| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,573,551 | C→T | 6.9% | L103F (CTC→TTC) | PP_2257 → | aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,573,551 | 0 | C | T | 6.9% | 171.4 / 2.2 | 58 | L103F (CTC→TTC) | PP_2257 | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/23); new base T (2/2); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCTGGTGCGCCACCCGGACATGCCGCCGGCGGT‑GTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGG > NC_002947/2573404‑2573698 | aaCCTGGTGCGCCACCCGGACATGCCGCCGGCGGTGGTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATcc > 1:235192/1‑149 (MQ=255) cgcCACCCGGACATGCCGCCGGCGGT‑GTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTg < 2:241344/148‑1 (MQ=255) aCCCGGACATGCCGCCGGCGGT‑GTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCgg < 6:89446/149‑1 (MQ=255) 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gAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTAc > 3:229626/1‑135 (MQ=255) aGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGGAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTa > 1:275516/1‑149 (MQ=255) ttGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGTATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGTCTACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTAGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATg < 4:245828/149‑1 (MQ=255) gtgGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTTAGGGGGAGTTGTACTGGGTCAATGCCTTGGTCACGCCCATCCTGGATGGTGGGCGGGTTGTGGGTTACGTGTCGGTGCGCGTATGccg > 3:229625/1‑146 (MQ=255) gcTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTAcgcgc > 7:328377/1‑149 (MQ=255) 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gggTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTg > 4:35229/1‑148 (MQ=255) tATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATg < 6:357326/149‑1 (MQ=255) tCACGAACCGCTGCCGTACCGGCGACTACTACTGGGTCACGGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGGCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGaa < 3:211911/134‑1 (MQ=255) tCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTTCTACTGGGTCCATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGCAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGACGCCCTGTATGCGCgg > 4:265931/1‑149 (MQ=255) tCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCgg > 5:283505/1‑149 (MQ=255) gcAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGGCAATGACGACGTCACGCCCCTCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGGGGGTGACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGACAGTCGCCCGTGGCGaa > 4:211911/2‑134 (MQ=255) gacccGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCGCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTgc > 8:173116/4‑149 (MQ=255) ccGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTgcgc > 3:229424/1‑148 (MQ=255) gCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAAc < 8:328377/149‑1 (MQ=255) tGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACgg > 6:111200/1‑149 (MQ=255) gTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAg > 4:22171/1‑149 (MQ=255) 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ctactGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTc < 7:21663/147‑1 (MQ=255) ggTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGcc > 2:108521/1‑91 (MQ=255) ggTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAggcggc < 8:11490/135‑1 (MQ=255) ggTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCATGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAggcggc > 7:11490/1‑135 (MQ=255) ggTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGGGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGcc < 1:108521/91‑1 (MQ=255) cAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCCCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGgcgccgcgcc > 5:61665/1‑149 (MQ=255) 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tCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTg < 3:212563/149‑1 (MQ=255) acccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGACCAGGCGGCATTGTCgg < 6:94805/126‑1 (MQ=255) acccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGACCAGGCGGCATTGTCgg > 5:94805/4‑129 (MQ=255) cccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCGCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAgg < 6:127987/114‑1 (MQ=255) cccGCCCACCTTCGAGGATGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCAGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAgg > 5:127987/3‑116 (MQ=255) tCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAg < 6:283505/149‑1 (MQ=255) cTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAgg < 3:265931/148‑1 (MQ=255) | AACCTGGTGCGCCACCCGGACATGCCGCCGGCGGT‑GTACGAGTTGATGTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGG > NC_002947/2573404‑2573698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |