Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,619,627 | A→G | 8.1% | L203P (CTG→CCG) | opdH ← | tricarboxylate‑specific outer membrane porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,619,627 | 0 | A | G | 8.1% | 134.9 / 2.6 | 49 | L203P (CTG→CCG) | opdH | tricarboxylate‑specific outer membrane porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/24); new base G (2/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 |
GATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCTTGGCTTTGTCTATGCGGCCACCGGTGAAGGTCAGGCCCTTGATCTCTTTGGAGGTGAGCAGGCCGCCCTCGAAGGTTTGCGGCAGGATACGCCCGTCGT > NC_002947/1619485‑1619762 | gATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCa < 2:323570/149‑1 (MQ=255) aTGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAg < 1:336103/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTcc < 8:78288/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACCTGAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTcc < 1:245879/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTccc < 2:305565/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTcc > 7:187881/1‑148 (MQ=255) gCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCTCCAGGTCTTCCCAGt > 4:31582/1‑149 (MQ=255) cGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGtt < 8:241950/149‑1 (MQ=255) ggTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTg < 5:165400/149‑1 (MQ=255) gTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTgg > 5:42522/1‑149 (MQ=255) tatCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCGGCGCCa < 6:95971/129‑1 (MQ=255) tatCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCGGCGCCa > 5:95971/1‑129 (MQ=255) tatCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCg > 1:85903/1‑149 (MQ=255) tGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCtt > 2:210470/1‑149 (MQ=255) ggCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCtt < 4:72576/147‑1 (MQ=255) cGAAGTTGTAGCTGCAGGTGATGCGGTCGGTGAACTTGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAATGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGTTGTCGTTTCGGTCCtt < 8:104981/145‑1 (MQ=255) cGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCTTGGCt < 4:336808/149‑1 (MQ=255) agAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCTGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTATTACAAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCtt > 7:104981/2‑145 (MQ=255) aGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCTTGGCTTTg > 5:194143/1‑149 (MQ=255) gTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCTTGGCTTTGt < 8:187881/149‑1 (MQ=255) 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gTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCTTGGCTTTGTCTATGCGGCCACCGGTGAAGGTCAGGCCCTTGATCTCTTTGGAGGTGAGCAGGCCGCCCTCGAAGGTTTGCGGCAGGATACGCCcgtcgt > 7:117351/1‑149 (MQ=255) | GATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAGGTGCCACC‑GAAGCGGCCGTTCTTGTTGTTCAGCGCCAGGTCTTCCCAGTTGGTGTCGTTGCGGTCCTTGGCTTTGTCTATGCGGCCACCGGTGAAGGTCAGGCCCTTGATCTCTTTGGAGGTGAGCAGGCCGCCCTCGAAGGTTTGCGGCAGGATACGCCCGTCGT > NC_002947/1619485‑1619762 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |