Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,921,550 | T→A | 24.7% | intergenic (+25/+36) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,921,550 | 0 | T | A | 24.7% | 68.6 / 20.8 | 47 | intergenic (+25/+36) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/15); new base A (5/6); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
GCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTC > NC_002947/1921402‑1921697 | gCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGttt > 1:335987/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgc < 8:114651/148‑1 (MQ=255) cgccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgc > 1:240426/1‑148 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcg > 1:95943/1‑147 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGaa < 8:249672/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGGCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGaa < 7:239743/149‑1 (MQ=255) cgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGNCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAgg < 1:33075/149‑1 (MQ=255) cgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGGTTACCCGCGAAgg > 5:243620/1‑149 (MQ=255) 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GCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTC > NC_002947/1921402‑1921697 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |