Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,839,371 | T→C | 6.9% | K50E (AAG→GAG) | yfgD ← | arsenate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,839,371 | 0 | T | C | 6.9% | 164.9 / 2.3 | 58 | K50E (AAG→GAG) | yfgD | arsenate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/31); new base C (2/2); total (25/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
GCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGAGGTCAGTC > NC_002947/1839223‑1839516 | gCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGAGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCtt > 4:222631/1‑149 (MQ=255) aCCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGcc < 4:301696/149‑1 (MQ=255) ccAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGTCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGcc > 1:8335/1‑148 (MQ=255) ccAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGTCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCg < 2:8335/149‑1 (MQ=255) gCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCTGCTCGGCAAGCTGGGca < 5:105788/149‑2 (MQ=255) ccGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCt < 8:12081/149‑1 (MQ=255) gTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCtt > 5:53505/1‑148 (MQ=255) gTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCtt > 6:205600/1‑148 (MQ=255) ttCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGa < 7:125735/149‑1 (MQ=255) cGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAg < 1:156337/148‑1 (MQ=255) gATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGTGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAgg < 3:26659/148‑1 (MQ=255) gATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGGCGGTCAGTGCCGGGGCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAgg < 7:330976/148‑1 (MQ=255) tCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGCGCAGGGCCTTGAGGgtg > 2:35871/1‑149 (MQ=255) cAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGgtgt > 6:162183/1‑149 (MQ=255) tttGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCcg > 5:103808/1‑149 (MQ=255) gggCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTcgggcggg > 7:318475/1‑149 (MQ=255) ggCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTcgggcgg < 6:103808/147‑1 (MQ=255) tGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTcc < 5:205600/149‑1 (MQ=255) tGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCATCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGTAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTcc < 5:335453/149‑1 (MQ=255) ggCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTc > 1:109851/1‑147 (MQ=255) gATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGGGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTa < 3:222631/147‑1 (MQ=255) gATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTa < 8:318475/147‑1 (MQ=255) gATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAgc < 8:123302/149‑1 (MQ=255) tCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCTGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGTGTTTCCAGGTAgcgc < 4:322029/149‑1 (MQ=255) gTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAggg > 4:260036/1‑105 (MQ=255) gTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCg > 8:216259/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCggg < 1:241629/148‑1 (MQ=255) gTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGc < 1:236786/149‑1 (MQ=255) tCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGc > 1:302346/1‑148 (MQ=255) gCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGcc > 1:193325/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTc < 2:109851/149‑1 (MQ=255) gCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTc > 5:158433/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTc > 8:154800/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCg < 6:53505/149‑1 (MQ=255) cgcTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCa > 4:336307/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGAttt > 3:40594/1‑149 (MQ=255) ccgcTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCTTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGa < 2:193325/149‑1 (MQ=255) ccgcTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGa < 6:158433/149‑1 (MQ=255) cgcTGCTCAGGAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGGGTCCGCGTCGGGCGGGGGTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGag < 3:13005/149‑1 (MQ=255) gcagcaACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCggg > 5:237501/1‑95 (MQ=255) gcagcaACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCggg < 6:237501/95‑1 (MQ=255) cagcaACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGcgcg > 6:104643/1‑149 (MQ=255) gcaACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCggg < 7:216259/149‑1 (MQ=255) aCTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTa > 6:325613/1‑149 (MQ=255) aCTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTa > 8:173609/1‑149 (MQ=255) tGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTc > 4:28855/1‑132 (MQ=255) tGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGGTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTc < 3:28855/132‑1 (MQ=255) aCGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGAt < 5:104643/149‑1 (MQ=255) gcgGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGa > 8:10056/1‑146 (MQ=255) gATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGa < 1:35871/149‑1 (MQ=255) gATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGa < 4:40594/149‑1 (MQ=255) ggCCCTGCTCGGCAAGCTGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTc > 6:360883/2‑91 (MQ=255) ggCCCTGCTCGGCAAGCTGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTc < 5:360883/90‑1 (MQ=255) ggCCCTGCTCGGCAAGCTGGGCCTTGAGGGTGTCAGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGAgg > 1:71918/2‑149 (MQ=255) cccAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAg < 6:278779/92‑1 (MQ=255) cccAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAg > 5:278779/1‑92 (MQ=255) cccAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGAGgt < 5:325613/148‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGAGgtca < 3:336307/149‑1 (MQ=255) gCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGAGgtcagtc < 7:154800/149‑1 (MQ=255) | GCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTCGAGCAGTTCCACGGCGCCGCGGGATTTCGAGCAGCGCGGGTTATGATAGAGCGTGAGGTCAGTC > NC_002947/1839223‑1839516 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |