Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,146,623 | G→A | 8.0% | G480G (GGC→GGT) | PP_1006 ← | heme receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,146,623 | 0 | G | A | 8.0% | 141.9 / 2.1 | 50 | G480G (GGC→GGT) | PP_1006 | heme receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/25); new base A (2/2); total (23/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 |
TATTCACGGTCGGGTCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGACATACAGCTCATCGGTACGTTG > NC_002947/1146475‑1146769 | tATTCACGGTCGGGTCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTgtggtg > 8:102367/1‑149 (MQ=255) gTCGGGTCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGt < 5:219037/149‑1 (MQ=255) gTCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTACCGTAGGTaaa > 7:169980/1‑147 (MQ=255) gTCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCAGTCCGATGGCTGTACAGCTACCACCGATGTTCACGCAAGTGCCGCTCCCGCGACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTACCGTAGGTaaa > 7:165269/1‑147 (MQ=255) tCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGt < 5:322768/143‑1 (MQ=255) tCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGt > 6:322768/1‑143 (MQ=255) cGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAggt < 7:102367/149‑1 (MQ=255) gTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCgg < 6:125787/149‑1 (MQ=255) tCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGt < 4:107259/149‑1 (MQ=255) cTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTg < 7:185592/149‑1 (MQ=255) cAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCaa > 2:272714/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGGCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATCTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGGCAACCCGTGACTTTCACCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATg < 8:303376/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTgg < 5:25030/139‑1 (MQ=255) cTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTgg > 6:25030/1‑139 (MQ=255) tGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTg > 3:18472/1‑147 (MQ=255) cACGCGCGCTGTCCTGGCCGATGGCTGTACAGGTACCTCCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTTCGTGTAGCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTACCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTg < 8:165269/149‑1 (MQ=255) cACGCGCGCTGTCCTGGCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTACCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTg < 8:169980/149‑1 (MQ=255) aCGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGt < 1:167935/149‑1 (MQ=255) cgcgcgCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTc < 6:176120/149‑1 (MQ=255) tgtcctgtccGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAAtt > 8:40485/1‑147 (MQ=255) tgtcctgtccGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAAtt < 7:40485/147‑1 (MQ=255) tgtccGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGCACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTc > 2:116702/1‑149 (MQ=255) tgtccGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAAt < 1:30913/122‑1 (MQ=255) tgtccGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAAt > 2:30913/1‑122 (MQ=255) tccGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCg > 6:157891/1‑148 (MQ=255) cGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGaa > 6:259007/1‑148 (MQ=255) tACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTgg < 4:18472/149‑1 (MQ=255) ggTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGGACCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGa < 1:54046/149‑1 (MQ=255) caccGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTg > 2:10111/1‑149 (MQ=255) accGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGTACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTTGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTgt < 1:116702/149‑1 (MQ=255) cGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTCCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAggtggt > 4:236584/1‑84 (MQ=255) cGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTCCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAggtggt < 3:236584/84‑1 (MQ=255) gATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTgtagg < 5:259007/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTgtaggtag > 7:195016/1‑148 (MQ=255) ttCAGGCAAGTGCCGGAGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTCTCCAATTGGGCGACGAATACCCACTGGCGATCCTTGAAGGAAGt > 8:312433/1‑149 (MQ=255) tgccggtgccgCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTcc > 4:72971/1‑149 (MQ=255) cggtgccgCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGc > 3:279390/1‑140 (MQ=255) cggtgccgCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGc < 4:279390/140‑1 (MQ=255) cgCTACGTGAACCAGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCAACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACt > 4:97123/1‑149 (MQ=255) gCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGTCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACtt < 8:195016/149‑1 (MQ=255) cTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTg < 7:62503/149‑1 (MQ=255) ccGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAg > 2:354326/1‑149 (MQ=255) aCTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGa < 3:72971/148‑1 (MQ=255) aCTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGAc < 5:157891/149‑1 (MQ=255) tttCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGaa > 5:66693/1‑125 (MQ=255) tttCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGaa < 6:66693/125‑1 (MQ=255) tttCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGACa > 1:6911/1‑148 (MQ=255) tttCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGACa > 2:314918/1‑148 (MQ=255) tctcCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGat < 5:40480/145‑2 (MQ=255) tctcCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGat > 6:40480/1‑144 (MQ=255) aGTCTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGACATACAGCTCATCGGt < 1:354326/149‑1 (MQ=255) tggtgCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTGGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAg > 3:55216/1‑125 (MQ=255) tggtgCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAg < 4:55216/125‑1 (MQ=255) gtgCCGTAGTTAAACAGGTTGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCTCTGGCGATCCTTTTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGATACACTTGGCGTCCCGAGGCGACATACAGCTCATCGGTACGTTg < 7:312433/149‑1 (MQ=255) gtgCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGACAATGCTGAAGC‑CCATGTCCATTTGGGCGTCGAAAACCCACTGGCGATCCTTGAAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAGCACTTGGCGTCCCGAGGCGACATAGAGCTGATCGGTACGtag > 6:76222/1‑147 (MQ=255) | TATTCACGGTCGGGTCCGGGAAGTCGCTGACCAAGGCCTGCCCGTCACGCGCGCTGTCCTGTCCGATGGCTGTACAGGTACCACCGATGTTCAGGCAAGTGCCGGTGCCGCTACGTGAACCCGTGACTTTCTCCTGTTTGAGTGTGGTGCCGTAGGTAAACAGGTGGTCGGTTTGGCCAATGCTGAAGG‑CCTTGTCCAATTGGGCGTCGAATACCCACTGGCGATCCTTGTAGGTAGTCTGCCGGTCCCGAAACACTTGGCGTCCCGAGGCGACATACAGCTCATCGGTACGTTG > NC_002947/1146475‑1146769 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |