Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,665,261 | G→C | 6.9% | P203A (CCG→GCG) | PP_1459 ← | CBS domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,665,261 | 0 | G | C | 6.9% | 184.9 / 3.4 | 58 | P203A (CCG→GCG) | PP_1459 | CBS domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/26); new base C (2/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
GCTTCCAGGGTCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCATCGAAGTCGTCGGCCTCCTG > NC_002947/1665116‑1665405 | gcTTCCAGGGTCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACATGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGATGACGATCAGCTGATCGACGATGCGTTCGATCGGCtc > 7:333062/1‑149 (MQ=255) cAGGGTCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCCTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGa < 6:319190/149‑1 (MQ=255) aGGGTCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAg > 4:43824/1‑149 (MQ=255) ggTCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGAGCCGATCGAACGCATCGTCGAgca < 6:154579/149‑3 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTg < 2:321786/149‑1 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGAGCCGATCGAACGCATCGTCGAg < 2:21419/145‑1 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGAGCCGATCGAACGCATCGTCGAg > 1:21419/1‑145 (MQ=255) cTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGc > 5:312954/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATc > 2:322564/1‑149 (MQ=255) ccTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATcc < 5:80187/149‑1 (MQ=255) ccTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATc > 8:176918/1‑148 (MQ=255) cTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCTGCTCGTCGAGGTTGATGCCATTCa < 8:157314/149‑1 (MQ=255) cTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCa > 5:253926/1‑149 (MQ=255) ggCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACtt < 4:166132/148‑1 (MQ=255) ggCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTc > 3:1019/1‑149 (MQ=255) gcagcaGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCg < 1:337080/149‑1 (MQ=255) aGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGAt > 5:235925/1‑149 (MQ=255) gCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATg < 6:235925/149‑1 (MQ=255) gtgtTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGtt < 7:176918/149‑1 (MQ=255) tgtTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGtt > 1:134154/1‑148 (MQ=255) ggATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGt < 6:253926/148‑1 (MQ=255) tCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATc < 2:134154/149‑1 (MQ=255) ttCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGATGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTc < 6:27288/111‑1 (MQ=255) ttCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTAGAAGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTc > 5:27288/1‑111 (MQ=255) cGAACTGGTTGATTTCGTTGTGTTATACCGGCAGGCGGGTGTGGCTGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTc < 8:333062/148‑1 (MQ=255) aCCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGAGTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAg > 1:255439/1‑149 (MQ=255) ccTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGc > 1:267314/1‑149 (MQ=255) gATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGtt < 1:132532/84‑1 (MQ=255) gATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGtt > 2:132532/1‑84 (MQ=255) gATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGc < 8:26579/142‑1 (MQ=255) gATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGc > 7:26579/1‑142 (MQ=255) gTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCg < 3:43824/148‑1 (MQ=255) ggTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGa < 1:184237/105‑1 (MQ=255) ggTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGa > 2:184237/1‑105 (MQ=255) gTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAg > 6:154489/1‑147 (MQ=255) gTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGc < 6:312954/148‑1 (MQ=255) gTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCa < 1:322564/149‑1 (MQ=255) gTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTAGTCGAGGTTGATGACATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAg > 5:2559/1‑147 (MQ=255) cGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGa > 8:299721/1‑113 (MQ=255) cGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGa < 7:299721/113‑1 (MQ=255) cGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCt > 4:286577/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTgg < 4:175237/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTgg > 3:292784/1‑145 (MQ=255) gCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTgg < 4:292784/145‑1 (MQ=255) gCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAg > 8:220003/1‑149 (MQ=255) gggTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGgc > 7:261229/1‑149 (MQ=255) gtgtGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGgcgc > 8:150040/1‑149 (MQ=255) cTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTg < 2:255439/149‑1 (MQ=255) gACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGtt < 7:150040/149‑1 (MQ=255) aCGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGt < 7:220003/147‑1 (MQ=255) aGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTc < 8:261229/149‑1 (MQ=255) gctgctCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCa > 8:106666/1‑149 (MQ=255) gctgctCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCa > 4:177942/1‑149 (MQ=255) ctCGACGAGCCGATCGAACGCATCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCATCg > 1:135321/1‑148 (MQ=255) tGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCATCGAAGtcgtcg < 2:267314/149‑1 (MQ=255) gTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCCTCCTCATCGAAGTCGTCGGcc > 8:295875/1‑149 (MQ=255) aTCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCATCGAAGTCGTCGGCCTCCTg > 8:19963/1‑149 (MQ=255) aTCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGAAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCATCGAAGTCGTCGGCCTCCTg > 7:149063/1‑149 (MQ=255) | GCTTCCAGGGTCAGCTCGGCCTTGGGCAGCAGGTGGCTGATCAGCTTGGTGTTGAGGATCGCTTCGACCTGGTTGATGTCGTTGTGGTAGACCGGCAGGCGGGTGTGGCGGCTGACGATCAGCTGCTCGACGATGCGTTCGATCGGCTCGTCGAGGTTGATGCCATCCACTTCGTTGCGCGGCACCAGGATGTCGTTGACGGTGATCTTGTCCAGCGACTGCAGGCCGTCGAGCAGACCCTGGCGAGGCGCTTCGTGCTGTTCATCCTCATCGAAGTCGTCGGCCTCCTG > NC_002947/1665116‑1665405 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |