Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,051,065 | T→A | 9.9% | intergenic (‑63/+23) | PP_1825 ← / ← PP_1826 | hypothetical protein/isochorismatase family hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,051,065 | 0 | T | A | 9.9% | 119.3 / 3.8 | 48 | intergenic (‑63/+23) | PP_1825/PP_1826 | hypothetical protein/isochorismatase family hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/25); new base A (2/3); total (20/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.33e-01 |
GGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGC > NC_002947/2050921‑2051207 | ggccggccGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCg > 8:139209/1‑149 (MQ=255) gccgccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCgg < 5:59390/149‑1 (MQ=255) gccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCggaac < 4:330602/149‑4 (MQ=255) ccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCt > 7:141322/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCACATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCggaacc < 4:243634/149‑5 (MQ=255) cAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTg < 6:318549/149‑1 (MQ=255) gggcgCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑c < 7:203582/149‑1 (MQ=255) gcgGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCt > 1:341788/1‑149 (MQ=255) ggTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTgg < 7:139209/149‑1 (MQ=255) ggTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTgg < 5:71247/149‑1 (MQ=255) gcgcgGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTGCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTg < 5:73617/149‑1 (MQ=255) cgGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTgggg < 3:64574/149‑1 (MQ=255) cgGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTgggg < 8:141322/149‑1 (MQ=255) tgCGTCGCAACGGCCTTTACTCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCGGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCACG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAg < 2:204883/148‑1 (MQ=255) ggCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGaa < 4:209659/148‑1 (MQ=255) gTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCaa < 1:235851/141‑1 (MQ=255) gTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCaa > 2:235851/1‑140 (MQ=255) gAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGt > 4:221099/1‑147 (MQ=255) gAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCGGGCCAGCAAG‑CCGCTCAGAAGAGGCAGGCGGTGGGGGCCAC‑‑CCAAGGCAAGTTGTCa > 4:170440/1‑149 (MQ=255) aCTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGcc < 3:221099/149‑1 (MQ=255) cTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCAc > 3:69283/1‑149 (MQ=255) gCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCAt > 3:31326/1‑149 (MQ=255) gCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTACGGCAAG‑CCGCGCAGATGCAGCTGGCGGTGGGGGGCAC‑‑GCAAGCGAACTTGTGAGCCATACCGGCCag > 3:9228/1‑148 (MQ=255) cATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATGTCg > 8:280593/1‑149 (MQ=255) ctctCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGt < 3:17031/149‑1 (MQ=255) ctcctcGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTg > 3:265240/1‑148 (MQ=255) ctcctcGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGGGCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGa < 8:157770/149‑1 (MQ=255) tcctcGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTg < 1:298978/147‑1 (MQ=255) tcGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGtt < 4:50146/114‑1 (MQ=255) tcGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGtt > 3:50146/1‑114 (MQ=255) tGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTgcgc < 4:69283/149‑1 (MQ=255) aTTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGAc < 7:280593/149‑1 (MQ=255) cGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGcc > 2:92430/1‑149 (MQ=255) gACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGcc < 2:341788/148‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTc > 5:200651/1‑149 (MQ=255) cccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTgc < 1:226569/119‑1 (MQ=255) cccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTgc > 2:226569/1‑119 (MQ=255) ccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTgg > 3:166369/1‑109 (MQ=255) ccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTgg < 4:166369/109‑1 (MQ=255) ccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCa < 4:31326/149‑1 (MQ=255) ccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCa < 6:11815/149‑1 (MQ=255) ccATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCa < 4:9228/149‑1 (MQ=255) cATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAg < 6:200651/149‑1 (MQ=255) ttCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACgg < 4:265240/149‑1 (MQ=255) ttCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACgg > 5:22731/1‑149 (MQ=255) ttCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTCTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACAGGTGAATCTGCGCGGCCGGACTGACGCCGTCCTGGAATGCCAGGTCCCgg > 4:20018/1‑149 (MQ=255) gaccGCCCGGCAGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACAGGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCAc > 1:103110/3‑149 (MQ=255) cccGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGc > 7:118572/1‑149 (MQ=255) | GGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAG‑CCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCAC‑‑GCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGC > NC_002947/2050921‑2051207 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |