Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,086,865 | G→A | 7.0% | H62Y (CAT→TAT) | PP_0941 ← | ribosome associated protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,086,865 | 0 | G | A | 7.0% | 168.4 / 2.2 | 57 | H62Y (CAT→TAT) | PP_0941 | ribosome associated protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/25); new base A (2/2); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
ACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTGGGTTTTGCT > NC_002947/1086722‑1087009 | aCGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATAAGCgg > 2:207663/1‑149 (MQ=255) aCGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATAAGCgg > 2:202271/1‑149 (MQ=255) cTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGtgcttgc < 6:210084/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGCACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGtgcttgct > 5:302757/1‑149 (MQ=255) aGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGc < 5:148960/149‑1 (MQ=255) cTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTc < 5:183422/149‑1 (MQ=255) tgGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCa < 1:166954/147‑1 (MQ=255) gAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCt > 7:162474/1‑143 (MQ=255) gAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCt < 8:162474/143‑1 (MQ=255) aCGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTg < 5:367669/149‑1 (MQ=255) gttcgttGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGtgtg < 7:197295/127‑1 (MQ=255) gttcgttGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGtgtg > 8:197295/1‑127 (MQ=255) ttcgttGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCt > 5:296263/1‑149 (MQ=255) gttGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTg < 8:213968/148‑1 (MQ=255) ttGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGgt > 3:7666/1‑119 (MQ=255) ttGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGgt < 4:7666/119‑1 (MQ=255) tGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCtc > 1:109536/1‑149 (MQ=255) tGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCtc > 4:309619/1‑149 (MQ=255) gCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCa > 7:332640/1‑127 (MQ=255) gCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCa < 8:332640/127‑1 (MQ=255) cccATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAaggcag < 4:214050/148‑1 (MQ=255) aTCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTgcgc < 6:66911/126‑1 (MQ=255) aTCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTgcgc > 5:66911/1‑126 (MQ=255) tCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAag > 6:25435/1‑141 (MQ=255) tCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAag < 5:25435/141‑1 (MQ=255) ttCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGcc > 8:133478/1‑148 (MQ=255) ttCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTAGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGcc > 5:5828/1‑148 (MQ=255) gAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAg < 7:133478/148‑1 (MQ=255) gAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTCCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAg < 6:296263/148‑1 (MQ=255) aGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAgg > 3:276397/1‑148 (MQ=255) tggatggCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCtt > 7:113097/1‑149 (MQ=255) gatggCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCtt > 4:146756/1‑147 (MQ=255) tggCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGc > 5:363716/1‑149 (MQ=255) cATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTg > 3:141916/1‑149 (MQ=255) aTCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTgg > 1:192889/1‑149 (MQ=255) tCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGt < 2:192889/149‑1 (MQ=255) cgcgCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCg < 8:113097/149‑1 (MQ=255) cgcATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAg < 3:224481/149‑1 (MQ=255) cATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTAGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGtt > 4:110582/1‑149 (MQ=255) aTGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTc < 3:146756/149‑1 (MQ=255) aTGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGAGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTc > 4:285870/1‑149 (MQ=255) tGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTc > 5:270135/1‑148 (MQ=255) acgaCATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGt > 4:54337/1‑149 (MQ=255) acgaCATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGGCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCTACCAGCGCATGCAGt > 8:148382/1‑149 (MQ=255) cATGTAGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTcgc < 3:110582/149‑1 (MQ=255) gtgGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCt > 7:70206/1‑149 (MQ=255) gCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTg < 4:141916/148‑1 (MQ=255) gTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATc > 3:84056/1‑149 (MQ=255) tACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCg < 1:212625/119‑1 (MQ=255) tACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCg > 2:212625/1‑119 (MQ=255) aCGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTgg < 6:363716/148‑1 (MQ=255) aCGGGCGCCATAAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTgg < 1:207663/148‑1 (MQ=255) aCGGGCGCCATAAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTgg < 1:202271/148‑1 (MQ=255) cGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTGGGt > 1:196499/1‑149 (MQ=255) ggCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTTGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTGGGttt < 7:120775/149‑1 (MQ=255) ccATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTGGGTTTTGCt < 6:5828/149‑1 (MQ=255) ccATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTGGGTTTTGCt > 5:262650/1‑149 (MQ=255) | ACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAACGACATGTGGCGTTTACGGGCGCCATGAGCGGTGTGCTTGCTGGCCTCAGCCAGTGCCTTGCGCAGCTCGTCGGTCAAAGGCAGGCGCGCCAAGGTATCGGCCTTGAGCGTGGTAAGCCGCTCGCCGAGTTCGACCAGCGCATGCAGTTCGCGCTTGATCTGGGTTTTGCT > NC_002947/1086722‑1087009 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |