Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,747,863 | C→T | 9.2% | intergenic (‑355/+176) | PP_5473 ← / ← PP_5474 | LuxR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,747,863 | 0 | C | T | 9.2% | 115.0 / 2.3 | 43 | intergenic (‑355/+176) | PP_5473/PP_5474 | LuxR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/20); new base T (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCATTCAGATCACACACCGATGCAGCCTGGCGATGGGGAGCTAGGTGTA > NC_002947/1747717‑1748008 | cGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCgg < 6:277726/149‑1 (MQ=255) tCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCgggg > 6:106950/1‑149 (MQ=255) ccTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCAt < 4:126944/149‑1 (MQ=255) cTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCAtt > 3:124249/1‑149 (MQ=255) tCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCTGGGGTCAttt > 7:304039/1‑149 (MQ=255) tCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCTGGGGTCAttt > 7:299099/1‑149 (MQ=255) tCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCAttt > 2:74214/1‑149 (MQ=255) tCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCAttt > 5:358182/1‑149 (MQ=255) tCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCAttt > 1:319347/1‑149 (MQ=255) 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ggCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGAGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTa < 7:334280/148‑1 (MQ=255) ggCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGAGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTa > 8:334280/1‑148 (MQ=255) ggCGAACGTCACGACCCCTGCAGTCGGTTTAAGGGTGAGGGGGCTGGGTCTTATGGGCGGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCTGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTAc < 8:299099/149‑1 (MQ=255) gCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTAcc < 1:74214/149‑1 (MQ=255) cGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCg > 6:229039/1‑121 (MQ=255) aaCGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTgg < 2:59069/149‑1 (MQ=255) cGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAACGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGc > 5:41393/1‑149 (MQ=255) ccGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCA‑TTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGt < 4:124249/149‑1 (MQ=255) tCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGt < 8:26004/141‑1 (MQ=255) tCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGt > 7:26004/1‑141 (MQ=255) ttGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCa < 6:41393/149‑1 (MQ=255) ttGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTATGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCa < 2:76736/149‑1 (MQ=255) gTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTtgtg > 4:124822/1‑149 (MQ=255) tAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTgc < 2:54182/149‑1 (MQ=255) cgcACGGGCTTGCAGCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGCGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACCGGCTGACCACTTCCTGTTGTGCGCGGt > 7:307006/1‑149 (MQ=255) gcACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTc > 3:51961/1‑149 (MQ=255) gCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCa > 8:59026/1‑149 (MQ=255) ttGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCAtt > 6:65800/1‑149 (MQ=255) cACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCAGACCGCGCacaac < 7:38435/148‑5 (MQ=255) aaGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCATTCAGATcac < 6:358182/148‑1 (MQ=255) caggggTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCATTCAGATCACACACCg < 8:210028/143‑1 (MQ=255) 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cGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCATTCAGATCACACACCGATGCAGCCTGGCGATGGGGAGCTAGgt < 7:210858/149‑1 (MQ=255) cgcCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCATTCAGATCACACACCGATGCAGCCTGGCGATGGGGAGCTAGGTGTa < 7:219869/149‑1 (MQ=255) | CGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGTGATCTGACCGGCTCGGCGCCGGGGTCATTTTTTCGGCTCAGCTTTACCTGGTAACCGCTGGTGCTACCCCGGCATACGCCAGACGGGCTGACCACTTCCAGTTGTGCGCGGTCTGCGCATTCAGATCACACACCGATGCAGCCTGGCGATGGGGAGCTAGGTGTA > NC_002947/1747717‑1748008 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |