| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,443,569 | G→T | 13.3% | P776P (CCG→CCT) | PP_3062 → | tail length determination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,443,569 | 0 | G | T | 13.3% | 75.3 / 5.0 | 30 | P776P (CCG→CCT) | PP_3062 | tail length determination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/9); new base T (2/2); total (19/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
GCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGCAGTGTCGTATGATCCGCGCGA > NC_002947/3443441‑3443712 | gcggcTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAagccgagcc > 7:161916/1‑149 (MQ=255) cTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATcgccgc > 7:31248/1‑149 (MQ=255) cGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCgg > 4:133881/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCCAGCGATGGTTTGGTGACGCGCCGGCCGCCGATCAAGCCGAGCCGGCATCGCCGCCGGCACTggg > 6:231461/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTggg > 2:22443/1‑149 (MQ=255) gTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGCGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTa > 3:272875/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATgccagcc > 5:107717/1‑147 (MQ=255) cTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTc > 8:203914/1‑147 (MQ=255) gCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACg > 2:210604/1‑149 (MQ=255) gCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACg > 3:229988/1‑149 (MQ=255) gTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGAGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCgg > 2:122649/1‑149 (MQ=255) gggggTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCaa < 4:229988/148‑1 (MQ=255) ggcgggggCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAg < 5:64865/143‑1 (MQ=255) ccccgcggCGGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAg < 5:231461/143‑1 (MQ=255) ggggTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAgg > 2:57259/1‑149 (MQ=255) ccgccggCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAgg < 4:272875/144‑1 (MQ=255) ggTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCt > 7:173803/1‑149 (MQ=255) cgggCTGGGCAAGCGATGGTTGGGGGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTg < 8:31248/147‑1 (MQ=255) ggCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGAt < 1:210604/149‑1 (MQ=255) gCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATc > 6:227866/1‑149 (MQ=255) ggCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCgg < 8:161916/148‑1 (MQ=255) gCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCTGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCg > 7:271000/1‑146 (MQ=255) gCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCTGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCg > 7:275872/1‑146 (MQ=255) gCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCTGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCg < 8:271000/146‑1 (MQ=255) gCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCTGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCg < 8:275872/146‑1 (MQ=255) aaGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGCAgt > 6:207018/1‑149 (MQ=255) gCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGCAgtgt < 5:227866/149‑1 (MQ=255) aTGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCgg > 4:106646/1‑140 (MQ=255) aTGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCgg < 3:106646/140‑1 (MQ=255) gAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGCAGTGTCGTATGATCCGCGCGa > 3:186628/1‑149 (MQ=255) | GCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGCAGTGTCGTATGATCCGCGCGA > NC_002947/3443441‑3443712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |