Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,529,780 | T→C | 10.4% | L533L (TTG→CTG) | dnaEB → | error‑prone DNA polymerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,529,780 | 0 | T | C | 10.4% | 125.7 / 4.4 | 48 | L533L (TTG→CTG) | dnaEB | error‑prone DNA polymerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/22); new base C (2/3); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
AGCACCCGGGCGGTTTTGTCATCTCCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTCCAG > NC_002947/3529634‑3529923 | cgCACCCGGGCGGTTTTGTCATCTCCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTg < 8:138101/148‑1 (MQ=255) cGGGCGGTTTTGTCATCTCCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATg > 8:325882/1‑149 (MQ=255) tttGTCATCTCCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAgcgc > 1:342670/1‑149 (MQ=255) ttGTCATCTCCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGCTGAGCATGCCCAacgc < 2:85860/148‑1 (MQ=255) tcCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCg > 7:198727/1‑149 (MQ=255) cAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCgctg < 3:115378/149‑1 (MQ=255) aGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCgctg > 8:115045/1‑148 (MQ=255) cTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGAc > 4:346817/1‑147 (MQ=255) ccAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTgc < 2:342670/149‑1 (MQ=255) aGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTgcag < 7:115045/149‑1 (MQ=255) aGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGCTGAGCATGCCCAACGccag < 4:190779/124‑3 (MQ=255) aGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGCTGAGCATGCCCAACGccag > 3:190779/1‑122 (MQ=255) gCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTgcagc < 5:293589/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCATGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCg < 2:321370/149‑1 (MQ=255) ggTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTg > 4:169971/1‑149 (MQ=255) gaATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGc < 8:198727/149‑1 (MQ=255) cgATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGAcc < 3:169595/149‑1 (MQ=255) ggAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGa < 1:319045/149‑1 (MQ=255) aGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGAcc < 7:85868/149‑1 (MQ=255) gcACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCCCCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATc > 4:308195/1‑149 (MQ=255) gcACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATc > 5:200345/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGCTGAGCAt > 4:231569/1‑68 (MQ=255) aTCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGCTGAGCAt < 3:231569/68‑1 (MQ=255) tCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCg > 5:42038/1‑147 (MQ=255) tCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGaa < 7:99708/149‑1 (MQ=255) cAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGa > 1:187335/1‑149 (MQ=255) tGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGAccc > 5:159935/1‑149 (MQ=255) tGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGAccc < 6:200345/149‑1 (MQ=255) tGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGGCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGAccc < 6:338829/149‑1 (MQ=255) gACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGAACCGGc > 3:132623/1‑149 (MQ=255) aCCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGc < 7:325882/148‑1 (MQ=255) cTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCAt > 8:42744/1‑149 (MQ=255) cTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCAt < 2:187335/149‑1 (MQ=255) cTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGCCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTCCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCAACCCCAGCGAACACCCGGCCACCAACCCCAt > 4:90157/1‑149 (MQ=255) aCATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGcc < 6:188901/143‑1 (MQ=255) aCATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGcc > 5:188901/1‑143 (MQ=255) aTGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAg > 7:325192/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATc > 4:193057/1‑112 (MQ=255) ggTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATc < 3:193057/112‑1 (MQ=255) ggTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGcc > 4:146954/1‑149 (MQ=255) cTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCgaga < 6:42038/148‑1 (MQ=255) cTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGAc < 6:159935/149‑1 (MQ=255) ggTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATgg < 3:346817/149‑1 (MQ=255) tACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTc < 7:42744/149‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTc > 5:343765/1‑146 (MQ=255) gCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTc > 7:8883/1‑144 (MQ=255) gCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTc > 3:64441/1‑144 (MQ=255) gCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTCCAg < 6:343765/147‑1 (MQ=255) | AGCACCCGGGCGGTTTTGTCATCTCCCAGCAACCGCTGGACCAGCTGGTGCCGGTGGAGAATGCCGCGATGCCGGAGCGCACGGTGATCCAGTGGGACAAGGATGACCTGGACATGGTTGGCCTGCTCAAGGTCGACGTACTGGCGTTGGGCATGCTCAGCGCCTTGCGTCGCTGCTTCGACCAGCTGCAGCACCACCGTGGCCGGCACCTGACCCTGGCGACCATCCCCAGCGAAGACCCGGCCACCTACGCCATGATCAGCCGTGCCGAGACCATGGGCGTGTTCCAG > NC_002947/3529634‑3529923 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |