Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,820,599 | A→G | 9.8% | intergenic (+400/+112) | PP_2473 → / ← PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,820,599 | 0 | A | G | 9.8% | 161.2 / 7.4 | 61 | intergenic (+400/+112) | PP_2473/PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/30); new base G (3/3); total (28/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
AAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCT > NC_002947/2820456‑2820735 | aatgcaTGCCCAGGGGTTTGTTCGAAAGTTGCTCCTCGTGTGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTATAAGTTGGGCTATTTGCTGGGTGATATAGAGAAAGCGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAAccc < 5:46450/143‑1 (MQ=255) aaGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCg > 4:286480/1‑149 (MQ=255) aGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCgg < 5:39365/149‑1 (MQ=255) gggATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCggg < 1:46899/149‑1 (MQ=255) tGCCCAGTGGTTAGTTTGAAATTTTCTACTCTTGGGTCAGTTATATCCCATTATCTTTGGTCCGTGAGCTAGAATTTGGGCTATTTGCTGGCTTATATAGAGAAATTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGtttt < 3:288247/149‑1 (MQ=255) ccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGGCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTAGTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGGTTTCgg > 1:320583/1‑149 (MQ=255) cggggTTAGTTCGAACGTTTCTCCTCGTGGGGCAGATATCTCCCATGATCGGTGGTCCGGGAGCTAGAAGTGGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAACAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGtt < 2:320583/148‑1 (MQ=255) aGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGtt < 7:171603/149‑1 (MQ=255) ggggTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTg < 7:101468/149‑1 (MQ=255) ttCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGtttttg < 5:116001/137‑3 (MQ=255) ttCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGtttttg > 6:116001/1‑135 (MQ=255) cGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCg < 2:252275/148‑1 (MQ=255) cGAAAGTTTCTCCACGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCTGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCgg > 2:4407/1‑149 (MQ=255) aaaGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTTAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGtttt < 7:99784/131‑1 (MQ=255) aaaGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGtttt > 8:99784/1‑131 (MQ=255) 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ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGaa > 5:254123/1‑146 (MQ=255) agagAAAGTGCGTCTGTAAAAGAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAg > 3:333679/1‑149 (MQ=255) gagaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAgg > 5:333551/1‑149 (MQ=255) aaaGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCt < 5:261476/129‑1 (MQ=255) aaaGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCt > 6:261476/1‑129 (MQ=255) cGTCTGTAAAAGAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTgg < 4:333679/149‑1 (MQ=255) cGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTg < 2:336747/148‑1 (MQ=255) tCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCa > 8:53185/1‑149 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAAtg > 5:6103/1‑85 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAAtg < 6:6103/85‑1 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGc > 1:246022/1‑146 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGc < 2:246022/146‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCt < 4:201601/148‑1 (MQ=255) aGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCa < 6:239238/149‑1 (MQ=255) gCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAg < 6:318774/149‑1 (MQ=255) cAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGACTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGGTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATACAGt > 1:244233/1‑149 (MQ=255) gaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGc < 2:33242/115‑1 (MQ=255) gaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTAAGTCACTCGGGTTAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGGTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTGTTGGAGGCttttttttc > 1:33242/2‑114 (MQ=255) aaaaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGGCCTTTTGGGGGATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGGTTTTTTTGCGAAGCCAGGGTTAATTGGCATCTATATCCAGTg > 4:110484/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATc < 3:139045/136‑1 (MQ=255) aaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATc > 4:139045/1‑136 (MQ=255) aaaCCCGGGTCGAACCCCGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGAATCTATATCCAGTGCt > 4:197675/1‑149 (MQ=255) aCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGc > 6:114389/1‑112 (MQ=255) aCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGc < 5:114389/112‑1 (MQ=255) | AAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCT > NC_002947/2820456‑2820735 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |