Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,101,386 | G→C | 7.7% | T135T (ACG→ACC) | msrC → | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,101,386 | 0 | G | C | 7.7% | 162.9 / 4.0 | 52 | T135T (ACG→ACC) | msrC | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/24); new base C (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
GGCGGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGG > NC_002947/2101239‑2101525 | ggcggcAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACgg > 4:309906/1‑149 (MQ=255) gcAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCgg < 8:287552/149‑1 (MQ=255) gCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGAACCGCCCGACCGTCGGGCTGTCCa < 2:296295/149‑1 (MQ=255) aGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGc > 6:305695/1‑149 (MQ=255) aGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGGGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCg < 1:358822/149‑1 (MQ=255) cATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTg > 5:166741/1‑147 (MQ=255) gCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAg < 5:36239/122‑1 (MQ=255) gCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAg > 6:36239/1‑122 (MQ=255) ttCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGtt < 4:283962/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTggc > 8:267445/1‑149 (MQ=255) cTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTggcg > 5:343221/1‑149 (MQ=255) ccTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTg < 5:334723/149‑1 (MQ=255) cTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTgg > 7:61585/1‑149 (MQ=255) aCAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGtt > 2:210492/1‑148 (MQ=255) aCAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTtg < 3:309906/149‑1 (MQ=255) cAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTtga < 7:267445/149‑1 (MQ=255) ccTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTtgactgac > 2:230841/1‑149 (MQ=255) tCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGactgactg > 6:74614/1‑149 (MQ=255) cAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGActgct > 2:164011/1‑149 (MQ=255) cGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCaa > 5:213034/1‑149 (MQ=255) gAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAAt < 5:334613/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGt < 5:74614/149‑1 (MQ=255) gTGATCCCGTTGGTGTATGTCGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGTCATCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGTTGCGGTCCAGGTGGGGCTGGATCGGTTGGCGGCGATACTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTg < 1:230841/148‑1 (MQ=255) gTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCgg < 1:105870/102‑1 (MQ=255) gTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCgg > 2:105870/1‑102 (MQ=255) tGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCt < 1:210492/149‑1 (MQ=255) gATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCt > 2:318503/1‑148 (MQ=255) aTCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGa < 6:166741/149‑1 (MQ=255) tCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTg < 4:153558/101‑1 (MQ=255) tCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTg > 3:153558/1‑101 (MQ=255) ccGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTc > 2:57447/1‑149 (MQ=255) ttGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGc < 1:57447/149‑1 (MQ=255) gTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCct < 1:164011/148‑1 (MQ=255) gAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTg > 7:133356/1‑76 (MQ=255) gAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTg < 8:133356/76‑1 (MQ=255) gAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCtt > 5:172853/1‑149 (MQ=255) aaGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCtt < 8:61585/148‑1 (MQ=255) aCGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCtt < 6:343221/149‑1 (MQ=255) cAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAg > 8:66842/1‑149 (MQ=255) gTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAg > 6:99575/1‑149 (MQ=255) aTTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCggg > 1:20408/1‑149 (MQ=255) tGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGt < 2:20408/148‑1 (MQ=255) tGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCt < 4:19270/113‑1 (MQ=255) tGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCt > 3:19270/1‑113 (MQ=255) ctggacctggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 6:213034/149‑1 (MQ=255) tggacctggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 8:168935/1‑148 (MQ=255) acctggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAag < 7:168935/149‑1 (MQ=255) cctggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa > 2:82758/1‑147 (MQ=255) ggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 6:110545/1‑149 (MQ=255) gaaccgCCCGACCGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg > 6:82494/6‑148 (MQ=255) gaaccgCCCGACCGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 5:82494/143‑1 (MQ=255) gacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 1:318503/148‑1 (MQ=255) ccgCCCGACCGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg > 8:187821/3‑149 (MQ=255) | GGCGGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGAT‑CTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGG > NC_002947/2101239‑2101525 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |