| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,036,267 | C→T | 24.4% | A48A (GCG→GCA) | PP_2648 ← | universal stress protein family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,036,267 | 0 | C | T | 24.4% | 82.7 / 25.5 | 54 | A48A (GCG→GCA) | PP_2648 | universal stress protein family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/21); new base T (5/8); total (25/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
GGAACAGCAGCGCTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGT > NC_002947/3036119‑3036413 | ggAACAGCAGCGCTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTgc > 1:301872/1‑149 (MQ=255)agAACTGCAGCGCTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCAGCAACTGTTTGTGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTgc < 1:128248/148‑1 (MQ=255) cagcagCGCTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCAt > 3:141565/1‑149 (MQ=255) cgcTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCa < 4:153408/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAgg < 5:99581/149‑1 (MQ=255) ccAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAg > 8:233681/1‑149 (MQ=255) aGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGc > 5:334673/1‑149 (MQ=255) cGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCcgc < 4:141565/148‑1 (MQ=255) tcGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAg > 4:257111/1‑128 (MQ=255) tcGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAg < 3:257111/128‑1 (MQ=255) cTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTg < 7:233681/149‑1 (MQ=255) tATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCa > 3:185036/1‑149 (MQ=255) tCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGGCCCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGc < 1:260652/147‑1 (MQ=255) aGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTAGAGGCGCCCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTgg > 1:69562/1‑149 (MQ=255) gTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGc < 4:279222/142‑1 (MQ=255) gTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGc > 3:279222/1‑142 (MQ=255) aaCAGATCGTCATCAGGCGTCACGAAATGTTTGAGGCGCCGGTAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGGATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGATCATGTGGGGAAAGGTCGGt < 2:69562/149‑1 (MQ=255) aaCAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGt > 6:23092/1‑149 (MQ=255) aCAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTg > 6:185860/1‑149 (MQ=255) aCAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTc > 1:299508/1‑98 (MQ=255) aCAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTc < 2:299508/98‑1 (MQ=255) aCAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTg < 4:342660/149‑1 (MQ=255) aTCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCaa < 5:23092/149‑1 (MQ=255) gTCATCAGGCGGCACCACCTGGTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCa < 6:303459/149‑1 (MQ=255) catcaGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGATGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAg > 3:267831/1‑148 (MQ=255) tcaGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTAt > 1:357527/1‑149 (MQ=255) tcaGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTAt < 3:102865/149‑1 (MQ=255) aCCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCa < 2:301872/148‑1 (MQ=255) ccAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGc > 6:153746/1‑149 (MQ=255) cAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCg > 6:354482/1‑149 (MQ=255) aaCTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTAGGTGTTTCAGCgg > 2:263461/1‑149 (MQ=255) aCTGTTTGAGGCGCTAGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGACCAGCGAGG‑CCTGTTGAGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCggg > 1:257265/1‑149 (MQ=255) tggCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCAtgtg < 3:160336/148‑1 (MQ=255) aGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCAtgt < 7:85087/148‑1 (MQ=255) aGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCAtgt < 6:334673/148‑1 (MQ=255) ggCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCACCCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTgg > 6:215826/1‑149 (MQ=255) gcgcTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCAtgtg > 4:160336/1‑147 (MQ=255) cGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTcc > 2:196014/1‑149 (MQ=255) aaGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCtt < 7:160838/149‑1 (MQ=255) gTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGt > 2:109683/1‑148 (MQ=255) gTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTc < 5:185860/149‑1 (MQ=255) gcGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTGCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTGAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGTGAAAGGTCGTTGGCAAGCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAg < 2:257265/148‑1 (MQ=255) ggCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGc > 1:200962/1‑75 (MQ=255) ggCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGc < 2:200962/75‑1 (MQ=255) gTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGa > 1:262811/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAg < 4:185036/149‑1 (MQ=255) cAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTgg < 1:26565/115‑1 (MQ=255) cAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTgg > 2:26565/1‑115 (MQ=255) cAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGc > 4:214637/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCAtgtg < 1:808/111‑1 (MQ=255) gTCCAGCGAGG‑CCTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCAtgtg > 2:808/1‑111 (MQ=255) cAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTaaa < 1:263461/149‑1 (MQ=255) cTGTTGTGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCa < 2:357527/149‑1 (MQ=255) ttGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACtg < 3:214637/149‑1 (MQ=255) ttGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACt < 5:153746/148‑1 (MQ=255) ttGCGCATCGCTCAGGGACGCCGCGCGCTCAGCGGCGTAGCGAGCATGTGGGGAAAGGACGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACt < 8:341537/148‑1 (MQ=255) gcgcATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGGCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACtgt < 1:114866/148‑1 (MQ=255) | GGAACAGCAGCGCTGCCAGTGCGTGGGTTTTCTCGCCTGCGCTATCCAGTACGCGTTTCAACAGATCGTCATCAGGCGTCACCAACTGTTTGAGGCGCTCGAAGGGTGCCGGGTTGGCAACGTAGAGCAGGTCCAGCGAGG‑CCTGTTGCGCATCGCTCAGGTAGGCCGCGCGCTCAGCGGCGTTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGT > NC_002947/3036119‑3036413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |