Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,168,629 | C→A | 8.3% | P175Q (CCG→CAG) | PP_2782 → | class III pyridoxalphosphate dependent aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,168,629 | 0 | C | A | 8.3% | 182.5 / 6.8 | 60 | P175Q (CCG→CAG) | PP_2782 | class III pyridoxalphosphate dependent aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/27); new base A (3/2); total (31/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.75e-01 |
CCGTCAAGCACGCGGAGTTCCGTCGTCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCAATACCGTGCAAC > NC_002947/3168482‑3168766 | ccGTCAAGCACGCGGAGTTCCGTCGTCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCg < 5:208669/149‑1 (MQ=255) gTCAAGCACGCGGAGTTCCGTCGTCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGc < 3:235098/149‑1 (MQ=255) cACGCGGAGTTCCGTCGTCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCt < 2:179037/149‑1 (MQ=255) cgtcgtCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCGGCAGGACACCTGCAGGcag > 6:227225/1‑131 (MQ=255) cgtcgtCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCGGCAGGACACCTGCAGGcag < 5:227225/133‑3 (MQ=255) gtcgtcAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGAcc > 6:304270/1‑149 (MQ=255) tcgtcAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCt > 1:232113/1‑149 (MQ=255) agaagaGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTCACCGCCAGCGAACACCCTTACCGCGAACTGGATGTCGCAGACCTCGACCTACATGAAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGcct > 8:32281/1‑147 (MQ=255) gCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAggtg < 2:259143/149‑1 (MQ=255) ccTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACa > 8:94928/1‑128 (MQ=255) ccTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACa < 7:94928/128‑1 (MQ=255) tGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGtt > 1:11080/1‑149 (MQ=255) gCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGtt > 2:88437/1‑148 (MQ=255) aGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGtt > 3:217178/1‑149 (MQ=255) gTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTc < 5:304270/149‑1 (MQ=255) gacgacATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGcc > 6:18192/1‑148 (MQ=255) cgacATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCaa > 1:20889/1‑148 (MQ=255) aTCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAAc < 2:42410/105‑1 (MQ=255) aTCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAAc > 1:42410/1‑105 (MQ=255) gATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAAcc < 2:11080/148‑1 (MQ=255) tttCACGCTGGCCAGCCTGTCCGCCAGCGAACAGGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAac < 2:60645/140‑1 (MQ=255) tttCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGt < 2:284129/105‑1 (MQ=255) tttCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGt > 1:284129/1‑105 (MQ=255) tttCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAac > 1:60645/1‑140 (MQ=255) aCCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTg > 3:75309/1‑121 (MQ=255) aCCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTg < 4:75309/121‑1 (MQ=255) aCCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGgcg > 5:160086/1‑147 (MQ=255) ccTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGt > 6:41040/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGcac > 2:356747/1‑148 (MQ=255) ccTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGtt < 4:15552/141‑1 (MQ=255) ccTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGtt > 3:15552/1‑141 (MQ=255) ccTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCg < 2:20889/149‑1 (MQ=255) aCCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTACCTGCAGGTGTCCTGCCTGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAAc < 7:32281/148‑1 (MQ=255) ccGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCg < 8:326525/149‑1 (MQ=255) cGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCgg > 6:229792/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCgg > 1:57073/1‑148 (MQ=255) ccAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTa > 7:336880/1‑149 (MQ=255) cAGCGAACACGCTTACGGCGATCTGGATGTGGCCGACCTCGTCCTTCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTgg < 4:85778/125‑1 (MQ=255) cAGCGAACACGCTTACCGCGAACTCGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCACCTGGTTGAAGCCGATCGCCAACACAACCAgg > 3:85778/1‑125 (MQ=255) gCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATtc < 6:160086/149‑1 (MQ=255) cgAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCa < 1:356747/149‑1 (MQ=255) aCTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCt > 5:79580/1‑149 (MQ=255) aTGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCAc < 5:229792/149‑1 (MQ=255) tgtgGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACg < 4:217178/149‑1 (MQ=255) cgacctcgacctGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAAt > 7:16379/1‑149 (MQ=255) acctcgacctGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTg < 8:16379/149‑1 (MQ=255) ctcgacctGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt > 7:212326/1‑149 (MQ=255) ctcgacctGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt < 2:57073/149‑1 (MQ=255) ctcgacctGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt < 8:336880/149‑1 (MQ=255) gacctGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCaa > 4:148888/1‑149 (MQ=255) ctgcctgcAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCAATAc > 7:151372/1‑149 (MQ=255) cctgcAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt < 2:165467/140‑1 (MQ=255) cctgcAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt > 1:165467/1‑140 (MQ=255) ctgcAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCAATACCGTg < 5:18192/149‑1 (MQ=255) ctgcAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCAATACCGTg < 8:212326/149‑1 (MQ=255) gggTGGCCGGCAGGACACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt > 4:118008/2‑135 (MQ=255) gggTGGCCGGCAGGACACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGt < 3:118008/134‑1 (MQ=255) gggTGGCCGGCAGGACACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCAATACCGTGCAAc > 3:31407/2‑149 (MQ=255) tGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGc < 6:160767/107‑1 (MQ=255) tGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGc > 5:160767/1‑107 (MQ=255) | CCGTCAAGCACGCGGAGTTCCGTCGTCAGAAGAGCCTGCAAAAGCAGTTCGACGACATCGATTTCACCCTGGCCAGCCTGACCGCCAGCGAACACGCTTACCGCGAACTGGATGTGGCCGACCTCGACCTGCCTGCAGGTGTCCTGCCGGCCACCCTTAACAGCGTGACCTTGCGTCAGGTGGTTGAAGCCGTTCGCCAACACAACCTGGCGCAGTTGCACATCGAACCGGTATTCGTCGCCCTGCGCGGCAGCTTCCACGGCAAATTGGTCAATACCGTGCAAC > NC_002947/3168482‑3168766 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |