=255) gccgccgcTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGc < 8:310200/128‑1 (MQ=255) gccgccgcTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCt > 1:125685/1‑149 (MQ=255) cgccgcTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTgg < 7:193568/149‑1 (MQ=255) ttCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGc > 4:769/1‑147 (MQ=255) cTTGATCAGGAAGGCGTAGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGACGGCTACCAGGTCGGCgaga > 3:242284/1‑148 (MQ=255) ttGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCgaga > 4:114608/1‑147 (MQ=255) tCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAgcgc < 4:249993/149‑1 (MQ=255) tCAGGAAGGAGTCGTACAGGCCTAGGCGGTGGTGGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAgcgc < 4:42799/149‑1 (MQ=255) cAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGAGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAgcgcg > 1:55917/1‑149 (MQ=255) gAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCAc > 6:144475/1‑149 (MQ=255) gtcgtACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGaaa > 1:113654/1‑135 (MQ=255) gtcgtACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGaaa < 2:113654/135‑1 (MQ=255) tACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGAc > 3:113096/1‑149 (MQ=255) aGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGAGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGTGTGACGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGAcacc > 7:140267/1‑149 (MQ=255) ccTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGa > 1:43306/1‑149 (MQ=255) tGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGAca < 1:26005/147‑1 (MQ=255) gCGGTGGGTGCGACAACCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTa > 3:114591/1‑104 (MQ=255) gCGGTGGGTGCGACAACCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTa < 4:114591/104‑1 (MQ=255) tggtTGTCGCACCCACCGGAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGACGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTg < 4:242284/149‑1 (MQ=255) tggtTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTg < 3:114608/149‑1 (MQ=255) gtTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTg > 1:217670/1‑147 (MQ=255) cGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGGACAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTGCAgg > 1:84563/1‑147 (MQ=255) gCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTGCAGGAAGt > 3:145952/1‑149 (MQ=255) acccaccGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCga < 4:272159/102‑1 (MQ=255) acccaccGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCga > 3:272159/1‑102 (MQ=255) cccaccGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTGCAGGAAGTTCa < 3:769/149‑1 (MQ=255) | GTCCAGGCTTTCGACCTCGATTTCCACCGGCTTGCCCGGCGCAATGCGGTGTGCTGCGGCCACCGCCTCGGCTACGCCGCCGCTGGCGGCGATGTGGTTTTCCTTGATCAGGAAGGCGTCGTACAGGCCTATGCGGTGGTTGTCGCACCCACCGCAGGTCACTGCGTATTTTTGCGCCAGGCGCAGGCCCGG‑CAGGGTTTTGCGGGTGTCCAGCAGGCGCACCTGGGTGCCGGCTACCAGGTCGGCGAGAAAGCGCGCACGGGTGGCGACCCCTGACAGCAGCTGCAGGAAGTTCA > NC_002947/902887‑903182 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |