Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,321,964 | C→G | 10.8% | P301R (CCG→CGG) | PP_2921 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,321,964 | 0 | C | G | 10.8% | 97.2 / 4.8 | 37 | P301R (CCG→CGG) | PP_2921 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base G (2/2); total (19/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 |
ATGGTGTTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCTTGA > NC_002947/3321816‑3322112 | aTGGTGTTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGAccc > 2:344103/1‑149 (MQ=255) ttcCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTa > 1:151899/1‑149 (MQ=255) ccGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTAc < 1:344103/148‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTccc < 2:147293/148‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTAGCCGACCGGGTCGGcgagga < 7:119460/149‑6 (MQ=255) gTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGc > 7:94927/1‑149 (MQ=255) tATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCGGGTCGGcgaggaa < 5:50378/121‑7 (MQ=255) tATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCGGGTCGGcgaggaa > 6:50378/1‑115 (MQ=255) tCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGAt < 6:265375/147‑1 (MQ=255) gACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAg < 3:153160/149‑1 (MQ=255) gACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAg < 5:255356/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGCACCTACGCCCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAgg > 2:245812/1‑149 (MQ=255) ccgcACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCAt < 2:94972/137‑1 (MQ=255) ccgcACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACt < 8:94927/149‑1 (MQ=255) ccgcACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCACATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCAt > 1:94972/1‑137 (MQ=255) gcACCTACGACCAGGCGGGGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCGTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGCCGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCCAGGCGGTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAgggcctc > 2:340413/1‑143 (MQ=255) tACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCg > 3:266600/1‑149 (MQ=255) gACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGACAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCggg < 1:245812/149‑1 (MQ=255) gACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCgggg < 8:40886/149‑1 (MQ=255) 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aTTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTACACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTaccac > 1:119033/1‑149 (MQ=255) gCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGCCCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGGATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACGTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCCCCggg > 2:353485/1‑149 (MQ=255) cccGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTg > 2:100885/1‑123 (MQ=255) cccGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTg < 1:100885/123‑1 (MQ=255) gTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGGCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATc < 6:305741/149‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCg < 2:151899/148‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATAGTTG‑CAGGAGGTGCTGGAATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCAGTACAGGACCTGGGCGGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCAc > 8:19685/1‑147 (MQ=255) ttCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCa < 7:39920/51‑1 (MQ=255) ttCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCa > 8:39920/1‑51 (MQ=255) tCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGAc > 4:341005/1‑148 (MQ=255) gggtagCCGACCGGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGAc > 7:37692/6‑148 (MQ=255) ccTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCATGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGAc < 6:61451/147‑1 (MQ=255) ccTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGAc < 8:248860/147‑1 (MQ=255) gACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGcc < 4:96660/149‑1 (MQ=255) cccGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCtt > 2:183717/1‑149 (MQ=255) cGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCTTGa > 5:286700/1‑149 (MQ=255) | ATGGTGTTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTG‑CAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCTTGA > NC_002947/3321816‑3322112 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |