Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,312,287 | C→T | 9.3% | A790A (GCG→GCA) ‡ | rapA ← | RNA polymerase‑associated protein RapA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,312,287 | 0 | C | T | 9.3% | 117.2 / 2.8 | 43 | A790A (GCG→GCA) ‡ | rapA | RNA polymerase‑associated protein RapA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/18); new base T (2/2); total (23/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 |
CGCGTGACGCCAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGCCACGGTCGTAGGTGA > NC_002947/1312145‑1312429 | cgcgTGACGCCAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTg > 2:210140/1‑149 (MQ=255) gTGACGCCAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTc > 7:291589/1‑149 (MQ=255) aCGCCAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCtt < 1:147092/148‑1 (MQ=255) gCCAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGAt > 3:188941/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTTGCCATTTGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGAt > 7:335356/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGAt > 7:330607/1‑148 (MQ=255) ttGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCTgt < 4:233428/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGgtg < 3:241549/148‑1 (MQ=255) gCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGtt < 5:280439/149‑1 (MQ=255) gTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGc < 4:188941/149‑1 (MQ=255) gcaggcagCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATc > 4:43687/1‑149 (MQ=255) cagCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCAcggcg > 2:182978/1‑132 (MQ=255) cagCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCAcggcg < 1:182978/132‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGc < 7:64830/149‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAg < 2:138677/136‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAg > 1:138677/1‑136 (MQ=255) ggcAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCAt < 3:172259/149‑1 (MQ=255) ggcAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCAt > 4:172259/1‑149 (MQ=255) ccAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCGTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTAcc < 8:330607/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGCAGGCTACGGGGTGACACCACCTCGCTGACTAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTAcc < 8:335356/149‑1 (MQ=255) tGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGa < 3:43687/149‑1 (MQ=255) ccaccaCCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAg > 2:59363/1‑148 (MQ=255) ccaccaCCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAACAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAg > 8:84274/1‑148 (MQ=255) caccacCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGTACTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGa < 4:16542/146‑1 (MQ=255) caccacCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGTACTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGa < 4:293382/146‑1 (MQ=255) caccacCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGTACTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGa > 3:16542/1‑146 (MQ=255) caccacCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGTACTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGa > 3:293382/1‑146 (MQ=255) accaccTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGaa > 3:6577/1‑149 (MQ=255) gCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGGCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATcc > 6:317675/1‑103 (MQ=255) gCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGGCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATcc < 5:317675/103‑1 (MQ=255) gCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCAt < 4:6577/147‑1 (MQ=255) gAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGGTTGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTcg < 1:210140/149‑1 (MQ=255) gAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTcgc > 3:230923/1‑149 (MQ=255) gcagTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGa > 7:204178/1‑148 (MQ=255) gTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAgc > 4:326862/1‑149 (MQ=255) aGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAg > 7:173064/1‑116 (MQ=255) aGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAg < 8:173064/116‑1 (MQ=255) aGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGc > 3:319438/1‑148 (MQ=255) ggACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGCCa > 5:335564/1‑149 (MQ=255) gTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGCCACGGTc < 4:230923/149‑1 (MQ=255) tGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGCCAGCGCCTGGCCACGGTCGTAgg > 6:354641/1‑149 (MQ=255) gAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGCCACGGTCGTAGGTGa < 3:304877/146‑1 (MQ=255) gAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGCCACGGTCGTAGGTGa > 4:304877/1‑146 (MQ=255) cgcTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCAt < 4:87799/105‑1 (MQ=255) cgcTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCAt > 3:92532/1‑105 (MQ=255) cgcTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCAt > 3:87799/1‑105 (MQ=255) cgcTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCAt < 4:92532/105‑1 (MQ=255) | CGCGTGACGCCAGGTCGTTGCCATTGGCGTCGAGCAGGCAGCGCAGTGCCGCTGGCGGCAGGTAGCGGCCCAGTTGCAGGCTACGGGGTGCCACCACCTCGCTGACGAACAGCAGTTCAAGCAGGACAGTGCCTGGTTTGAGCGCTTTGTTCTTGATCAACGCCACGGCGGTGTTGCCCATCGAGCCTGACAGCACCAGATCCATGCCGCCCTGTACCATCGGG‑TGCTCCCAGGTGAGGAATTGCATGTCCTCGCGTGACAGCGCCTGGCCACGGTCGTAGGTGA > NC_002947/1312145‑1312429 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |