Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 169,976 | C→A | 7.0% | I126I (ATC→ATA) | PP_0159 → | family III CoA‑transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 169,976 | 0 | C | A | 7.0% | 175.8 / 4.0 | 57 | I126I (ATC→ATA) | PP_0159 | family III CoA‑transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base A (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.47e-01 |
CATCGACTTTACCCAGCCGGAGGGGCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAGGTGG > NC_002947/169829‑170118 | cATCGACTTTACCCAGCCGGAGGGGCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATc > 5:200146/1‑148 (MQ=255) aTCGACTTTACCCAGCCGGAGGGGCAACGACTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTa > 1:208489/1‑149 (MQ=255) tttACCCAGCCGGAGGGGCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTc > 6:45718/1‑149 (MQ=255) gAGGGGCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCtt < 6:109161/149‑1 (MQ=255) gggCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCgg < 4:282482/149‑1 (MQ=255) gCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGt > 3:54339/1‑148 (MQ=255) gCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGt > 3:91860/1‑148 (MQ=255) gCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACAGGCTTCGGt > 4:180759/1‑148 (MQ=255) cGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGTCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGAc < 3:101994/149‑1 (MQ=255) ggCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCGATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGAcc > 5:321112/1‑149 (MQ=255) gggAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTAt < 3:165118/149‑1 (MQ=255) gggAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTAt < 6:200146/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGcc < 4:350939/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCaa < 2:208489/149‑1 (MQ=255) aGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGc < 6:324558/149‑1 (MQ=255) gTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGc > 7:19118/1‑148 (MQ=255) gCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTa < 5:45718/148‑1 (MQ=255) atatCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGAc < 7:113377/149‑1 (MQ=255) atCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACtt > 8:36956/1‑149 (MQ=255) cGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCa > 7:199492/1‑149 (MQ=255) cGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCa > 7:204804/1‑149 (MQ=255) tCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCAt > 1:267260/1‑148 (MQ=255) tCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATATATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCAt > 6:58394/1‑148 (MQ=255) tCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATATATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATg > 6:53124/1‑149 (MQ=255) agagAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCACGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATc > 5:250573/1‑148 (MQ=255) ttCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGtt > 8:156326/1‑149 (MQ=255) aaGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTtgg < 8:19118/148‑1 (MQ=255) gtgggCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCtg < 8:204804/149‑1 (MQ=255) gtgggCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCtg < 8:199492/149‑1 (MQ=255) aTGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCg > 3:255746/1‑69 (MQ=255) aTGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCg < 4:255746/69‑1 (MQ=255) aTGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTtgggtggg > 5:237733/1‑131 (MQ=255) aTGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTtgggtggg < 6:237733/131‑1 (MQ=255) aCTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAg < 7:36956/149‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAgg < 3:2138/149‑1 (MQ=255) tACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAggg > 8:235321/1‑149 (MQ=255) cAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGCCCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGCGTGGGCTGAGGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTg > 3:262533/1‑148 (MQ=255) agagCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTgaa < 7:156326/149‑1 (MQ=255) gagCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAg > 6:115606/1‑142 (MQ=255) gagCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAg < 5:115606/142‑1 (MQ=255) gagCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCGATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCGATGACTTCAAGATCCAGGGGTTGGGTGGGCGGAGGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTg > 7:74825/1‑146 (MQ=255) cTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCa > 7:326865/1‑91 (MQ=255) cTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCa < 8:326865/91‑1 (MQ=255) cAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAggg < 5:1947/138‑1 (MQ=255) cAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAggg > 6:1947/1‑138 (MQ=255) aaGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGt > 7:104134/1‑138 (MQ=255) aaGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGt < 8:104134/138‑1 (MQ=255) aaGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGgcg > 5:214496/1‑148 (MQ=255) aaCCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGt > 4:58915/1‑149 (MQ=255) aCCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTc < 3:180759/149‑1 (MQ=255) aCCCGCAGCTCATCGATTGCTCCATTACCGGGTTCGGTCAGACCGGTCCCTCTGCCAAGCGCGCGGGCTATGACTTCATGATCCCGGGGGTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTc < 4:262533/149‑1 (MQ=255) cccGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCAGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCa > 7:252171/1‑149 (MQ=255) gCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAggtgg < 6:214496/149‑1 (MQ=255) gCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAggtgg < 4:54339/149‑1 (MQ=255) gCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAggtgg < 4:91860/149‑1 (MQ=255) gCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCAGTCAAggtgg > 3:303939/1‑149 (MQ=255) gCTCATATATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAggtgg < 5:58394/149‑1 (MQ=255) gCTCATATATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAggtgg < 5:53124/149‑1 (MQ=255) cTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGgc > 2:61799/1‑124 (MQ=255) cTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGgc < 1:61799/124‑1 (MQ=255) | CATCGACTTTACCCAGCCGGAGGGGCAACGGCTGGTGCGGGAGCTGGCGGCGAAGTGCGATATCGTCATAGAGAACTTCAAGGTGGGTGGGCTGGCTGCCTATGGCCTGGACTACCAGAGCCTCAAGGCGGTAAACCCGCAGCTCATCTATTGCTCCATTACCGGCTTCGGTCAGACCGGGCCCTATGCCAAGCGCGCTGGCTATGACTTCATGATCCAGGGGTTGGGTGGGCTGATGAGCCTGACCGGCCGTCCGGAGGGTGAAGAAGGCGCAGGGCCGGTCAAGGTGG > NC_002947/169829‑170118 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |