Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,717,899 | G→T | 7.7% | V200L (GTG→TTG) | rsmJ → | ribosomal RNA small subunit methyltransferase J |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,717,899 | 0 | G | T | 7.7% | 162.0 / 3.0 | 52 | V200L (GTG→TTG) | rsmJ | ribosomal RNA small subunit methyltransferase J |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/23); new base T (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
GCGCATGCGCCTGCTGACCGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTAAGTCGAGCCGGTATGA > NC_002947/1717751‑1718047 | gcgcATGCGCCTGCTGACCGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTtgg < 4:137767/149‑1 (MQ=255) gcCTGCTGACCGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGAt > 3:216954/1‑149 (MQ=255) ctgACCGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGCTGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCt < 6:347107/149‑1 (MQ=255) aCCGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTgg < 7:89760/148‑1 (MQ=255) cGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATg > 3:161869/1‑149 (MQ=255) ggCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGc > 5:272155/1‑149 (MQ=255) tGCGCGCCTGGGAATGGGAGGCGGCGAAGGTGTTATACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGAGAAGTGCGGCCTGGTTAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGGGATGACCTGGATGGCCCTGCGCTGCTCgta < 8:239623/146‑3 (MQ=255) tGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGcc > 8:103774/1‑149 (MQ=255) tGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCACCGGAGCTGCTCGaa > 7:239623/1‑146 (MQ=255) gcgcCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGct > 5:98484/1‑149 (MQ=255) ggAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGgc < 7:103774/147‑1 (MQ=255) aaGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACACGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg < 5:289402/149‑1 (MQ=255) aaGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg < 4:161869/149‑1 (MQ=255) aaGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg < 2:82906/149‑1 (MQ=255) gccgcAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGgcca > 7:28105/1‑143 (MQ=255) gccgcAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGgcca < 8:28105/143‑1 (MQ=255) cTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGTTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg > 7:222864/1‑127 (MQ=255) cTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGTTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg > 7:217383/1‑127 (MQ=255) cTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGTTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg < 8:217383/127‑1 (MQ=255) cTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGTTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg < 8:222864/127‑1 (MQ=255) tACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTg > 6:270059/1‑147 (MQ=255) ccTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGaa < 4:172703/147‑1 (MQ=255) ccTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAgc > 6:113569/1‑149 (MQ=255) tCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGaa < 4:69175/145‑1 (MQ=255) tCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGaa > 3:69175/1‑145 (MQ=255) gACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAgcgc < 5:113569/147‑1 (MQ=255) cccGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTa < 2:22627/136‑1 (MQ=255) cccGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTa > 1:22627/1‑136 (MQ=255) aTGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTgg < 2:262359/115‑1 (MQ=255) aTGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGgccagc > 2:176289/1‑120 (MQ=255) aTGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGgccagc < 1:176289/120‑1 (MQ=255) gTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTg < 8:294083/112‑1 (MQ=255) ttCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCa > 8:42869/1‑149 (MQ=255) tCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACg < 4:4965/141‑1 (MQ=255) tCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACg > 3:4965/1‑141 (MQ=255) tCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCAGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCGACCGGGTGGTAGTGAAGCGCGCACGCACGGCag > 8:336128/1‑148 (MQ=255) ccACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCAcc > 8:299897/1‑149 (MQ=255) cacaCCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCAcc < 5:270059/148‑1 (MQ=255) acacCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGa < 7:299897/149‑1 (MQ=255) cacCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCGCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGat < 4:216954/149‑1 (MQ=255) ccGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGatca > 2:218809/1‑149 (MQ=255) gACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGACCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGa > 1:76282/1‑149 (MQ=255) aaGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACgg < 2:76282/149‑1 (MQ=255) aaaGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCa > 3:134623/1‑147 (MQ=255) aaTGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGaa > 6:279794/1‑96 (MQ=255) aaTGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGaa < 5:279794/96‑1 (MQ=255) ttCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGt > 5:41245/1‑144 (MQ=255) ttCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGt < 6:41245/144‑1 (MQ=255) ttCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTAAGTc > 5:366958/1‑149 (MQ=255) gCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTaa < 3:148104/141‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTaa > 4:148104/1‑141 (MQ=255) gCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGACTTGAGGGTAAGTCGAGcc > 5:109807/1‑149 (MQ=255) ccTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTAAGTCGAGCCg > 3:143358/1‑149 (MQ=255) tggtggGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTAAGTCGAGCCGGTa < 7:42869/148‑1 (MQ=255) gtggGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTAAGTCGAGCCGGTATGa > 6:143312/1‑149 (MQ=255) | GCGCATGCGCCTGCTGACCGGCAACGCCATCGAGCGCATGCGCGCCTGGGAAGGGGAGGCGCCGCAGGTGATCTACCTCGACCCGATGTTTCCACACCGCGACAAGAGCGCCCTGGTGAAAAAGGAAATGCGCGTGTTCCGGCCTTTGGTGGGCGATGACCTGGATGCCCCGGCGCTGCTCGAAGCCGCTCTGGCGCTGGCCAGCCACCGGGTGGTAGTGAAGCGCCCACGCAAGGCACCGATCATCGACGGGCCGAAGCCGAGCCATAGCCTTGAGGGTAAGTCGAGCCGGTATGA > NC_002947/1717751‑1718047 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |