| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,266,125 | G→A | 12.7% | intergenic (+42/+17) | PP_2863 → / ← PP_2864 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,266,125 | 0 | G | A | 12.7% | 115.6 / 6.6 | 47 | intergenic (+42/+17) | PP_2863/PP_2864 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/20); new base A (2/4); total (23/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
CAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGA > NC_002947/3265981‑3266260 | cAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTTCCGGCCCTTTCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGcc < 3:62337/149‑1 (MQ=38) tttCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTTCCGGCCCTTTCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCG‑GTAc < 8:281961/149‑1 (MQ=37) ttCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCCTTTCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCg‑gt > 3:137534/1‑141 (MQ=38) ttCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCCTTTCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCg‑gt < 4:137534/142‑2 (MQ=38) 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7:271182/1‑149 (MQ=255) ctgctgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCaa < 8:1026/148‑1 (MQ=255) ctgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAAcc < 5:64756/147‑1 (MQ=255) tgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCt > 1:17978/1‑149 (MQ=255) gcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCtt > 1:67818/1‑149 (MQ=255) gcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCtt > 5:108545/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTgg < 2:67818/149‑1 (MQ=255) ggCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCTCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCAc < 6:108545/149‑1 (MQ=255) ggCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGa > 8:163648/1‑104 (MQ=255) ggCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGa < 7:163648/104‑1 (MQ=255) gCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCAc > 5:343734/1‑148 (MQ=255) gACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTAcc < 6:343734/149‑1 (MQ=255) aCTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTAc > 1:137911/1‑147 (MQ=255) ttGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCCCTACCAGCTGGTTCGAcc > 8:134109/1‑149 (MQ=255) aCGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGc < 8:271182/148‑1 (MQ=255) gCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCaa < 3:59789/149‑1 (MQ=255) gCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTCTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCaa > 4:200567/1‑149 (MQ=255) cccTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAacac < 6:284207/141‑1 (MQ=255) cccTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAacac > 5:284207/1‑141 (MQ=255) cccTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTcaca > 6:263841/1‑147 (MQ=255) ccTTGGTTGATGTGGAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAg > 3:28288/1‑149 (MQ=255) cTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGCTTACAGGTCGATCACGTGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGATGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAg > 1:283313/1‑149 (MQ=255) gCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGTGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGccc > 5:55834/1‑148 (MQ=255) tACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACGTGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGt < 2:283313/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGc > 5:348381/1‑114 (MQ=255) aCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGc < 6:348381/114‑1 (MQ=255) aCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATgggg > 7:173993/1‑147 (MQ=255) cGGCCCTTTCGCGGCTTTACCCGCGAAGGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAgg < 6:145484/149‑1 (MQ=255) gccctttCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCAc < 4:84649/127‑1 (MQ=38) gccctttCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCAc > 3:84649/6‑132 (MQ=38) ctctTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGggcgg > 8:143153/1‑149 (MQ=255) ttCGAGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGggcggc < 6:279340/147‑1 (MQ=255) gcgGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCAt < 7:143153/149‑1 (MQ=255) cgGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATg < 2:137911/149‑1 (MQ=255) gTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCTCACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGc < 3:200567/147‑1 (MQ=255) gTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTg < 4:28288/149‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGa < 1:312705/144‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGa > 2:312705/1‑144 (MQ=255) | CAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCG‑GAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGA > NC_002947/3265981‑3266260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |