Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,033,599 | T→A | 8.5% | G73G (GGT→GGA) | PP_0891 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,033,599 | 0 | T | A | 8.5% | 164.9 / 4.1 | 59 | G73G (GGT→GGA) | PP_0891 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/28); new base A (3/2); total (28/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
GATGGCGAATCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACG > NC_002947/1033456‑1033743 | gATGGCGAATCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTc < 5:151195/148‑1 (MQ=255) cGAATCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGc > 3:27332/1‑149 (MQ=255) gAATCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGAGCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCg > 8:81037/1‑149 (MQ=255) aaTCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGt > 8:196620/1‑149 (MQ=255) aaTCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGAATACCGCTGctc < 4:63377/149‑3 (MQ=255) cACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGa < 7:81037/148‑1 (MQ=255) cACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGa < 2:264645/148‑1 (MQ=255) aCGGCTGTCGTTCATCCCCGGCAACAAAGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAg < 7:51651/148‑1 (MQ=255) aCGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGc < 6:99072/149‑1 (MQ=255) gTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATgcgc < 7:44676/148‑1 (MQ=255) gCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTc > 3:258762/1‑149 (MQ=255) aGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCCAATGCGCGACAACCTGTTCGAg < 7:55382/149‑1 (MQ=255) gCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAg > 1:222572/1‑149 (MQ=255) cacCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCt > 1:279529/1‑149 (MQ=255) cgccgAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAAc < 2:236032/127‑1 (MQ=255) cgccgAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAAc > 1:236032/1‑127 (MQ=255) cgccgAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGt < 3:187041/138‑1 (MQ=255) cgccgAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGt > 4:187041/1‑138 (MQ=255) cgccgAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGa > 5:41774/1‑141 (MQ=255) cgccgAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGa < 6:41774/141‑1 (MQ=255) aaGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAg < 2:222572/149‑1 (MQ=255) cATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCca > 3:4855/1‑148 (MQ=255) aTCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCTGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATgc < 4:5422/108‑1 (MQ=255) aTCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATgc > 3:5422/1‑108 (MQ=255) gCTTTCTGTTGGTGCATGGCACGGTCGAGCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTg < 4:4855/149‑1 (MQ=255) tCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGaa < 3:65971/147‑1 (MQ=255) gtgtTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGca > 6:6064/1‑147 (MQ=255) gCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATc < 4:27332/148‑1 (MQ=255) gCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTg < 7:196620/149‑1 (MQ=255) cACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTg > 3:236907/1‑148 (MQ=255) gATCGCAAGGGTAGGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGTACAGATCGACCTGCAGCCGa < 4:308639/148‑1 (MQ=255) aTCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGCATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGAt > 4:32001/1‑148 (MQ=255) gCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAAt < 2:279529/149‑1 (MQ=255) gCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGCATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAAt < 3:32001/149‑1 (MQ=255) cAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGcgcg > 3:309810/1‑77 (MQ=255) cAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGcgcg < 4:309810/77‑1 (MQ=255) cAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAAt > 7:97197/1‑148 (MQ=255) aaGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGa < 2:166980/107‑1 (MQ=255) ggTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCt > 1:143478/1‑149 (MQ=255) gTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTg < 4:258762/149‑1 (MQ=255) gTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTg > 4:148327/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGa > 2:94629/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGATCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTCCAGCCGATCAATGACCTGGCCGa > 4:285403/1‑149 (MQ=255) ccGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGcaca > 4:317257/1‑115 (MQ=255) ccGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGcaca < 3:317257/115‑1 (MQ=255) gTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTg < 8:97197/149‑1 (MQ=255) agaTGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGaa > 7:336447/1‑149 (MQ=255) gaTGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGAc > 7:68901/1‑106 (MQ=255) gaTGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGAc < 8:68901/106‑1 (MQ=255) aCTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGcac > 2:190130/1‑93 (MQ=255) aCTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGcac < 1:190130/93‑1 (MQ=255) gtcacgcagcGGAATACCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGc > 3:6150/6‑149 (MQ=255) ggTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTg < 1:94629/148‑1 (MQ=255) tcacgcagcGGAATACCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAgg < 4:348235/81‑1 (MQ=255) tcacgcagcGGAATACCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAgg > 3:348235/5‑85 (MQ=255) gTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGcc > 1:152032/1‑149 (MQ=255) cacgcagcGGAATACCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCg > 6:98554/4‑149 (MQ=255) gcGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACg < 3:148327/149‑1 (MQ=255) gTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTgg < 6:102363/108‑1 (MQ=255) | GATGGCGAATCTTCACGGCTGTCGTTCATCACCGGCAAGAACGGCGACACCGCCGAAGTGCATCGCTTTCTGGTGTTGCATGGCACGGTCGATCGCAAGGGTATGGCCGGGTTGAGGATCGAGATGGACTCGGTGAGCAGCGGTATTCCGCTGCGTGACGAGCAAATGCGCGACAACCTGTTCGAGGTCGAGCGCTTCGCCGAGGCCACAGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACG > NC_002947/1033456‑1033743 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |